廣東商會鄭連波因港英當局的支持，與孫中山政權作對，連年來廣東一直受到廣西和雲南軍閥壓榨，鄭從香港一家德國公司購進9000枝步槍，裝在一挪威船運入廣州，孫事先獲悉，指令蔣介石繳械。鄭即組織罷工抗議。孫認為商會會員僅1000人卻購進9000枝步槍，顯然旨在推翻政府，後來孫妥協，同意發還凡是會員私人出資購買的槍枝，但鄭強行要求全部返還，被孫拒絕；1924年8月9日蔣率軍校士官生扣下槍枝，鄭於8月14日舉行總罷工，廣東陷入危機。8月23日鄭要求立即返還全部槍枝，否則舉行總罷工，英國總領事亦發表一實質形同最後通諜的聲明。孫向英國工党首相Ramsay MacDonald及國聯投訴，均未獲回應。孫中山因志在北伐，與直隸和奉系軍閥則系你死我活的敵對鬥爭，故儘量避免內亂；10月9日鄭號召另一次總罷工，廣東再度陷於癱瘓與混亂之中。孫甚至擬放棄廣州將革命政府總部移至紹關以作孤注一擲的北伐。蔣介石反對放棄廣州，認為必須鞏固強化廣東和黃浦後方基地，否則北伐無法成功，並願意為保衛革命基地而奮戰。孫為示和解誠意，同意發還5000枝槍給商會；10月10日慶祝雙十節遊行時，商會武裝向遊行學生開槍，蔣介石即率士官生反擊，繳械商會武裝，並大獲全勝。鄭逃至香港。這是黃浦軍校生首次實質軍事行動。
當商會危機繼續的同時，直系吳佩俘與奉系張作霖軍閥第二次戰爭業已展開。1924年10月23日 因馮玉祥部反叛其上司吳佩俘，導致直系被奉系擊潰，賄選總統曹琨被廢黜。段其瑞成為“臨時執政府”的首席執政官。華北的實權則撐握在張作霖和當時親蘇聯的 基督教將軍馮玉祥手中。此時的段其瑞由於已沒有自已的軍隊，並無實權。國民黨在北方是一個巨大的潛在力量，主要在學生和知識份子中。段其瑞，張作霖和馮玉 祥邀請孫中山北上商討召開國會，以便一勞永逸解決國家統一問題。孫中山違背包羅庭和共產黨的意願，接受了邀請。後者認為國民黨的任務是鞏固南方廣東的地 位，而非介入北方事務。北京的變化，僅是軍閥派系之間即英美國與日本之間的競爭。
但孫中山決意已定。完成國家統一在他心中是頭等大事，即使談判改變成功的機會不是太大，他不想錯過任何機會。1924年11月13日孫在黃浦軍校登上永豐號戰艦，蔣介石與其他國民黨要員及軍校師生為孫送行。孫中山滿懷深情彼為傷感地告別說：
“我知道赴京是件危險的事，我不能肯定我是否還能夠回來，但是我已經59歲 了，即便因此而死，我也將死得心安。”蔣介石聽到此言感到震驚，孫繼續說：“我這樣說是因為我為所見所聞而感動，軍校士官生們表現出的紀律和奉獻精神，使 我確信你們將執行我的三民主義原則，完成國民革命的任務，要是我在兩三年前死去，那我也就白死了。如今不一樣了，現在已有人能夠繼續完成我未能完成的使 命，我可以死而無憾了”。[1]孫中山知道自已患肝癌已三年，他是醫生出身當然知道自已來日無多，因而說出此番令人傷感的告別辭。
當晚孫中山帶著20餘位隨行人員（包括汪精衛，邵源中，李烈鈞）離廣州赴上海，然後轉船於11月24日先到日本Kobd停留六天，28日五家日本組織邀請孫到一個女子中學演講。孫講述了泛亞主義：“日 本和中國是亞洲最重要的國家，日本自明治維新後，取得了令人妒忌的偉大成就，獲得當代世界舉足輕重的地位。亞洲文化的基礎是王道，西方文化的基礎是霸道。 我們現在必須在王道文化基礎上創設一個新泛亞文化。雖然為了自衛目的，我們也應當學習西方的科學和技術。日本對未來世界文化作出有價值的貢獻處於特殊的地 位”。[2]孫希望日本不應在亞洲行霸道，而應當用她的影響力使東方的王道發楊光大。這就是孫的泛亞洲主義的含義。在另一次演講中，孫呼籲日本幫助中國實現國家統一，廢除不平等條約。
