二 「現任國民大會代表及立法委員於任期中延任是否違憲」方面
國民大會修憲到底有無界限，此於學理上乃有「修憲界限說」與「修憲無界限說」之爭。根據現代實質憲法論的觀點，係以立憲主義為憲法內涵，其終極目標在於保障人權，故整個憲法位階的價值序列中，一般性根本規範係位於最優位的地位，為個別性根本規範與其它法令所不得侵犯的部分，故欲確保憲法的實質性，乃有必要承認「修憲界限說」。惟基於憲法的包容性與適應性之考量，對於修憲界限多採從寬解釋，促使憲法得以良性變遷；換言之，其多將一般性根本規範，諸如個人尊嚴、基本人權、國民主權等憲法基本原則，定位於憲法中的「憲章」地位，而修憲權所得行使者乃個別性根本規範的「憲律」部分。既然承認「修憲界限說」，大法官當可本於功能結構的觀點根據一般性根本規範的「憲章」對國民大會修憲行為所為個別性根本規範的「憲律」進行審查，則「修憲條文」自得為大法官違憲審查權之標的。
綜觀本解釋文謂「…修憲職權所制定之憲法增修條文與未經修改之憲法條文雖處於同等位階，惟憲法中具有本質之重要性而為規範秩序存立之基礎者，如聽任修改條文予以變更，則憲法整體規範秩序將形同破毀，該修改之條文即失其應有之正當性。憲法條文中，諸如：第一條所樹立之民主共和國原則、第二條國民主權原則、第二章保障人民權利、以及有關權力分立與制衡之原則，具有本質之重要性，亦為憲法整體基本原則之所在。基於前述規定所形成之自由民主憲政秩序，乃現行憲法賴以存立之基礎，凡憲法設置之機關均有遵守之義務…」，其雖未就修憲有無界限予以正面表示，但已肯定憲法條文中具有不容修改的憲法本質重要問題（憲法核心課題），此無異是將修憲界限定位在不得違犯諸如民主共和國原則、國民主權原則、保障人民權利、權力分立制衡原則等具本質重要性的憲法基本原則上，修憲機關如果牴觸此等憲法基本原則，即逾越了修憲界限，大法官本於憲法所賦予的功能結構自得對之予以違憲無效之評價與非難。基此，現任國民大會代表及立法委員於任期中延任，實已牴觸了上述憲法基本原則，其予以違憲無效之宣告，值得嘉許！
三 「國民大會代表改為政黨比例代表制是否違憲」方面
承上所述，如將民主共和國原則、國民主權原則、保障人民權利、權力分立制衡原則等具本質重要性的憲法基本原則定位在「憲章」上，則不僅修憲權不得對之予以修改，其所修改的「憲律」部分亦不得與之牴觸。有關國民大會代表改為政黨比例代表制，應屬個別性根本規範的「憲律」部分，為修憲權所得修改創設之部分，甚至亦可不在憲法層次中明定，而逕於法律層次中作規定即可。基此，國民大會改採政黨比例代表制與國民主權原則、民主共和國原則等並不相違，且此等政策性的考量實為政治部門之自由形成空間，大法官自宜予以尊重。惟解釋文卻以「規範衝突」為由，對之為違憲無效之宣告，實有可議之處：
第一，本號解釋與其說是運用了「規範衝突」作為審查的方式，毋寧謂此係憲法解釋理論當然的結果，蓋憲法解釋理論本來即是在釋憲過程中處理規範衝突的方式，因而規範是否衝突實屬修憲者行使職權時應予注意之功能範圍，但大法官的功能任務則是在透過文義解釋、論理解釋、體系解釋、目的解釋等方式，審查此等具衝突性的規範是否符合憲法基本原則。
