Eszterháza的新城堡於1760年在匈牙利地界修建。海頓當時的職責主要是作曲，領導合唱團，為宮廷成員演奏室內樂，以及組織歌劇創作。
海頓於1785年2月11日加入共濟會所ZurwahrenEintracht。莫札特未能參加他的入會儀式，因為當天他必須出席他父親列奧波德·莫札特的音樂會。莫札特也是該組織的成員。正是這種關係更加加深了海頓和莫札特之間的深厚友情。
1790年Nikolaus大公去世，他的繼承人沒有絲毫的音樂品位，因此解散了宮廷樂隊並讓海頓退休。海頓隨後接受了德國音樂經理人JohannPeterSalomon的邀請前往倫敦，加入他新組建的交響樂團及合唱團。這兩次出行(分別於1791~1792年和1794~1795年)取得了極大成功。聽眾為看海頓的演出蜂擁而來，使海頓名利雙收。在倫敦期間，海頓還完成了一些重要作品，如交響樂鼓聲，軍隊，倫敦，騎士四重奏和吉普賽人三重奏。
海頓曾經考慮加入英國籍並在那裏長期生活，但未能如願。他回到維也納，蓋了新房，並改變其作曲風格，開始寫氣勢宏大的合唱和交響樂作品。他完成了清唱劇“創世紀”和“四季”的創作，並為Esterházy家族寫了六首教堂樂作品。Esterházy家族那時的王子很喜歡音樂。海頓還完成了他的絃樂四重奏系列的最後九首，如皇帝四重奏，五度四重奏和日出。儘管海頓已經不年輕，他還是對未來充滿憧憬。在一封信中他寫道：“在這美妙的藝術中還有那麼多要做啊！”。
1802年，海頓感覺到一種多年困擾他的疾病開始惡化，以至於他身體上已經不能繼續作曲創作。這對海頓來講無疑是一次重創：正如他自己所說，有如此多的新鮮的音樂創意，如潮水般源源湧來，等著他去完成。儘管海頓在最後的幾年裏被僕人精心照顧，經常有人登門造訪，並得到了許多榮譽，但這絕不是他最快樂的時光。在生病期間，他經常靠彈奏奧地利國王頌來尋找精神安慰。這首曲子是他1797年以一個愛國者的熱情創作的。
海頓在拿破倫攻陷維也納後不久去世。他最後的遺言，竟是在鄰居遭到炮轟後他安慰僕人們不要害怕。海頓被葬在Hundsturmer墓地（海頓公園，維也納Meidling）。而Esterhazy家族對此竟然不聞不問。直到後來vonCambridge公爵和NikolausII.大公說起，才華橫溢的海頓曾在他家做過多年的樂長，他在1820年決定把海頓的墳遷到Eisenstadt的海頓教堂。當海頓的棺材被打開時，人們發現頭顱不見了。
後來調查發現，Esterhazy大公的秘書–JosephCarlRosenbaum，是當時頭骨學者FranzJosephGall的崇拜者。他買通了監獄管理人和其他兩個公務員，在海頓下葬八天后，把棺材打開，偷走了頭顱。因為當時找不到被盜的頭骨，人們只能將無頭的遺體運到Eisenstadt下葬。後來監獄管理人JohannPeter交給員警一個所謂的海頓頭骨，但真的頭骨在秘書Rosenbaum那裏。他讓好友Peter將頭骨轉交音樂學院。但直到Peter死也沒有完成這個任務。Peter的遺孀還是沒有做到。頭骨後來經過多人的手，直到1895年被維也納音樂家之友協會收藏在它的博物館裏直到1953年。又幾經周折，終於在1954年頭骨從維也納被運到Eisenstadt與身體合為一體，經歷了145年，海頓總算是有了全屍。
海頓音樂的最主要的特點是把細微簡單的音樂主題擴展成宏大的結構。他的音樂通常濃烈飽滿，在一個樂章中的關鍵情節經常迅速展開。他的很多作品的結構原理遵循奏鳴曲式，它的主要組成部分－ 在海頓的作品裏 － 如下：
呈示：音樂內容開始部分的呈現，緊接著向屬音的轉調（音樂的緊張程度開始升級），然後是屬音的終止。海頓風格的呈現部分與莫札特和貝多芬的不同之處在於，他常常不需要一個對比的“第二主題”來達到屬音，而是重複已展開的主題(或其變奏)。展開：音樂內容通過迥然不同調式的轉變被重組，轉換以及分解。通常會在短音階平行調達到一個高潮。再現：呈示部的內容被重新呈現，但主要在主音調上。通常這種重複包含著一個“二次展開”，以此達到變調到屬音的效果。這個二次展開通常在下屬音發展。與莫札特和貝多芬不同，海頓經常在再現部將主題的順序打亂。
