被譽為二十世紀日本文學代表作之一─《沉默》是遠藤周作著重論述以天主教為主題的作品之一，與《深河》按遠藤的遺囑在他死後放入棺中伴他長眠於世，足可見遠藤對這兩部作品重視的程度。
遠藤在他的作品中總是表現出獨特的文學觀，像是一道凝視人的光芒，在這道光芒面前，罪惡將被淨化，而作家就是這道光芒的見證者，遠藤就是那樣一位凝視人的天主教作家。又，是甚麼動機促使遠藤創作出結合宗教與文學的作品呢？
遠藤年幼時，因母親的牽引接觸天主教，最後在母親的意志下受洗成為天主教徒，在他日後的作品中曾將之比喻為「被母親硬生生套上一件不合身的洋服」，儘管日後多次想脫掉這件不合身的洋服，但這件融合母愛與耶穌的愛而成的洋服一旦穿上之後就不容易脫掉。真正使遠藤意識到某種使命得靠他畢生來完成，應當是他留學法國期間，那種族歧視的衝擊，人在異鄉的疏離感促使他開始正視這件被母親硬生生披上的不合身的洋服，而他的使命就是將這件不合身的洋服修改成合乎日本人體型的和服。
遠藤回國後潛心創作，獲獎無數，奠定了他在日本文壇上的地位。四十一歲那年，遠藤在長崎偶遇一幅老舊的「踏繪」，於是他開始大量閱讀相關文獻，有感於歷史洪流中對於那屈服於現實，踩上踏繪的「弱者」的漠視，開啟了他創作《沉默》的動機。遠藤在準備階段發現許多資料只對轟轟烈烈殉教者加以讚美，描述他們的生平或死亡，對於像是吉次郎之類的信徒或洛特里哥之類的棄教者只有漠視相待，讓他們埋在沉默之灰下，盡量不顯露於世，這些被漠視的人，因己身的軟弱而做出棄教行為，其內心所承受的痛苦，恐怕也只有小說家能平反了，因此，遠藤將書名取為《沉默》除了藉著洛特里哥的落難探索神的沉默之外，亦是反抗歷史的沉默。
《沉默》一書的時空背景就設在嚴密禁教與鎖國的德川幕府時代，那是一個繼豐臣秀吉對天主教徒和神父迫害最為嚴厲與頻繁的時代。當時葡萄牙傳教士要偷渡至日本，須先搭乘從里斯本開往印度的船艦，途經印度臥亞，橫渡大洋，歷經長期海上船行抵達澳門，再從澳門找尋到日本的中國船隻始能偷渡至日本。而歷經長途跋涉，度過船行的暴風雨，等在這群傳教士面前的往往是更為嚴峻的考驗。
《沉默》故事結構簡潔扼要，以日記形式呈現。在長崎附近的小村子，葡萄牙傳教士薛巴斯強‧洛特里哥與同事卡爾倍在日本鎖國時期偷渡至日本傳教，並調查恩師費雷拉‧克里斯多芬因遭受「穴吊」而宣示棄教，這件事在當時不只是他個人的挫敗，同時也是整個歐洲信仰、思想的恥辱與失敗，在尋訪的過程中，為躲避官吏的逮捕與同伴分開，逃亡的恐懼、遭受吉次郎背叛的憤怒、目睹信徒殉教而亡的哀傷，在獄中，寂寞、恐懼、驚駭及懷疑一併湧上，在信仰與愛德中面臨兩難，逼迫他對信仰進行更深層的思索，體驗了恩師費雷拉當時的心路歷程，最後選擇愛德，也獲得了對信仰新的詮釋與看法。
特殊歷史背景─禁教的由來
遠藤在《沉默》中，深入挖掘了大多數人遺忘的禁教歷史，那是一段悲傷的過去，一切得從十六世紀開始說起。
十六世紀是整個大航海時代的躍進，葡萄牙人與西班牙人沿著新開闢的航線相繼來到東亞，他們先前往中國，隨後來到日本，最後以澳門為根據地，展開對中日之間的貿易。沿著這條新航線，西、葡兩國的傳教士也相繼來到東亞傳教。一五四九年，西班牙傳教士聖方濟‧沙忽略東渡日本傳教後，天主教在日本迅速的蓬勃發展，到了一五八二年時，日本的天主教徒已達到了十五萬人之多，在全盛時期，更曾有四十萬教徒之多。
在當時，日本邊緣地區的諸侯紛紛鼓勵傳教活動以獲得豐盛的利潤與先進的武器。然而，天主教與地方諸侯的密切活動引起了當時幕府的注意，豐臣秀吉意識到若讓各地諸侯壯大經濟實力且擁有先進的武器將會對中央政權形成潛在威脅，于是，一五八七年頒布〈伴天連追放令〉，官方首次明確將天主教視為邪教，且用各種方法打壓，驅離傳教士，但並未禁止日本對外貿易。一五九六年，豐臣秀吉再次頒布禁教令，造成二十六名天主教徒殉教。
