民國八十八年九月間，國民大會通過延任修憲案，據該第五次修憲憲法增修條文第一條規定：「國民大會代表第四屆為三百人，依左列規定以比例代表方式選出之。並以立法委員選舉，各政黨所推薦及獨立參選之候選人得票數之比例分配當選名額，不受憲法第二十六條及第一百三十五條之限制。比例代表之選舉方法以法律定之。一、自由地區直轄市、縣市一百九十四人，每縣市至少當選一人。二、自由地區原住民六人。三、僑居國外國民十八人。四、全國不分區八十二人。國民大會代表自第五屆起為一百五十人，依左列規定以比例代表方式選出之。並以立法委員選舉，各政黨所推薦及獨立參選之候選人得票數之比例分配當選名額，不受憲法第二十六條及第一百三十五條之限制。比例代表之選舉方法以法律定之。一、自由地區直轄市、縣市一百人，每縣市至少當選一人。二、自由地區原住民四人。三、僑居國外國民六人。四、全國不分區四十人。國民大會代表之任期為四年，但於任期中遇立法委員改選時同時改選，連選得連任。第三屆國民大會代表任期至第四屆立法委員任期屆滿之日止，不適用憲法第二十八條第一項之規定。第一項及第二項之第一款各政黨當選之名額，在五人以上十人以下者，應有婦女當選名額一人。第三款及第四款各政黨當選之名額，每滿四人，應有婦女當選名額一人。國民大會之職權如左，不適用憲法第二十七條第一項第一款、第二款之規定：一、依增修條文第二條第七項之規定，補選副總統。二、依增修條文第二條第九項之規定，提出總統、副總統罷免案。三、依增修條文第二條第十項之規定，議決立法院提出之總統、副總統彈劾案。四、依憲法第二十七條第一項第三款及第一百七十四條第一款之規定，修改憲法。五、依憲法第二十七條第一項第四款及第一百七十四條第二款之規定，複決立法院所提之憲法修正案。六、依增修條文第五條第一項、第六條第二項、第七條第二項之規定，對總統提名任命之人員，行使同意權。國民大會依前項第一款及第四款至第六款規定集會，或有國民大會代表五分之二以上請求召集會議時，由總統召集之；依前項第二款及第三款之規定集會時，由國民大會議長通告集會，不適用憲法第二十九條及第三十條之規定。國民大會集會時，得聽取總統國情報告，並檢討國是，提供建言；如一年內未集會，由總統召集會議為之，不受憲法第三十條之限制。國民大會設議長、副議長各一人，由國民大會代表互選之。議長對外代表國民大會，並於開會時主持會議。國民大會行使職權之程序，由國民大會定之，不適用憲法第三十四條之規定。」
此乃引發輿論強烈批評，朝野立委亦紛紛對此提出釋憲聲請，冀望象徵憲法實質正義守護者之大法官能解決以程序民主之名製造的不義與不法。司法院大法官對此乃於總統大選過後，亦即於八十九年三月二十四日作出釋字第四九九號解釋。從釋字第四九九號解釋文可知，大法官對本案係採司法積極主義的態度取向，甚且以程序瑕疵為由，否定該當實體修憲結果，此似已逾越憲法對之所創設賦予的功能結構，明顯侵犯到修憲機關（國民大會）的權力核心領域。茲以功能取向分析法評析本案。
一 「無記名投票方法違反責任政治原則（修憲程序有瑕疵）」方面