海頓的作曲實踐也影響了莫札特和貝多芬。貝多芬的初期作品經常是以冗長鬆散的奏鳴式展開，但緊接著在他所謂的“中期”運用了海頓的方法，這就是在十分簡單的基調上逐漸發展出高度有機的音樂結構。
也許海頓不同于其他作曲家的另一個特點就是他在曲子裏加入的幽默。最有名的例子是第94號交響曲《mit dem Paukenschlag》突然響起的和音。還有更有意思的：在四重奏Op. 33 Nr. 2 和 Op. 50 Nr. 3 的假結束以及他在Op. 50 Nr. 1 platzierte故意放進的那些古怪的週期性的幻覺。
海頓的早期作品寫自於晚巴羅克風格（巴赫和亨德爾的音樂就是這種風格）過時之際，當時的海頓還沒能寫出使用新式語言的有分量的作品。那是一個學習和風格不穩定的時期，而海頓（在18歲時巴赫去世）本身就是一個當代音樂研究者。海頓也承認巴赫的次子、前輩卡爾·菲力浦·艾曼紐爾·巴赫對自己的作品影響很大。
細心分析海頓創作的1749到1802這50年，可以看出海頓的作品逐漸開始變得複雜和細膩，這是海頓從自己的經驗和同儕中得到的，其中一些作品是他風格演化的里程碑。
1760年末1770年初，海頓進入所謂的狂飆運動時期，作品充滿尖銳的和絃，突兀的轉句，少見的小調和聲。35到55號之間的交響曲大都是這樣的作品。這段時間海頓專心研究對位法，並嘗試寫賦格，不過這種賦格和巴赫的賦格作品不大相干，而是源於義大利的維也納傳統賦格，例子就是寫於1772年的六首“太陽”絃樂四重奏Op. 20的終樂章。
1781年，海頓發表了6首絃樂四重奏Op. 33，並敬告聽眾，這將是一批“全新的、另類的”作品。Charles Rosen曾經說過，這並不是炒做，而是認真的。他指出了許多在這些作品裏體現的海頓作曲風格的重要進步。比如樂句之間流暢的過渡、後句的主調非常自然的不間斷地從前句衍生出來、嫺熟的將陪襯部分從主調部分發展出來，以及注重所有樂器保持其完整性（也就是貝多芬所所說的“obligates Accompagnement”)。這些里程碑式的風格轉變影響到海頓其後創作的很多四重奏作品。
從1781年及1782年起，海頓開始經常與莫札特切磋技藝。兩位音樂巨匠惺惺相惜，友情不斷加深。在音樂界有海頓的前莫札特和後莫札特時代的定義。
在18世紀90年代，由英國之旅的激發，海頓發展出所謂的“大眾風格”，就是迎合廣大聽眾口味而導致空前的巨大成功，但又不乏學院派的嚴謹的風格。海頓借鑒了奧地利和克羅地亞的民間音樂素材，並將其融合到作品中。民樂的作用在於加強了作品的穩定性，尤其在結構宏大的作品中作用尤為突出。在其後期作品中人們經常能品位到海頓的這種大眾風格，比如12首倫敦交響曲和其後來的兩出清唱劇的鋼琴三重奏。
海頓的音樂風格熱情、典雅，充滿了歡樂、幸福、和平的氣氛。他的音樂就象優美的田園詩一樣。他總是用這種筆調來歌頌大自然，歌頌生活。在他的作品中，還經常可以感受到鮮明的奧地利民歌風格。海頓作品的另一個特點是具有巧妙的幽默感，樂曲中充滿了愉快而別致的情趣。
海頓對古典音樂的主要貢獻是交響曲和四重奏，由於他對於交響曲體裁的形成和完善作出了巨大貢獻，被人們稱作“交響樂之父”。海頓的性格善良，誠懇而質樸，是一個人道主義者。他的這些性格在音樂中得到了十分明顯的體現。他還熱心關懷青年音樂家，莫札特、貝多芬等作曲家都曾向海頓求教，並且尊稱他為“我們的父親”。