到了一六○三年，德川家康時代開始，沿用豐臣秀吉的貿易政策，在此一時期，荷蘭與英國也和日本建立貿易關係，使得日本的對外貿易更加活躍。當時英、荷兩國在德川家康面前讒言，說天主教傳教士乃是妄圖將日本變成殖民地的間諜。德川家康本就不滿宣揚上帝為萬物而淡化世俗領主的權威，又看到很多九洲諸侯通過西、葡兩國通商獲得大批物資與武器，認為如不加限制任其發展，將動搖幕府的統治基礎，於是在一六一二年，德川家康頒布禁教令，範圍擴大到日本全國，各地教堂陸續遭破壞，教徒紛紛遭到逮捕，被迫改變信仰。
一六一六年，第二代將軍德川秀忠秉著強烈的排外思想，頒布第二次禁教令，採取了進一步的禁教措施，其內容包括徹底根除農民中的天主教徒與外國船隻的管制，中國船隻則不在此限。即使如此，仍有地方諸侯私下與西方商人經商以求壯大經濟實力與得到先進的武器，此舉挑動著德川秀忠的敏感神經，促其下令對天主教徒進行殘酷的迫害，許多人因不肯改變信仰被活活燒死，尤以一六二二年的元和大殉教最為慘重。
在這之後，為了根除天主教在日本的根基，幕府採取更強硬的手段迫害天主教徒。一六二三年，幕府下令禁止西班牙船隻來日本。一六二六年，長崎奉行水野守信制定「踏繪」制度，在通衢要道廣設刻有耶穌或瑪利亞像的木板或金屬板，要求人民必須踩踏來辨其為教徒與否。一六三三年至一六三九年，幕府屢次發佈鎖國令與禁教令。一六三八年，在全國各地張貼告示以優渥賞金懸賞傳教士與教徒，並鼓勵密告。一六三九年，幕府下令斷絕與葡萄牙貿易的往來。一六四○年甚至設立宗門奉行，專司禁教與其他宗教事務。一六七一年，幕府確切掌握改宗之原天主教徒名冊，並於每年每村進行宗教信仰的戶口普查，用踏繪方式詳加確認。
在嚴刑威逼下，幕府採用的手段與酷刑(火刑、水磔、穴吊)令天主教會在日本幾乎根絕，堅貞的天主教徒於是潛入地下。歷經三個世紀的禁教，一八五七年，幕府解除鎖國後，外籍傳教士也於一八五八年獲准進入日本傳教，世代傳承的隱蔽的天主教徒紛紛從各地走出，被視為日本天主教史上的奇蹟。
小說背景就設在十七世紀上半葉的日本，那是一個對天主教徒迫害甚為嚴苛的時代。一六三八年，小說主人公洛特里哥和同事卡爾倍自澳門偷渡進入日本，在長崎附近的山區和漁村傳教。數月後，洛特里哥被捕，審問洛特里哥的井上筑後守以日本教民的生命威逼洛特里哥棄教。洛特里哥迫於無奈下踩踏耶穌聖像後脫離天主教，被賜名岡年三右衛門，在長崎生活三十餘年。洛特里哥表面上棄教，卻一職暗中履行神職，直至六十四歲病逝。
探索神的沉默─遠藤筆下「神的概念」
《沉默》描繪的是一個被壓抑的時代。探究天主教之所以能在當時的日本盛行，也與數世紀的社會階級制度有關。在那個時代，百姓之上有武士，武士之上有藩主，藩主擁有絕對的權力，百姓被克以重稅，受到層層剝削，即使是富戶，一年也只能吃到兩次白米飯。長期以來，百姓像牛馬一樣勞作；像牛馬一樣死去，生活處境十分低下，唯有寄情於天主教所承諾死後升入天堂的美好生活。因此，在日本幕府高壓統治下，仍有許多百姓選擇信仰天主教。
自恃信仰就是一切真理的洛特里哥來到這個東方叢爾島國，眼見這些可憐的百姓受苦，他的信仰開始產生動搖，直到親眼目睹兩位為洛特里哥提供掩護的友義村村民一藏和茂吉被處以水磔而亡，看著綁著他們的木樁在漲潮的海水中漫漫被淹沒，落特里哥體會到巨大的哀慟：
