對宗教自由的限制
在本報告期內，中國政府對宗教自由和良心自由仍然缺乏尊重，對一些沒有登記的宗教團體和法輪功等信仰團體的成員尤其如此。政府往往把未受監管的宗教集會或團體視為對其權威的潛在挑戰，並且力圖對各宗教團體進行控制和監督，以防在政府和中國共產黨控制範圍之外出現權威組織或勢力。
一些地方當局繼續有選擇地鎮壓沒有登記的教堂、寺廟和清真寺，而中央政府未能制止這類活動。警察查封了地下清真寺、寺廟和神學院校以及一些天主教會和新教的”家庭教會”，其中很多教會擁有大批信徒以及大量財產、財務資源和聯繫網絡。沒有登記的教會的幾名負責人說，地方當局繼續施加壓力。盡管官方採取了這些控制措施，但不論是官方消息來源還是神職人員，不論是官方批準的宗教活動場所的信徒還是地下宗教活動場所的信徒，都認為中國宗教信徒的人數繼續增長。政府還對已登記的宗教團體的神職人員或領袖提出種種要求，例如要求他們必須公開支持政府的政策或譴責法輪功。政府繼續對法輪功信仰活動和”邪教”進行嚴厲鎮壓。像過去幾年一樣，地方當局對其控制之外的家庭教會採取行動，因為這些家庭教會發展規模過大，或其信仰被認為對”國家安全”構成威脅。總的說來，允許在政府批準的場所內和在政府控制下相對自由地從事宗教活動的基本政策沒有改變。
政府對佛教和道教的容忍度超過對基督教的容忍度，佛教和道教受到的限制一般較少。但是，隨著這些非西方宗教近年來迅速發展，有蹟象表明，政府對此加強注意並採取了新的限制措施，特別是對融合了多種宗教信條的教派。
1995年，國務院和中國共產黨中央委員會發出通報，把一些宗教組織定為非法的”邪教”，其中有”呼喊派”(1962年在美國創立)、東方閃電、門徒會、全範圍教會、靈靈教、新約教會和觀音教(亦稱為”觀音法門”)。
1999年，全國人民代表大會常務委員會根據《刑法》第300條通過決議，取締所有被政府確定為”邪教”的組織，其中包括法輪功。最高人民法院和最高人民檢察院也就現行《刑法》適用於法輪功的問題下達法令。在採取這些行動後實行的法律規定， ”擾亂公共秩序”或散發印刷品的”邪教”成員應被判處3至7年有期徒刑。根據法律規定，”邪教”頭目和組織者可判處7年或者7年以上有期徒刑。
在本報告期內，政府繼續壓制法輪功信仰活動。在3月舉行的全國人大會議期間，溫家寶總理做《政府工作報告》時強調政府要”深入開展同(包括法輪功在內的)”邪教”組織的鬥爭”。成千上萬的人因修鍊法輪功、承認自己信仰法輪大法或因拒絕譴責法輪功或其創始人而受到刑事懲罰或行政處罰，或未經正當程序受到懲處。據可靠報告，一些被關押的法輪功學員因拒絕放棄他們的信仰而遭受虐待致死。
有關當局還繼續鎮壓香功、國功、中功等其他被視為”邪教”的氣功組織，其中有些團體的信徒人數據說與法輪功相當。
政府把民間宗教說成是”封建迷信”，民間宗教信徒有時受到騷擾和壓制。
中國政府繼續在全國範圍內執行1994年國務院有關法規以及隨後各省頒布的規章，要求所有宗教活動場所必須向政府宗教事務局登記。地方當局對沒有登記的宗教團體的處理方法差異很大。在某些地區，政府對宗教活動的監督作用微乎其微，已登記和沒有登記的教會公開並存，並受到當局大致相同的對待。在這些地區，很多宗教組織成員在兩種教會中參加宗教儀式。在另一些地區，地方發布的執行條例要求政府對宗教進行嚴格監督，當局對沒有登記的教會及其成員進行鎮壓。有關的執行條例、省政府工作報告及其他有關的黨政文件繼續要求各級官員嚴格執行政府對沒有登記的教會的政策。
在一些地區，盡管信教人口迅速增加，但申請登記新的宗教活動場所仍很困難，即便是得到官方承認的教會和清真寺也是如此。