海頓是一位元多產的作曲家，作品涉及的範圍也十分廣泛，其中包括歌劇、神劇、清唱劇、交響曲、器樂協奏曲、絃樂四重奏以及其他室內樂作品。他最有代表性的作品有《驚愕交響曲》、《午別交響曲》、《時鐘交響曲》、清唱劇《創世紀》和《皇帝四重奏》等。這些作品都與奧地利民間音樂保持著緊密的聯繫，深刻地反映出海頓純樸、明朗、幽默和樂觀主義音樂風格，並對後代音樂家的創作產生了巨大影響。海頓晚年兩次訪問倫敦都取得了巨大成功，並創作了《倫敦交響曲》。海頓一生取得了巨大的成就，在世界音樂史上佔有十分重要的地位。
從未有人對海頓的音樂天才表示懷疑，但卻發生過面對著藝術家本人而懷疑他究竟是不是海頓的怪事。他身材粗笨矮小，相貌又不大好看，致使一向喜愛海頓音樂的公爵夫人多恩在第一次見到他時竟失聲問道：“你是真正的海頓嗎？......” 儘管我們的大師其貌不揚，卻十分善良、純樸、幽默和平易近人，因而，他的好友與崇拜者們都親切而風趣地稱他為“海頓爸爸”。
有一次，他意外地接待了一位不速之客--屠夫。一見面，客人就恭恭敬敬地摘下帽子，虔誠地請求道：“尊敬的大師，我最親愛的小女兒即將舉行婚禮，對我來說，這是重大事件。我滿懷感激之情，請您為我寫一首最美的小步舞曲。如此重大的請求，除了向您提出，還能去找誰呢？”
善良誠懇的海頓立即慨然允諾。到了約定之日，他果真寫成一首典雅的《C大調小步舞曲》屠夫千恩萬謝地取走了這份珍貴的禮物。幾天之後，正當作曲家伏在書桌前全神貫注地埋頭寫作之際，窗外突然爆發出一陣震耳欲聾的混雜聲響，著實把海頓嚇了一跳！他好不容易才反應過來：這是有人在奏樂，是什麼曲子呢？
大師懷著一顆好奇的心仔細聽了半天才終於恍然大悟：天哪！這不正是自己前幾天作的那支《C大調小步舞曲》嗎？他趕緊跑到窗口向外張望，只見臺階上立著一頭強健的公牛，牛角上還掛有金色的彩帶，喜笑顏開的屠夫站在一旁，身後是滿面春風的女兒女婿，一支由流浪藝人組成的樂隊正在起勁地吹吹打打！屠夫莊重地走上前來，懇切地說：“尊敬的大師，對一個屠夫來說，用健壯的公牛來對優美的小步舞曲表示謝忱是最好不過的了。”
海頓在宮廷供職的30年裏，埃斯特哈齊王宮兩易其主(召海頓進宮的保羅·安東王子于1762年去世，繼位的胞北尼古拉王子于1790年病故)，1790年繼位的新主人只聘請他作掛名的音樂指導，海頓從此得到自由，於是他移居到維也納。
1791年，應英國之邀，海頓前往倫敦訪問。在此期間，他出席了紀念已故大作曲家亨德爾的音樂會。當大廳裏迴響起亨德爾的名作《哈裏路亞》時，年近60歲的海頓激動得突然振臂高呼：“亨德爾是我們一切人的先師！”接著，便如同小孩子一般哭泣起來，全場聽眾無不肅然起敬！ 1809年5月31日，海頓在維也納逝世，享年77歲。遺體被葬於聖麥斯公墓。
德國作曲家瓦格納(1813-1883年)在評論海頓時曾這樣講道：他一生追求平靜安逸的生活和力圖保持受人敬愛的地位，所以他被看做唯命是從、卑躬屈節的人。海頓不像莫札特那樣，敢於同封建勢力進行鬥爭，更比不上貝多芬，英勇主動地向黑暗現實發動猛攻！海頓就是海頓，他雖有時對屈辱的處境感到痛苦，卻能安於現狀，自得其樂。他的音樂風格正如他的個性：樂觀、親切、真誠、爽朗、幽默。
海頓被後人推崇為“交響曲之父”與“絃樂四重奏之父”。其實，無論交響曲還是絃樂四重奏都不是由他首創，不過，這兩個尊稱卻並過譽，因為正是在他的培植下，這兩種重要的器樂曲體裁才從草創進入了成熟階段。
在絃樂四重奏中，他採用“說話的原則”，即各聲部彼此像交談般地呼應，既有清晰的旋律，又有複調的美感。莫札特說：“從海頓那裏我才第一次學會了寫作四重奏的真正方法。”在交響曲中，他“確立了以短小動機加以動力性展開的奏鳴性發展原則，廢除了數位低音的傳統，以及開始確立了近代管弦樂的編制和配器原則”。這些，都給予莫札特和貝多芬很大的啟迪。(續)
設置於海頓出生地(奧地利南方靠近匈牙利邊境的風景秀麗的羅勞村)的紀念像， 下方樂譜即為著名的奧地利國國歌。
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