第二，中華民國憲法之產生，乃有其時空背景的考量，為因應當前兩岸分治的局勢，亦已歷經多次的修憲與釋憲進行憲法變遷，其目的即在於使立憲主義的核心價值得以彰顯，故修憲權在進行憲法變遷的同時，大法官雖可本於憲法基本原則（憲章）予以合憲控制，但此等憲章的內涵宜從寬認定，不可過分拘泥於制憲者原意，否則將發生過去多數意志拘束現時多數意志之不合理情狀，如此不僅將壓縮政治發展與改革的空間，亦使憲法變遷不得，無法真正與現實緊密結合，因此，根據一般性根本規範對之加以審查，國民大會代表改採政黨比例代表制（憲律）並未與自由民主憲政秩序（憲章）有違，解釋文卻謂「與自由民主憲政秩序…有違」，頗不合理。
第三，如謂國民大會代表改採政黨比例代表制與憲法第二十五條發生規範衝突情事，則整部中華民國憲法豈不到處均呈現規範衝突的局面？更何況所謂政權機關的意涵，究應採行委任代表制？或是法定代表制？究應採行區域代表制？或是政黨比例代表制？採行區域代表制真能保證其係代表人民行使中央政權的機關嗎？綜觀國民大會幾次修憲的表現，即可得到否定的答案，故是否明顯構成規範衝突，亦有疑義。
因此，大法官宜秉持功能結構的觀點對本案施以明顯性審查，除對延任的部分逕為違憲無效的宣告外，其它部分因並未臻至明顯重大瑕疵，大法官自應對其政治自由形成空間予以尊重，否則將破壞功能性權力分立原則。
综上分析可知，釋字四九九號解釋亦再度爆發大法官面對政治色彩頗為濃烈的憲政爭議左右兩難的處境。雖然係經立委發動聲請始為被動受理，但其背負著憲法守護者的角色懸宕在司法積極主義與司法消極主義之間，甚且自覺自制的採行司法限制主義，卻因欠缺判準可資依循，以致身處赤裸裸的政治力中徘徊不已。大法官於總統大選後仗著全民公憤的勢力，為彰顯其獨立超然不受政治力干涉，毅然決然的將國民大會第五次修憲結果以程序瑕疵為由予以否決（釋字第四九九號解釋文第四項後段謂：「……上開修正之第一條、第四條、第九條暨第十條應自本解釋公布之日起失其效力，八十六年七月二十一日修正公布之原增修條文繼續適用。」），雖係捍衛程序正義，但顯然已逾越其本身的功能極限，侵及國民大會修憲權力核心。因而釋字第四九九號的後續發展，即係國民大會除提案「廢除大法官會議」與「規範大法官釋憲權」外（按：此二者於二讀會前的修憲審查會遭到否決），並反稱大法官曾藉釋字第三九六號解釋自肥，展開第六次修憲以反制該號解釋。惟國民大會持釋字第三九六號作為砲轟大法官自肥的藉口，亦有問題：
第一，釋字第三九六號解釋是就公務員懲戒委員會應法院化的釋示，遍查解釋文與解釋理由書中，絲毫看不出有自肥之處。
第二，大法官優遇制度，是立法院於八十一年修正司法院組織法時所增列，乃立法政策問題，與大法官解釋無關。
足見國民大會此舉乃報復意味甚濃。鑒於民意與黨紀的壓力，國民大會於八十九年四月二十四日晚上十一點二十分三讀通過「國大虛級化」修憲案，未來國代將採「任務型」，僅保有複決立法院修憲案、彈劾正副總統及議決領土變更案等三權，並依政黨比例產生。而備受矚目的取消大法官終身優遇制度方面，朝野國代亦在二八五人投票中二四九人贊成的高度共識下，獲得通過，未來大法官除原任法官轉任者外，其餘不得適用法官終身職待遇及憲法第八十一條有關法官終身職身分之制度性保障（參見第六次憲法增修條文第五條第一項規定）。由此可見釋字第四九九號並無法產生任何拘束力，國民大會仍可透過修憲權的行使展開另一回合的權力制衡，此對司法威信而言不啻是一大斲傷。
原載於：陳怡如，〈功能取向分析法在我國釋憲實務之運用〉，《憲政時代》，第27卷第1期，2001.07，頁126~128。
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