由於缺乏透明的指導方針，地方官員對於確定”家庭教會”是否違反規定有很大的決定權。”家庭教會”這個稱謂既指沒有登記的教會，也指在家中或工作場所私下舉行小型宗教活動的基督教團體。沒有登記的教會是非法的，但在家庭教會中舉行的禱告會和讀經活動是合法的，只要它們規模小而且不引人注目，一般不要求登記。在中國一些地區，有數百名成員的沒有登記的家庭教會在地方當局完全知情的情況下公開集會，有關當局稱這些集會是非正式的禱告、唱詩和讀經活動。而在其他地區，除主要由一些親友參加的小型聚會外，其他所有聚會都受到嚴厲禁止。家庭教會常常因為人數增加、為經常使用某些設施舉行宗教活動做出安排或與其他沒有登記的教會團體建立聯繫而遇到麻煩。結果，大城市裡的家庭教會一般限於幾十和少於幾十人的會員聚會；而在小城市和農村地區沒有登記的新教徒聚會可能會有幾百人之多。
無論是得到官方承認或未獲官方承認的基督教會都由於未能培訓足夠數目的神職人員而無法滿足成員人數不斷增加的需求。由於1955年至1985年期間宗教受到限制，官方教會在這段時間內沒有委任過新的神父或其他神職人員；大部份神父和牧師是在1955年以前或1985年以後培養的，40歲到70歲年齡段的受過訓練的神職人員嚴重缺乏。因此，隨著老一輩神職人員退休，經驗豐富、能夠繼任的神職人員相對較少。中國政府說官方的天主教會在過去十年裡已經培訓出900名以上的神父。中國政府允許已登記的宗教團體培訓神職人員，並同意為數有限的天主教和新教神學院校的學員及穆斯林和佛教神職人員到國外進修宗教課程，但是有些宗教學員申請出國進修很難得到批準。在大多數情況下，外國組織為這類培訓項目提供經費。一些天主教神職人員還不滿地表示，他們在獲準進入神學院學習之前不得不向地方官員行賄。由於受到政府禁止，未經批準的教會或地下教會在培訓神職人員方面遇到格外嚴重的困難，很多神職人員僅僅受過有限的、不充份的培訓。
大部份宗教機構依靠自籌資金支付運作費用。教會成員提供捐助的做法在天主教徒和新教徒中很普遍。一些宗教機構常常以出售宗教物品為副業，而另一些機構則從事純粹的商業活動，如經營餐館。有時，政府出錢修繕具有文化或歷史價值的寺院或聖殿。官方的宗教團體有時接受國外的資助。
法律並未明令禁止宗教信徒擔任公職，但政府、國有企事業及許多官方機構中幾乎所有高級職務都必須由黨員擔任。共產黨官員在本報告期內重申，信仰宗教與黨員身份不符。據報導，中國共產黨自1995年以來發出過兩份通知，禁止黨員信仰宗教，並下令開除參加宗教組織的黨員，無論是公開的還是秘密的宗教組織。前任中共中央總書記兼國家主席江澤民及另一些中共高級官員也聲稱黨員不能信教。據稱，有些穆斯林因為在工作時間禮拜而被開除公職。中國人民解放軍(PLA)《內務條令》明確規定，軍人”不得參加宗教、迷信活動”。有些黨員和人民解放軍軍人因信仰法輪功已被開除黨籍、軍籍。
但根據政府消息來源，在某些地區，參加某些形式的宗教活動的共產黨官員多達25%。大部份參加宗教活動的官員信奉佛教或民間宗教。黨外宗教人士通常作為文教界代表參加國家和地方政府組織。全國人民代表大會有幾位宗教界領袖，包括人大常委會的兩位副委員長，即中國天主教愛國會副主席傅鐵山大主教和西藏”活佛”帕巴拉格列朗傑。在中國人民政治協商會議中也有宗教團體的代表。政協是一個由中國共產黨領導、同黨外社團進行協商的咨詢機構。
