1945年夏天，二次大戰的歐洲戰區，隨著希特勒的自殺，已經「西線無戰事」了。然而亞洲這邊的太平洋地區，中國戰區裡國共雙方正忙著爭奪對方的地盤，蘇聯也始終按兵不動。消滅日軍的責任，就完全落在太平洋上的美軍了。
雖然自中途島戰役後，美軍就一路告捷。收復硫磺島、菲律賓之後，明眼人也都心裡有數，日本終將接受「波斯坦宣言」。但當時的日本軍國政府，卻依然頑抗到底，對軍民提出「聖戰」、「玉碎」的訴求。而美軍要進攻台灣、沖繩這些日本原來的「領土」，也要面臨之前更大的「苦戰」。
經過重大傷亡才勉強登陸的美軍，終於在琉球王國古都首里建立了前進指揮所。然而日軍的頑抗，比起那些二次大戰開始後才佔領的殖民地更慘烈。雖然6月之後美軍已取得優勢，開始向鄉間進剿，逐個爭奪洞穴，每天都有近千的軍民被擊斃，或被燒死在山洞裡。可是美軍的傷亡也極慘重，連陸軍第10集團軍司令巴克納中將，也在6月18日視察時被砲擊殉職了。
6月24日星期天的清晨，首里的美軍前哨衛兵，被眼前的景象嚇了一跳。一個眼上蒙著軍服剪下來作成的紗布，身材高大卻瘸腿的高大白人，被兩個倒背著三八步槍，全副武裝的日軍扶著，高唱著＜奇異恩典＞（Amazing grace）的詩歌走來。衛兵趕緊將這白人送去野戰醫院，兩名日軍則繳械後關進戰俘營。
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原來這兩個日本充員兵，一個叫山本，一個叫木津，他們都是來自長崎的孤兒。小時候他們被美國傳教士所辦孤兒院收留，長大後雖然不是基督徒，卻對兒時傳教士所教唱的詩歌印象深刻。雅各所唱的詩歌，喚醒了他們起初的愛，於是他們決定保護這位語言不通、又盲又瘸的弟兄回到他自己的國家。至於他們自己的安危，他們根本沒想到。
山本與木津被關在美軍的戰俘營裡，雅各每星期天，都會請人扶他去「看」這兩位弟兄。幾星期後，沖繩的日軍被完全殲滅，雅各則要被送回美國本土療養。臨別前他向山本與木津相約，戰爭結束後他一定會去日本「看」他們。
雅各在美國讀完了神學院後，擔任傳道人，他去日本找到了山本與木津，然後一起接受差會的安排，來到台灣宣教。後來日語在台灣慢慢式微，但山本與木津認真學會了華語和福佬語，繼續協助雅各在台灣傳揚福音。他們在台灣20多年的配搭服侍，見證了這一切在人所不能的，在神卻一切都能。
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台灣在清朝領台時，除了傳教士所建立的西式學校外，完全沒有任何近代化的國民教育。少數人得以接受為科舉而設的「書房教育」，但根據1896年日本領台時的統計，就學率僅有0.57%，竟然連百分之一都不到。
1895年5月21日，台灣總督府任命伊澤修二為學務部長，他在被清軍劫掠之後的台北大道埕民宅，租屋設立「國（日）語傳習所」，他擔任所長。6月26日又將傳習所遷到台北城外的八芝蘭（今日的士林）芝山巖。
伊澤修二只為了七名學生，就從日本請來了六位教師：楫取道明（山口縣人，38歲）、關口長太郎（愛知縣人，37歲）、桂金太郎（東京府人，37歲）、中島長吉（群馬縣人，25歲）、井原順之助（山口縣人，24歲）、平井數馬（熊本縣人，18歲）。
這六位日本教師，都是在日本最優秀的知識份子。楫取道明出身華族，父親是貴族院議員（還是男爵）；最年輕的平井數馬是個神童，十六歲就通過日本高級文官考試。他們放棄在日本國內的錦衣玉食，甘願來台灣這「瘴癘之地」推廣教育。
但不幸他們六人剛來不久，就在1896年1月1日，被台灣「盜匪」斬殺，頭顱掛在賴昌家門前，只剩無首的遺骸。至於他們的錢財衣物，以及放在傳習所裡從日本帶來的興學基金，也被洗劫一空。
楫取道明等六人殉職的消息傳到日本，朝野震驚，首相伊藤博文親撰：「學務官僚遭難之碑」，豎立在芝山巖，這六位被殺日本老師，被稱為「六氏先生」。接下來為了推廣教育，先後又有327名教師殉職。但也因這些人的犧牲，日本在台灣推行的義務教育，入學率甚至高過日本四島，成了世界第一。
