商鞅之書，《漢書‧藝文志》稱《商君》二十九篇。《三國志‧蜀書‧先主傳》註稱《商君書》，《舊唐書‧經籍志》始稱《商子》。其卷數，南宋初，晁公武《讀書志》稱：「亡者三篇。」宋末，陳振孫《書錄解題》則云：「今二十八篇，已亡其一。」所見版本不同。《四庫總目》謂各據所見而言也。又謂所錄自〈更法〉至〈定分〉凡廿六篇，其中第十六篇、第廿一篇，皆有目無書。終以其術非聖，列「存目」貶之。其後，錢熙祚（1800-1844）《指海》自《群書治要》卷三十六輯得《商子‧六法》殘篇一百五十六字。清末倡言圖強，商君術能強秦，學者關注始多。
《四庫總目》稱《文獻通考》引周氏《涉筆》，謂鞅書多附會後事，或以開卷第一篇〈更法〉稱「孝公」諡號，疑取他詞，非鞅所論著，猶管仲在桓公前卒，而《管子》書屢稱「桓公」。山子按，此是後人修訂文字，註明可矣，不足深怪也。而疑偽滋始，清末由此寖多。折中言之，流傳二千餘年之書，為商賈錯簡，手民訛奪，誠不能免。據以為偽，亦不盡然，端在讀者善鑒也。
商君事跡具《史記》本傳，其書大旨在政摶於一，其法則尚功、遏蠹二途。尚功者，使事功日著而不骫也，以富強之道在農與戰，農則事生產，富財以資戰鬥，戰則事殺敵，強兵以滅諸侯，一切施政，悉以富強為務，其〈墾令〉〈農戰〉〈開塞〉諸篇是也。遏蠹者，凡有害富強之道者，一切悉禁之，是有禁辯慧、去六蝨、嚴連坐之政，〈去彊〉〈說民〉〈弱民〉諸篇皆是也。秦自孝公以下，因商君遺策，至始皇遂并六國，終成大一統之業者，得商君遺策也。然謂「禮樂蝨官生」，終視詩書為蝨蠹也。〈秦本紀〉稱丞相李斯言：
「古者天下散亂，莫之能一，是以諸侯並作，語皆道古以害今，飾虛言以亂實，人善其所私學，以非上之所建立。今皇帝并有天下，別黑白而定一尊。私學而相與非法教，人聞令下，則各以其學議之，入則心非，出則巷議，夸主以為名，異取以為高，率群下以造謗。如此弗禁，則主勢降乎上，黨與成乎下。禁之便。臣請史官非秦記皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏《詩》《書》百家語者，悉詣守、尉，雜燒之。有敢偶語《詩》《書》者棄市，以古非今者族。吏見知不舉者，與同罪。令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥、卜筮、種樹之書。若欲有學法令，以吏為師。」
竟至焚書阬儒者，肇於商君軍國體制使然也。誠用其謀，必富且強，然則敵國既滅，而不知改度者，正所謂「馬上得之，焉能馬上治之」。秦之盛，本乎此，亡之速，亦由乎此，可不戒乎。尚功、遏蠹，萬世不廢之論也，然重國與法，輕人倫、鄙文化，一時富強之策，終非久安之道。其說質之今日，則軍國主義、資本主義之一部。其遏蠹猶風險管理，近世由產品之品質管理，擴為服務品質管理，矧至顧客滿意、埃索（ISO）認證，導至消費意識高漲，反客為主，誠所謂治絲益棼者；又資本家逐利潤，縮成本，提高生產力，至於用人如工蟻，苛細不近情理，皆與《商君書》暗合。又韓非謂鞅之法，無術以知姦，賞不當其才。皆資本家且宜留意，而況為國者乎？是讀此書者，不能不知也。
版本以清末嚴可均校本、錢熙祚輯佚二人最有功。民國一百年，大陸東華師範大學教授方勇輯《子藏》，法家部《商君書》錄本文、註本、節本、校勘本、批校本、研究等，迄民國初，得六十三種。並謂嚴可均校跋尤珍，以孫詒讓（1848-1908）錄孫星衍（1753-1818）、嚴可均（1762-1843）、錢熙祚（？-1844）校《二十二子》版本，為遜清校勘集大成，此版有光緒二年浙江官書局刊本（乃可均乾隆五十八年版）。又以王仁俊《商君書發微》足見清人校勘成績。至於民國時期則稱八家如下：
王時潤《商君書斠詮》。
朱師轍《商君書解詁》四卷本及定稿五卷本。
尹桐陽《商君書新釋》。
簡 書《商君書箋正》。
陳啓天《商君書校釋》。
王心湛《商君書集解》等注釋集解本。
陳啓天《商鞅評傳》。
羅根澤《商君書探源》。
《四庫全書總目‧子部‧法家類》存目有《商子》五卷，以〈提要〉稱：
「舊本題秦商鞅撰，鞅事蹟具《史記》。鞅封於商，號商君。故《漢志》稱《商君》二十九篇，《三國志‧先主傳註》亦稱《商君書》，其稱《商子》，則自《隋‧志》始也。陳振孫《書錄解題》云：『《漢志》二十九篇，今二十八篇，已亡其一。』晁公武《讀書志》則云：『本二十九篇，今亡者三篇。』《讀書志》成於紹興二十一年（1151），既云已闕三篇。《書錄解題》成於宋末，乃反較晁本多二篇。蓋兩家所錄，各據所見之本，故多寡不同歟？此本自〈更法〉至〈定分〉，目凡二十有六，似即晁氏之本。然其中第十六篇、第二十一篇又皆有錄無書，則併非宋本之舊矣。《史記》稱讀鞅〈開塞〉書，在今本為第七篇，文義甚明。而司馬貞作《索隱》，乃妄為之解，為晁公武所譏。知其書唐代不甚行，故貞不及睹。又《文獻通考》引周氏《涉筆》，以為鞅書多附會後事，疑取他詞，非本所論著。然周氏特據文臆斷，未能確證其非。今考《史記》稱秦孝公卒，太子立，公子虔之徒告鞅欲反，惠王乃車裂鞅以徇。則孝公卒後，鞅即逃死不暇，安得著書？如為平日所著，則必在孝公之世，又安得開卷第一篇即稱“孝公”之諡？殆法家者流掇鞅餘論，以成是編，猶管子卒於齊桓公前，而書中屢稱『桓公』耳。諸子之書，如是者多。既不得撰者之主名，則亦姑從其舊，仍題所託之人矣。」（p1980－1981）
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