1999年，中共中央發出文件，要求有關當局加強對官方天主教會的控制，地下天主教會如不服從政府的控制應予以取締。中國天主教愛國會持續對地下天主教主教們施加壓力，要求他們加入官方承認的教會，有關當局還不與教會領袖商量就重新調整了教區。中國政府未與羅馬教廷建立外交關係，梵蒂岡在中國大陸沒有代表。中國政府不準許官方天主教會承認教皇在信仰和倫理等根本問題上的權威，致使很多天主教徒拒絕加入官方天主教會，因為他們認為這是對他們信奉的一個基本信條的否定。當中國政府的政策在墮胎或計劃生育等問題上與教廷觀點不一致時，應以政府的政策為準，使神父們對於如何向信徒做解釋感到無所適從。 官方天主教會的大部份主教實際上受到梵蒂岡秘密承認。然而，梵蒂岡與中國政府之間的緊張關係造成了中國官方天主教會內部的權力之爭，因為經梵蒂岡秘密冊封的一些主教與其他一些未得到梵蒂岡冊封的主教產生摩擦。
中國政府與非官方天主教會之間的關係依然緊張。中國當局與梵蒂岡方面均聲明，雙方歡迎為實現關係正常化達成協議。然而，據中國政府說，有關教皇在選擇主教中的作用、地下天主教神職人員的地位、梵蒂岡對台灣的承認以及在2000年中國國慶節時冊封有爭議的天主教傳教士的一事仍然阻礙了這一努力。在本報告期內，中國政府指出，香港天主教教區主教陳日君(Joseph Zen)對香港特別行政區政局所發表的聲明，阻礙了與梵蒂岡關係正常化。雙方仍在繼續爭取和解，4月份陳日君主教前往上海訪問。
許多地區有為數眾多的穆斯林人口，但政府對這些穆斯林聚居區的戒備程度有很大差別。總體而言，許多生活在中國各地漢族居住區的回族穆斯林比集中在中國西部地區的維吾爾族等新疆少數民族穆斯林享有更大的宗教自由。在發生過民族騷亂的地區，特別是新疆維吾爾族地區，官員繼續限制建造清真寺和培訓神職人員，禁止向兒童傳授伊斯蘭教。除了全國各地的黨員和政府官員信奉宗教受到限制以外，新疆的教師、教授及大學生也不得公開信教。但在其他地區，特別是在回族聚居的地區，有大量建造和修復清真寺的活動，而且顯然有做禮拜的自由。從1997年開始，新疆發生了一系列暴力事件，包括由維吾爾族分離主義者製造的爆炸事件，警方查禁了被控在新疆支持分離主義的穆斯林宗教活動和宗教活動場所。由於新疆維吾爾自治區政府經常不認真區分通過參加和平活動支持獨立的人士、參加”非法”宗教活動者和從事暴力恐怖活動者，因此時常難以斷定某些突襲搜查、拘留、逮捕或司法懲處是針對希望做禮拜的人、以和平方式追求政治目標的人、還是針對從事暴力活動的人。 新疆維吾爾自治區的區級黨政官員不斷要求加強對宗教事務的管理，堅持政教分離。
例如，2002年國務委員司馬義·艾買提(維吾爾族)對出席全國人民代表大會的一個代表團說，”信教公民在享受宗教信仰自由的同時，要把國家和人民的根本利益放在首位”。 他還說，”我們絕不能以宗教信仰自由為借口，放棄或擺脫國家對宗教事務的管理。”
新疆官員告訴外國觀察人士說，十八歲以下未成年人不準參加新疆清真寺的宗教活動；不過，北京和中國其他地區能見到未成年人參加當地清真寺的禮拜活動。
在越來越多的地區，當局對外國人從事宗教活動日見寬容，前提是其宗教活動沒有中國人參加。自1995年以來，在北京的外國猶太教徒每週舉行的祈禱活動未曾中斷過，猶太教贖罪日(High Holy Day)的宗教活動也獲準進行，已持續了15年以上。在本報告期內，改革派和正統派猶太教每週都舉行宗教儀式。上海的猶太教徒獲得當局批準在上海一個具有歷史意義的猶太教堂內多次舉行宗教儀式，這個教堂在1998年修復，成為一座紀念館。地方當局繼續在重大宗教節日時視具體情況允許教徒使用這座教堂。耶穌基督後期聖徒教會(摩門教會)在一些城市定期聚會，但其成員嚴格限於外國僑民。