「六氏先生」被台灣人視為教師的典範，但1945年戰後，老蔣的國軍一登陸，就開始瘋狂的「文化大革命」，將「六氏先生」的殉職紀念碑砸毀埋掉，遺骨被挖出暴屍路邊。在原址另外興建「雨農紀念館」，紀念老蔣的前特務頭子戴笠（字雨農）。
戴笠是老蔣在大陸時期的「東廠總」，一生為老蔣或明或暗，殺上百萬的政敵與無辜人民，最後在1946年因原因不明的空難而暴斃，究竟是「匪諜」的陰謀報復，或是鳥盡弓藏的「滅口」，至今真相難明。從老蔣毀棄教師的紀念碑，又施以殘酷的挖棺暴屍，進而要台灣人紀念與他們毫無淵源的特務頭子，象徵對他一人的效忠。他的人性水平與統治風格，從這件事上也讓台灣人印象深刻。
「六氏先生」的屍骨，解嚴前被當地人撿拾收藏，另立無名碑。解嚴後紀念碑被當地人挖出後重新樹立，卻遭到大中國沙文主義者惡意破壞。1996年6月1日，士林國小校友會為了紀念一百週年校慶，才將「六氏先生」紀念碑重新建立，由台北市長陳水扁與日本前勞動大藤尾正行揭幕。無論中日之間政治立場有何差異，對教師遺骸與歷史古蹟，還是應該有點基本的文明手段。
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相對於老蔣的「毀」人不倦，日本教師在「誨人不倦」上，除了官方的義務教育外，更多是熱心的醫師從日本專程來台推廣。其中最被台灣人懷念的，是三代在台推廣盲人教育的木村謹吾醫師。
木村醫師是虔誠的基督徒，父親也是盲人。1895年9月，他隨二十名軍醫來台後，先是致力於撲滅傳染病，在衛生條件改善後，他除了繼續行醫濟世外，又開始推動盲人教育。
木村醫師在進入烽火連天的台南城裡時，看見1870年來台的英國牧師甘為霖，沒有撤退到安全的領事館裡，反而帶領著一群盲童在學習點字，尤其是聽到甘牧師與盲童唱著詩歌＜奇異恩典＞（Amazing grace）”I once was lost, but now I’m found .Was blind, but now I see”（前我失喪，今被尋回，瞎眼今得看見）心裡非常感動，於是他立刻決定投入啟明教育。
他先向兒玉總督建議，設置公立的盲啞學校。可是當時台灣戰火平息未久，經濟還在起步，義務教育都還百廢待舉，當然沒有經費與人力。但他並不灰心，決定拿出自己的積蓄，以及在日本的弟兄姊妹們的捐款，1917年在台北的蓬萊街（今重慶北路），動創設「木村盲啞教育所」。
盲啞教育所的開銷極大，要靠私人來維繫，實在不是一件簡單的事。木村醫師只好右手拿聽筒，左手拿教鞭，節衣縮食來維持盲啞教育所。後來台灣有些本地人與日本人受浸歸主後，也認同木村的理念，有了更多的捐款，到1920年，擴大為「私立台北盲啞學校」。
經過木村醫師十多年的努力，社會大眾也認識了啟聰與明教育的重要性。木村就將「私立台北盲啞學校」捐給政府，改制為「台北州立台北盲啞學校」，校長改由木村謹吾之子木村高明接任。裕仁天皇還是太子時，在1923年訪台，還親頒「教育功勞者」的銀盃給他。
戰後，老蔣接收台灣，木村家族被遣返日本，國府在1946年將台北盲啞學校改名為「台灣省立台北盲啞學校」。1975年7月時將盲聾兩部獨立設校，更名為「台北市立啟聰學校」。雖然木村家族被迫離開了台灣，但台灣民眾卻永遠懷念這位偉大的基督徒醫生與教育家。
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1906年7月31日，賀田樟腦株式會社採取組的技術員井上彌之助，在花蓮烏理蕃地（今秀林鄉佳民村），被太魯閣族的原住民「出草」，只留下沒有首級的屍體。
當這個惡耗傳回來日本高知縣時，正在神學院讀書井上伊之助，激動地立下定決心，要去台灣替父親「報仇」。然而就在他立志的隔天，在靈修會上聽到「めぐみはわがみの おそれを消し」（如此恩典，使我敬畏，使我心得安慰。）的詩歌，使他猛然醒悟過來，原來父親的死，其中也有神的旨意。
接著他又聽到牧師在說【聖經】羅馬書十二章「親愛的弟兄，不要自己伸冤，寧可讓步，聽憑主怒；因為經上記著：主說：伸冤在我；我必報應。所以，你的仇敵若餓了，就給他吃，若渴了，就給他喝；因為你這樣行就是把炭火堆在他的頭上。你不可為惡所勝，反要以善勝惡。」
