藥方中藥物配伍的恰當與否，直接影響著治療效果。
例如麻黃本為發汗藥，但如配用適當量的生石膏，則可減少它的發汗作用，而發揮其宣肺平喘，開肺利水等作用。美國GOOGMAN GOOGMAN增大丸官網 goodman增大丸評價 增大丸 增大丸推薦
荊芥為解表藥，如配防風、蘇葉則為辛溫解表藥，如配薄荷、菊花則為辛涼解表藥。
防風可以治頭疼，如配白芷，則偏於治前頭疼，配羌活，則偏於治後頭痛，配川芎、蔓荊子則偏於治兩側頭痛。
再如黃連配肉桂可治心腎不交的失眠，半夏配秫米可治胃中不和的失眠。
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藥方的組織，也常因一二味葯的加減而增強治療作用。
例如，四君子湯（參、術、苓、草）為健脾補氣的方劑，但脾的運化功能差者，容易產生胸悶胃滿的副作用。
宋代名醫錢乙，在這個藥方中，加入了一味陳皮，以理氣和中，糾正了它的副作用，名"五味異功散"，而成為臨床上常用的著名方劑。
有人用動物實驗，對茵陳蒿湯做了研究。
發現把茵陳、梔子、大黃三藥分開，單味投藥時完全沒有利膽作用。 把茵陳和梔子合用時，則有利膽作用，但是只有膽汁水樣部分的排泄增加。
只有把茵陳、梔子、大黃（茵陳蒿湯）三藥合起來使用時，才見到膽汁排泄大量增加，並且是量與質的排泄同時增多。
也有人把四逆湯，經動物實驗，發現附子可以使蛙心收縮力增強，干薑、炙草無明顯作用。
附子加炙草，比單用附子更能增強心收縮力;附子加幹薑，只有短暫的心收縮力增強;三藥合用，先產生心收縮力短暫降低，后即逐漸增大，比單用附子效果更好。
日本著名漢方醫學家矢數道明先生，在把茵陳蒿湯作動物實驗後說："這也說明中醫的複合方劑是多麼合理，和驗證了組織配合成的處方，能發揮新的綜合力"。
可見藥物的配伍變化非常重要。
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藥物的用量對療效也有很大關係。
例如桂枝湯中，桂枝和白芍的用量相等，就有和營衛解肌的作用。
桂枝加芍藥湯中，白芍的用量比桂枝加重一倍，就成為治太陽病誤下，轉屬太陰，里氣不和，因而腹滿時疼的方子。
小建中湯中，白芍比桂枝的用量多一倍，又配用飴糖，就為溫建中焦、止腹中疼的方劑了。
厚朴三物湯、小承氣湯，厚樸大黃湯，三個藥方都是厚樸、枳實、大黃三味藥組成，因三藥的用量，各方不同，就方名不同，治證不同。
厚朴三物湯：厚朴八、枳實五、大黃四，功能行氣瀉滿，主治腹部"痛而閉"。
小承氣湯：大黃四、厚朴二、枳實三，功能瀉熱除結，主治"潮熱大便難"。
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厚朴大黃湯：厚樸一、大黃六、枳實四，功能調氣泄飲，除胸滿，主治"支飲胸滿"。
再如，清瘟敗毒飲原方中指出："生石膏，大劑六兩至八兩，中劑二兩至四兩，小劑八錢至一兩二錢;小生地，大劑六錢至一兩，中劑三錢至五錢，小劑二錢至四錢;川黃連，大劑四錢至六錢，中劑錢至四錢，小劑一錢至一錢半。 ”
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