國民大會修憲程序有瑕疵，如果判定違憲，即等於從程序面將國民大會修憲行為全部予以否決，則第五次憲法增修條文違反程序瑕疵部分，將全文歸於無效，國民大會勢必須重新進行修憲。惟修憲程序是否為大法官所得置喙，不失為一可討論之問題。修憲程序係屬議會自律事項，受議會自律原則規範，從功能結構的觀點加以審視，司法院大法官仍可對此等議會自律事項根據「明顯重大瑕疵」施以明顯性審查，以為合憲控制。換言之，縱使是議會自律事項，仍必須在憲法框架範圍內方有其自由形成空間，如有違反憲法成立基本規定之明顯重大瑕疵（例如明顯牴觸憲法第一七四條規定），大法官仍得對之宣告違憲無效；倘若其瑕疵是否達到足以影響憲法成立之重大程度尚有爭議，並有待調查者，即非明顯，大法官自應依循議會自律原則不得予以置喙（釋字第三四二、三八一、四三五號解釋）。
該解釋文謂「…修改憲法亦係憲法上行為之一種，如有重大明顯瑕疵，即不生其應有之效力。所謂明顯，係指事實不待調查即可認定；所謂重大，就議事程序而言則指瑕疵之存在已喪失其程序之正當性，而違反修憲條文成立或效力之基本規範…」，足見大法官亦以明顯重大瑕疵之明顯性審查作為本案的審查標準。惟其於解釋文第一項末段謂：「國民大會於八十八年九月四日三讀通過修正憲法增修條文，其修正程序牴觸上開公開透明原則，且衡諸當時有效之國民大會議事規則第三十八條第二項規定，亦屬有違。依其議事錄及速記錄之記載，有不待調查即可發現之明顯瑕疵，國民因而不能知悉國民大會代表如何行使修憲職權，國民大會代表依憲法第一百三十三條規定或本院釋字第三三一號解釋對選區選民或所屬政黨所負政治責任之憲法意旨，亦無從貫徹。此項修憲行為有明顯重大瑕疵，已違反修憲條文發生效力之基本規範。」
足見司法院大法官於解釋文中雖揭示係引用重大明顯瑕疵（明顯性審查標準）為審查此等修憲程序的標準，但從其對本案推論的過程及作出的結論加以審視，即可得知其實乃採行強烈內容審查標準，惟從功能結構的觀點審視，司法院大法官對於此等修憲程序實不宜採取如此嚴格的審查標準。賴英照大法官的協同意見書亦謂：「……依本院釋字第三四二號、第三八一號及第四一九號等解釋所確立之議會自律原則，本件國民大會之議事瑕疵尚未達明顯重大之程度。退一步而言，如認為憲法修改程序應力求完善，不容有任何瑕疵，則應變更上開解釋，重新建立嚴格之審查標準。惟本解釋一面固守先例，一面卻又宣告系爭修憲程序有明顯重大之瑕疵，尚欠允當……。」
此外，此上有其他若干值得商榷之處：
首先應予審究者，乃「無記名投票」是否屬於憲法「憲章」（基本原則）或「憲律」之範圍。在「憲律」方面，憲法第一七四條第一款規定：「憲法之修改…由國民大會代表總額五分之一之提議，三分之二之出席，及出席代表四分之三之決議，得修改之…。」足見「憲律」部分並未限定修憲程序非採「無記名投票」不可，蘇俊雄大法官的協同意見書亦謂：「……憲法賦予國民大會修憲權，國民大會之代表應依據民主政治的原則行使其權限，此亦適用於議會的內部關係。惟憲法對國民大會之代表，並無明確規定其修憲權之行使，僅限於公開行使，方具效力。在責任政治原則的要求之下，修憲公開、透明原則，僅強調民主政治理性溝通時，應儘量予以尊重，但是憲法卻未對國民大會代表設定禁止採用無記名投票方式行使職權的憲法義務。誠如，西方許多論者認為，由於很難從憲法規範秩序中推導出公開義務的要求……。」