當局允許官方批準的宗教組織保持對外聯繫，但不得受”外國勢力的支配”，對何謂”支配”則未提供釋義。 中國1994年頒布了有關的管理規定，2000年又對此等規定做了補充，匯總了許多涉及境內外國人的現行規章，其中包括不得勸人入教的禁令。然而，當局一般來說允許外國公民向其他外國人講道，可攜帶自用的宗教用品入境，受已登記的宗教組織之邀在教堂、清真寺和寺廟向中國公民講經布道。有關規定不允許外國人進行傳教活動，但是，目前在中國大專院校教書的外國基督教徒如果在發展教徒時保持低調，幾乎不受當局幹擾可公開宣講自己的信仰。中國各地有很多基督教團體同地方官員建立了密切的聯繫，在有些情況下，還開辦學校和老人院。此外，華中地區佛教僧侶辦的私立學校和孤兒院還為青少年提供培訓。
一些外國教會組織迫於壓力需向中國政府當局登記注冊，一些外國傳教士因其活動超出在華外國人社區而被驅逐出境或被勒令離開中國。除此，海外出版或發行的有關中國現代基督教現狀的書籍或資料受到政府的查禁，如電影紀錄片《十字架》和《耶穌在北京》(Jesus in Beijing)一書。一些在該紀錄片中接受採訪的基督徒受到當局訊問，或遭到短期拘留。
隨著中國基督教徒人數增多，對《聖經》的需求也相應增加。一家與海外基督教組織合資的印刷公司自1987年開辦以來印刷了2500萬冊《聖經》，其中包括布萊葉盲文及朝鮮族、景頗族、僳僳族、拉祜族、苗族和瑤族等少數民族文字版的《聖經》。許多書店以及大部份官方承認的教堂均有《聖經》出售。許多家庭教會成員在這些地方能順利購得《聖經》。一本《聖經》的價格由一美元至五美元不等，因此大部份中國人能夠承受。《聖經》在中國大部份地區得到充份發行，不過一些地下教會成員表示，在某些地區，尤其是在農村，《聖經》的供應和發行不足。個人不能直接從出版社訂購《聖經》。據來自家庭教會基督徒的報告說，大量購買《聖經》會引起對其不利的注意。海關人員繼續查緝向中國境內”偷運”《聖經》和其他宗教品。據可靠消息，當局有時在突襲家庭教會時沒收《聖經》。
政府在學校裡進行無神論教育。不過，大專院校裡正出現宗教熱。在本報告期內，一些學校對某些學科的學生規定了一門宗教課。
高級政府官員聲稱，中國對未成年人信教不施加限制。但聯合國負責教育事務的特別報告人在2003年9月訪問中國之後指出，中國學生缺少國際公認的接受宗教教育的基本權力。而且，一些地方官員，特別是新疆地區官員，阻止兒童參加宗教活動，一些宗教場所還懸掛標志，禁止未滿18歲者入內。高級政府官員尚無意澄清這種不一致的情況。在一些穆斯林聚居區，未成年人除在國家設立的學校上學外，還上宗教學校。在某些地區，大批年輕人在已登記和沒有登記的宗教場所參加宗教活動。
官方宗教組織管理地方聖經學校、54個天主教和新教神學院、10個培養伊瑪目和伊斯蘭學者的學院以及30多個培養佛教僧侶的佛學院。在這些學院受教育的學生必須”政治可靠”，畢業生還必須通過神學和政治知識考試才能成為神職人員。
政府聲稱，在新疆有10所提供伊斯蘭高等教育的院校和2所伊斯蘭學校在政府的支持下辦學。除此，自治區和地方穆斯林社區建立了許多阿拉伯語學校和清真寺學校。前者側重阿拉伯語學習，後者通常用於培訓伊瑪目或其他穆斯林神職人員的助理。一些穆斯林青年在國外穆斯林宗教學校學習。
中國存在非政府承認的宗教學校以及培養宗教人材的機構，但它們不能作為合法機構登記注冊。未登記注冊的機構的教育質量各有不同。一些這類機構在引起地方當局的注意之後遭到查封。
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