牧師所引用的聖經，句句都像是神在對他說話。他明白了「最好的報復方式，就是用愛勝過惡。」生命中最大的力量就是愛，也只有用愛才能改變人。日本的軍事武器與政治勢力，沒有辦法改變殺父仇人。只有愛，才能使仇恨消弭。於是他在禱告後決定，畢業後要來台傳福音給原住民。
但當時日本殖民政府的「理蕃政策」，就是強迫台灣原住民的接受「神道化」的軍國主義，因此禁止任何傳道者進入原住民部落傳福音。井上伊之助知道這種限制之後，就進伊豆仁田的「寶血堂醫院」習醫。
1911年8月，他獲頒醫師許可證，10月16日來台，接受新竹廳樹巴林支廳的邀請，單身進入「加來拜蕃人療養所」擔任公醫。隔年，他再將妻子小野千代從日本接來。這裡的原住民非常「仇外」，常常「岀草」，日本派來的警察、教員大多單身赴任，但井上夫婦卻抱著必死的決心，深入山地。
其實他們真正的目的，是要用醫療服務來傳福音給原住民，他認為這是神教導他的「報仇」方式。絕不是用仇恨，而是用真心的愛來回應原住民殺死他父親的悲痛。他在新竹山地，一面行醫，一面向求醫者「隱秘」的傳福音。
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1915年夏天，小野千代懷了第一胎待產，因為山地的衛生條件太差，官方與親友都勸她回日本生產，否則最少也應去台北的日本人醫院；但她卻以原住民也沒有下山生子為由，堅決讓長女在山地出生。1917年時，井上因瘧疾、眼疾與十二指腸潰瘍，不得不回日本治療，但病情稍有起色，他又再度來台。
井上伊之助一家，一面學習原住民的語言、一邊醫療傳道，在生活品質低落的部落中，仍有許多不良的習俗（如獵人頭）及種種的疾病（如瘧疾），然而井上卻都耐心的教導他們，漸漸改正劣習及改善環境，並身體力行的付出他的愛，成為原住民的好朋友。
井上夫婦行醫的足跡，遍佈羅東、花蓮、桃園、新竹、南投霧社等原住民部落，長達三十五年之久。他在走過的部落裡設立醫療站，醫治原住民身體的疾病，藉機傳福音給他們，井上伊之助因此被原住民稱為「台灣原住民醫療之父」。
1930年時，霧社事件爆發，日本軍警為了追剿德克族部落死傷慘重，於是總督府有官員密令井上，藉機毒殺在收容所裡的「凶番」；但井上毫不懼怕軍國主義者的威脅，斥責為「愛國」而來傳話的日本人：
「我沒有那種藥。我是醫生，即使有藥也不能用來殺人。總督府也不該在招撫時答應投降就不殺，現在又偷偷毒殺他們。這是有關日本誠信的問題。」
總督府的毒殺「凶番」計策，被井上拒絕後只好放棄，改用「以夷制夷」的手段，脅逼土魯閣群、道澤群等部族組成「味方蕃」襲擊隊，在4月25日清晨分批攻擊霧社事件餘生者居住之西寶、羅多夫二收容所，被殺及自殺者共216人，這就是「第二次霧社事件」。
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1945年8月，日本宣布投降後，老蔣派來的「台灣長官」陳儀（日本士校畢業的日本通），開始遣返日本人。井上為了要讓原住民得到更好的醫療照護，改名為「高天命」，向長官公署陳情希望能留下來，獲得陳儀的准許。因為陳儀也知道沒有人能取代井上一家在山地醫療工作上的貢獻。
然而1947年228事件爆發後，老蔣為了「關門打狗」，軍隊要入山「清鄉」，不願屠殺「同胞」的醜行被外人看見，下令遣返所有還留在台灣的日本人。井上伊之助一家也因此接到了「歸國命令」。
當井上伊之助被迫要離開台灣的消息一公佈，原住民部落一片哀痛悲憤聲。井上一家在台行醫35年，被遣返時竟身無長物，全家財產只有他三個孩子的骨灰。他的五個孩子都生在台灣，其中三個還死在台灣。
1987年7月，連蔣經國也在政治現實下，被迫說出：「我在台灣30年，我也是『台灣人』。」只是不知同樣的道理用在井上這一家人身上，他們能不能算是「台灣人」呢？
井上伊之助回日本後，在靜岡縣的東海大學擔任講師，1954年退休，1966年息了地上的勞苦，享年84歲。臨終前他還在關心他的「殺父仇敵」台灣原住民，最後的遺言是告訴他的子孫：
「神用我們作肥料，要讓福音的種子，在台灣山地部落裡結實長大。」