1924年12月4日孫中山從日本Kobe乘船抵天津，因已病重，而北方寒冷的天氣加重了孫的病情，在天津調養數周後於12月31日抵北京，在火車站受到萬眾極熱情的歡迎。他已無力演說，而是提出一份國家統一的書面概要，診斷出他患肝癌業已三年。3月12日這位偉大的革命領導人與世長辭。他為中國的國家統一，獨立和民主奉獻了畢生精力和心血。成為現代中國不屈精神和意志的象徵。他與蘇俄結盟是出於愛國主義的動機，直至生命最後一息他仍關心擔憂中國的前途與命運。
孫中山病故時第一次東征正在進軍當中。3月30日蔣介石在黃浦軍校舉行的悼念孫中山集會上，率領全體軍校師生宣誓：“我們軍校全體士官生和國民黨員宣誓絕盡全力，實現總理的意願，並將繼續奮鬥，以實現總理國民革命的遺願，直至生命最後一息”。[3]
陳炯明趁孫中山遠行之機，發起另一波攻擊。1925年1月廣東政府決定反擊，雲南，貴州，廣東三省軍隊由廣西將軍楊西明指揮，軍校兩個團的學生兵由於雲貴軍均不要他們，併入廣東軍，蔣介石兼任廣東軍參謀長。學生團雖然沒有實戰經驗，但他們幹勁熱情十足，知道為何而戰，因而表現英勇頑強，一路捷報頻傳，連克一連串戰略重鎮。陳炯明軍雖未被徹底擊潰，但從此已不再構成對廣東政府的威脅。
雲，貴軍在東征中無所作為，其將官更關注消費廣東人民的費用遠勝於戰鬥，事實上，他們與陳炯明秘密聯繫，當廣東軍和學生軍攻佔新寧繳獲敵軍文件中發現，楊西明 與陳炯明私下往來電報。廣西將軍劉正潢秘訪雲南軍閥唐詩堯密謀聯手襲擊廣東軍；還發現楊西明曾秘訪香港英國當局，謀求支持他奪取廣州控制權，煽動廣東商會 向北京政府指定他任廣東軍事總督。
4月28日蔣介石赴汕頭會見廣東軍司令許崇智和黨代表廖仲凱，他們決定立即進攻雲、貴軍閥。5月21日蔣介石令他的軍隊回師廣東，6月第一周，蔣軍進逼Sheklung郊區，因廖仲凱發動鐵路工人拆除鐵軌，雲、貴軍被困，數日內2萬餘名雲、貴軍將士喪失鬥志，紛紛繳械投降潰敗，楊西明和劉正潢逃至英國駐汕尾領事館避難。
1924年1月國民黨一大決定組建國民政府取代軍政府，因雲、貴雇傭軍尚在廣東，及陳炯明入侵而推遲。孫中山死後，廣東政府廢除了元帥職，以防野心勃勃的軍頭獨裁。
1925年7月1日國民政府在廣東正式宣誓就職，汪精衛當選國務委員會主席，許崇智任戰爭部長，胡漢民任外交部長，廖仲凱任財政部長。兩天后成立軍事委員會，汪精衛任軍委主席，蔣介石是8名軍委成員之一。先前的各軍事單位元全部廢除，統一組成國民革命軍。汪精衛此時身兼國民政府，軍委和國民黨三重首腦。他的後面卻是包羅庭，他實際撐控著廣東政權的政治。
1925年8月20日國民黨左派領袖廖仲凱遇刺身亡，包羅庭指定蔣介石，汪精衛，許崇智負責調查破案。胡漢民及其兄胡義生被疑為幕後指使人。包羅庭相信胡漢民本人涉嫌，雖然沒有任何證據，包敦促按黨紀處置胡漢民，胡被逼迫離廣州赴莫斯科“考察”。事實上因胡漢民公開反共，以致無法被一個受共產黨撐控的政權容忍。
8月26日廣東各軍重組成五個軍團：第一軍團（黃浦或黨軍）蔣介石司令；第二軍團（湖南軍）譚元凱司令；第三軍團（雲南軍）朱培德司令；第四軍（廣東軍）李濟深司令；第五軍（廣東軍）李福林司令。
重組軍隊後，廣東政府決定發動第二次東征，以清除陳炯明殘部。9月28日蔣介石被任命為東征軍總司令。蔣指揮第一、四軍團，周恩來被任命為第一軍團第一師黨代表。蔣於10月13日正式發起猛攻，一路勢如破竹，勢不可擋，一個月後，徹底擊潰陳炯明軍。蔣在鞏固後方基地後，即開即計畫統一中國的下一步進軍。
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