從陽明與朱子的關係上，劉氏認為，陽明不像象山直斥朱子，因為陽明看朱陸問題，知道是儒學內部的分疏。劉氏指出，朱、王有其共通點，王學是在朱學的薰陶下翻出來的思路，因此對於朱子的思想不可能完全抹煞，陽明的提問方式也是接近朱子的方式。劉氏也指出，朱王有其相異點，劉氏認為，陽明「格竹」的經驗，雖不善會朱子思想，卻因此打開全新思路，因此陽明要跳出朱子思想的窠臼，思想上自然對反朱子。關於朱、王與〈大學〉，劉氏認為，朱、王都是以〈大學〉在發揮自己的思想，陽明在解釋〈大學〉的原義上很有問題，果是如此，正心誠意已夠，不必再另說格致。由上，劉氏言及陽明與朱子的關係，從〈大學〉來說，〈大學〉原義是否存在，在學術上意見不同，筆者的碩士論文《王陽明「格物致知」繼承古本《大學》之詮釋與發微》中亦提出一些意見，從「考據義」而言，因考據問題今不可考，從「實踐義」而言，〈大學〉是繼承孟子學無疑。此外，陽明47歲刻「朱子晚年定論」。〈序〉言：「取朱子晚年悔悟之說，集為定論」。當時羅整菴便提出質疑，陽明於〈答羅整菴少宰書〉回應曰：「中間年歲早晚，誠有所未考」。劉氏說：「陽明此函（按：〈答羅整菴少宰書〉）直承有所未考，但還是相信自己所輯錄朱子的信函多出於晚年。然這只是一主觀的信念，經不起事實的考驗。但由這封信所透露出來陽明主觀的心境則不是不可以了解的。」由此，關於「朱子晚年」，劉氏認為，陽明「相信自己所輯錄朱子的信函多出於晚年」。自羅整菴以來的觀點透露，陽明為人所詬病的是太過主觀，一廂情願的相信自己的說法，「朱子晚年定論」便是一例，這些觀點認為，陽明挑出朱子的那幾封書信不是「晚年」。因此，清代尊王學者李穆堂《朱子晚年全論》捍衛陽明的觀點，李穆堂對「朱子晚年」曾作界定，他說朱子得年71歲，所以30歲定為早年，31歲到50歲定為中年，51歲到71歲定為晚年，李穆堂更指出，陳建對朱子妄指朱子早晚，例如：〈答何叔京〉在39歲，以為是早年，〈答項平輔書〉在54歲，以為是中年。換言之，陳建固然是反陸王，但中晚年究竟是指幾歲，本無定論，宋明清的朱、陸王之爭，是經學與理學之爭，也是宋學漢學之爭，至陽明集「朱子晚年定論」欲調和此說，但成效不彰，反而引起明清「朱子晚年之爭」。陽明與朱子的關係至近代學者，形成了所謂「分系問題」。以分系問題為進路者：1. 以陸王為「心學」，以程朱為「理學」，分「程朱」、「陸王」為二系。「二系說」以程朱、陸王異同為論述，大致上可分為幾種，（1）認為陸王為宋明理學發展主要脈落，視朱子為「別子為宗」，此為牟宗三先生所主張。（2）朱陸有同處，即是同在尊德性與道問學上之工夫論上說，此為唐君毅先生所主張。（3）從「道德的觀點」和「倫理的觀點」匯通朱陸之說，此為陳榮灼先生所主張。（4）陽明景仰朱子，《傳習錄》之依據來自朱子並力求與朱子歸一，此為陳榮捷先生所主張。「二系說」有所不盡之處。2.牟宗三先生為彌補「二系說」提出「三系說」，即「伊川朱子系」、「象山陽明系」、「五峰蕺山系」。從「縱貫系統」來說，「象山陽明系」、「五峰蕺山系」心性為一，從「橫攝系統」來說，「伊川朱子系」心性為二。3. 勞思光先生認為「三系說」皆為儒家內聖成德之學，故提出「一系說」，在「一系說」的基礎上發展「一系三型」之說。4.蔡仁厚先生認為「一系三型」有所不足，提出「三本論」。分系問題歷來備受討論，陽明學或為「心學」，或為「象山陽明系」歷來學者所肯定。但對於陽明以為「朱子晚年」與自己是「同一源矣」則多未回應，對此，林安梧先生對此持肯定態度，認為朱子不僅是「橫攝系統」，而有「橫攝歸縱」的傾向。
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