因而是否採行「無記名投票」，實屬議會自律範圍，乃留待政治自由形成空間加以填補，基此，亦有國民大會議事規則之訂定。於是接下來所應考量者，乃「無記名投票」是否屬於「憲章」部分，亦即可否將「無記名投票」與「程序正義」此等憲法基本原則畫上等號。「公開透明原則」誠屬「程序正義」內涵之一，然「公開透明原則」的定義究屬「投票公開」或「討論公開」尚有爭議，賴英照大法官的協同意見書亦謂：「……本解釋認為修憲程序應符合公開透明原則，固屬確論；惟所謂公開透明，其範圍究係僅指討論議案之公開？或更包含投票內容之公開？學說未有定論。各國憲法關於修憲程序應否採行記名投票仍有不同之規定……。」因此，如將之等同「投票公開」而定位在憲法基本原則之「程序正義」的內涵上，恐有「修憲」之虞。足見本案此部分尚難謂已違反「公開透明原則」進而牴觸憲法基本原則。
其次所應審究者，乃主席採無記名投票裁決於程序上是否存有明顯重大瑕疵。換言之，應根據釋字第三四二、三八一、四一九、四三五號解釋所建構的審查密度（明顯性審查標準），對此施以低密度的審查。經查發現：第一，程序瑕疵未臻「明顯」，蓋本案採無記名投票裁決的程序是否有違法事實尚有爭議，並非不待調查即可認定，故倘將之施以低密度的明顯性審查，其瑕疵尚未臻至「明顯」﹔第二，程序瑕疵未臻「重大」，蓋本案採無記名投票裁決的程序尚難謂其瑕疵之存在已喪失其程序之正當性，進而違反修憲條文成立或效力之基本規範，故倘對之施以低密度的明顯性審查，其程序瑕疵尚未臻「重大」。此可觀諸孫森焱大法官之部分協同意見書、蘇俊雄大法官之協同意見書、賴英照大法官之協同意見書、陳計男大法官之協同意見書暨部分不同意見以及書聲請人鄭寶清等之代理人湯德宗教授、鑑定人李建良副教授、鑑定人林子儀教授、鑑定人許宗力教授之意見。
足見無記名投票本身是否違反公開透明原則，實存有爭議。而主席採無記名投票裁決過程之瑕疵，亦未達明顯重大。因此，根據明顯性審查標準進行低密度審查，乃尚未達違憲程度，其以無記名投票方式進行修憲程序實屬議會自律範圍，大法官自應予以尊重。
林永謀大法官更進一步的認為此等修憲程序的議會自律事項不能與立法程序的議會自律事項相互比擬，故不能以等同的審查標準來處理此案。從其所提部分協同意見書不難得知其亦注意到功能結構之功能法取向（功能取向分析法）的觀點，並以修憲權與立法權功能結構的差異性，進而認為「重大明顯瑕疵」審查標準僅可適用於一般立法程序瑕疵之審查，而不應適用於對修憲程序瑕疵之審查。惟「重大明顯瑕疵」係一抽象概念，其適用可因審查標的的不同而為適度調整，故可基此建構出更多更細微的標準與案型，不必將之侷限為絕對性的概念，毋寧將之視為一種最寬鬆的明顯性審查標準，並依個案作不同的細緻化與具體化。此外，從功能結構的觀點來看，違憲審查密度的高低排序，似應為：行政權→立法權→修憲權，蓋其不僅組織程序與結構程序各不相同，且其法位階效力亦各有異，加以修憲權的行使係主權行為的行使，其重要性雖在制憲權之下，但卻在行使統治權的行政權、立法權與司法權之上，自應擁有更大的政治自由形成空間，故大法官在行使違憲審查權時，宜對其政治自由形成空間更為尊重，採取較對行政權與立法權更寬的審查標準，否則即有破壞功能性權力分立原則之嫌。林永謀大法官雖從功能結構的觀點出發論述，但卻未顧及國民大會與立法院功能結構與憲法地位的差異性，故其是否掌握了功能取向分析法的真義，實令人質疑。
原載於：陳怡如，〈功能取向分析法在我國釋憲實務之運用〉，《憲政時代》，第27卷第1期，2001.07，頁124~126。
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