經過朝野不斷地衝突與折衝，「公民投票法」終於完成三讀。基本上，通過的公投法依循泛藍陣營的版本，刪除了民進黨版中，行政部門可以發動公投的權力，但是保留了民進黨堅持的「防禦性公投」。在法案通過後，雖然行政院對要不要提出覆議，仍然沒有明確表態，但是陳水扁總統已經多次宣示，將會在三二○總統大選投票日當天，進行防禦性公投。
陳水扁的動作，已經引起美方的強烈關注，美國國務院發言人包潤石（Richard Boucher）改變口吻，明白表示「反對」（be opposed to）任何改變台海現狀的嘗試，或是推動邁向台灣獨立的公民投票；白宮國家安全顧問亞太事務資深主任莫健也銜命密訪兩岸，試圖緩和日漸升高的兩岸情勢。
關於「防禦性公投」，我們必須從幾種不同角度觀察。首先我們要確定的是，防禦性公投是政治宣示性大於實質性的動作，也就是說，防禦性公投是當危機隱然可能發生的時候，作為我方對此一危機的立場表示，但其功能也僅止於此而已。換句話說，如果兩岸的危機已經勢不可擋，一觸即發，則防禦性公投並不能化解危機，或是扭轉危機。試想：如果台灣在一九九六年三月發動防禦性公投，中國會停止朝基隆和高雄港試射彈道飛彈嗎？
所以，要發動防禦性公投，前提應該是「不告不理」，也就是必須要先能證明國家主權已經出現明顯而立即的危機（也就是clear and present danger），以公投取得自身立場的正當性，並期待國際，特別是美國勢力的介入，能夠化解危機。國家主權是否陷入立即危機，應該有一定的客觀標準作判斷，陳水扁認為中國部署飛彈就是危機，但他似乎忘了，中國對台部署飛彈不是一天兩天的事，不是最近才發生的事，用這個現象作為國家主權陷入危機的證明，似乎有點牽強。如果他能證明中國的飛彈或兵力部署最近出現異常的活動，例如部隊往福建移動集結，或是彈道飛彈突然出現大批的戰術移防，則發動防禦性公投，藉以提醒外界注意中國的企圖，就是正當的動作，但這馬上又會引發另一個問題。
既然危機是「明顯而立即」的，陳水扁為何要等到三二○才發動防禦性公投？難道他可以非常肯定台灣海峽在那個時候一定會發生危機？就條文內容看，防禦性公投類似憲法賦予總統的「緊急處分權」，是應付緊急狀況的非常手段，怎麼可以先預定一個發動防禦性公投的確定日期，甚至像行政院發言人林佳龍所說，防禦性公投可以「分階段思考」？
我們再來看另外一個問題：陳水扁總統條列詳細數據，指出中國在福建、江西、廣東等地，部署了四百九十六枚飛彈，部份人士認為總統洩漏的機密，陳水扁則斥責說他洩密的人和中國「同一國」，總統府公共事務室主任黃志芳則表示，洩漏中國的機密「何錯之有」，挺綠的學者則表示，所有飛彈部署情報，都可以透過網站完整獲得，根本不需要透過敵後工作人員，上述論點看似有理，實則似是而非。
網站上公佈的衛星照片，其解析度頂多只有兩公尺（美國國安局的間諜衛星解析度小於六英吋，可以數清楚陣地裡有幾枚飛彈，甚至可以數出來有幾個人在活動，不過這是極機密情報，不可能透過網站取得），不可能清楚研判發射陣地裡有沒有或是有幾枚飛彈，更何況中國為了保護自己的機密，也不可能成天把飛彈晾在陣地裡給衛星拍，更何況陳水扁還清楚地說明哪個地方有幾枚飛彈，這樣詳細的資訊，光靠網站資訊或是美國交換情報，是絕對不可能蒐集齊全的。
很多情報蒐集不可能完全依賴高科技情蒐技術，最後還是需要人力蒐集傳遞的情報作最後的確認，也就是說，我方能取得如此詳盡的中國飛彈部署情報，除了必要的衛星或偵察機空拍照片，還需要我方在中國二砲部隊，甚至總參謀部「拉出」或「打入」的情報人員。比方說，大家都知道台灣空軍有一百五十架F16，少數對軍事感興趣的人知道分成兩個聯隊，分駐嘉義和花蓮，但是台灣有幾架F16在美國受訓，有幾架改裝了偵照莢艙，有幾架裝了Path Finder和Sharp Shooter裝置，現在有幾架已經修改了可以發射AIM-120的射控軟體，只有在空軍內部的人才會知道。同樣地，我們可以很容易知道中共哪些地方部署了飛彈，飛彈部署每年增加多少枚，我們甚至可以知道中國部署的飛彈「大約」有多少枚，但是陳水扁說出的數字如此精確，顯示我方的情報來源很可能是總參謀部或二砲部隊的高層內線，此話一出，很容易讓中國方面警覺軍方高層已經遭到滲透，相信此時中國的反情報單位一定已經開始動作，說不定很快就能把這個我方可能花了很長時間才建立出來的內線破獲，屆時九六年大選後造成我方情報網瓦解的劉連昆事件是否又要重演？
大家是不是三不五時會聽到某台商家屬出面哭訴家人遭到中國國安部以「台諜」罪名逮捕，要求政府當局出面營救，但是有關單位沒有反應，只有部分媒體再度搬出「台商西進中國遭到坑殺，又遭中國羅織罪名」評論的消息？其實這些被捕的台商很有可能是：一、遭到破獲的我方情報工作人員；二、被中國國安部認定是可資利用的對象，隨便安個罪名威脅就範的台商。兩岸開放交流後，學者、記者、台商都有可能成為被吸收或要脅的對象，原因是這三種身分的人士都可以很容易地進出政府機關、生產工廠或是學術機構，但基本上還是喜歡用台商，原因是前兩種人可能都有一定知名度，萬一被破獲代價太大，而台商是「可消耗」的，被抓了？再換一個就行了嘛。
但是滲透高層卻是十分困難的工作，當年我方花了相當大的功夫，才搭上劉連昆這條線，卻因為李登輝一句「都是空的」而全盤瓦解，我方工作人員遭到逮捕，多個工作站被破獲，劉連昆則遭到槍決，如今陳水扁更進一步把情報巨細靡遺地說出來，真不知道我們又有哪個工作站要遭殃了。
回頭看防禦性公投。防禦性公投固然是法律賦予總統的權力，但是其發動仍然有一定程度的要件，陳水扁現在的操作手法，等於是把「尚方寶劍」變成了「水果刀」或「扁鑽」，誰也不敢保證防禦性公投這項原本可以用來作為宣示國家主權的利器，最後會不會搞成另外一個葡式蛋塔。如果總統在國內還沒有建立共識，還沒有明確證據證明國家面臨真正危機的時候，決意發動防禦性公投（還要「分階段」發動），並將反對發動公投的人歸類為「那一國」，這樣的思維，這樣的心態，豈不是把「防禦性公投」當成兩蔣時代的「臨時條款」？
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