他們殉教了！可是，這是甚麼樣的殉教呢？長久以來我做太多如聖人傳上所寫的殉教─例如他們的靈魂歸天時，天空充滿了光輝，天使吹奏喇叭，轟轟烈烈殉教的夢。可是，現在我向您報告的日本信徒的殉教並不是那麼轟轟烈烈，而是如此悲慘，這般痛苦。
……以至於死亡的今天，海仍發出陰沉而單調的聲音啃蝕著海灘，我無法忍受。我在海可怕的寂靜背後，感受到神的沉默─神對人們的悲歎聲仍然無動於衷……。
面對村民的苦難，面對海的沉默，曾經在這片土地上發生的一切好像都不復存在，山，是那樣寂靜；海，還是那樣沉默。作為神的使者來到這個叢爾島國，在一切發生之後，面對神的沉默直接引發洛特里哥對神的存在的質疑：
這是可怕的念頭，祂要是不存在，這是多滑稽的問題。如果真是這樣，那被釘在木樁上、被海浪拍打的茂吉和一藏的人生不就是一齣笑鬧劇嗎？橫渡多處大海，費了三年歲月才到這個國家的教士們，不就一直看著滑稽幻影嗎？而現在自己在這杳無人跡的山中流浪，也是多麼滑稽的行為啊！
《沉默》中的神是沉默的，在村民日以繼夜像牛馬般勞作、死去時是沉默的，在堅貞信仰祂的信徒受酷刑時，祂仍是沉默的，祂拒絕像眾人認知的神的概念般在真理受到質疑時證明自己的正義。神的沉默使洛特里哥沉默。當他一次又一次質疑神的存在，祂選擇沉默。在人們抬頭仰望天空想找尋神的蹤跡時，是一片空無，唯有當人們檢視自己的內在時，才會發現基督的臉無時不刻溫柔地凝視自己：
晚上，司祭在黑暗中坐著，聽雜樹林山鳩「赫─赫─」的啼叫聲。那時，他感到一直注視著自己的基督的臉，藍而清澄的眼睛安慰地凝視著自己，那張臉是平靜的，卻充滿自信。司祭對著那張臉說：「主啊！祢不會再拋棄我們吧！」彷彿聽到祂的回答：「我不會拋棄你們。」司祭搖搖頭，又豎起耳朵，然而聽到的只是山鳩的啼叫聲。黑夜，更深！更濃了！但是，司祭感到自己的心靈，雖然只是一瞬間，卻被洗滌過了。
在《沉默》裡，神是存在的，可是遠藤對於神的理解不是遙不可及的概念，不是我們所認為會為了正義而現身的神靈，更不是人們膜拜的神祇。對於神的概念向來是飄渺虛無的，然而遠藤在書中以耶穌基督作為支架來回應洛特里哥在天地間尋找的神，祂瘦削、受難的神情馬上就能引人作聯想，是默默承受一切苦難的象徵，而遠藤筆下創造的「神」是真理受到質疑時，在內心與我們一起受苦受難的神智；是天地間的萬物；是人們心中滋生的愛。如此理解，神無所不在。
反抗歷史的沉默─替弱者復權
小說主人公洛特里哥無法相信一向對信仰堅定的費雷拉導師竟會在傳教二十餘年後，在日本人的迫害下選擇棄教。為了調查此事，洛特里哥和同事卡爾倍長途跋涉來到迫害天主教日益嚴重的日本，帶著即使被逮捕也能像聖人傳記中的殉道者，殺身以成仁，死後享受著天國的榮耀般的決心。可是，在逃亡、等待接受審判的過程中，恐懼沁入他的心靈，動搖他的決心，經歷了肉體面對死亡不由自主的軟弱與害怕，他更深刻體會到：
人，天生就有兩種，即強者和弱者；聖人和凡人；英雄和懦夫。……要不是因為司祭的自尊和義務的觀念，或許我也跟吉次郎一樣踏了聖像。
書中另一個主人公吉次郎，洛特里哥在船上與他同行即發現：「他的個性相當狡猾，而這狡猾是從他軟弱性格產生的」，這樣一名男子，卻成為日後左右洛特里哥的人物。一如聖經中猶大出賣耶穌；吉次郎也屢次背叛、出賣洛特里哥，影響他往後的人生。吉次郎即使做出一再背叛教會的事，卻還是緊跟在神父身後祈求神父原諒。
如果狡猾、軟弱的吉次郎背叛教會是罪不容誅，不值得載入史冊，那麼，一再緊跟著神父的腳步，向神父告解，保有信仰的吉次郎難道就不能成為神的信徒？要知道，在神的面前，眾生平等。耶穌要拯救的並不是漂亮、完好無缺的人，祂所要找的人是醜陋、缺陷的人，是需要心靈救贖的人。即使狡猾如猶大，耶穌在最後的晚餐明知猶大早有二心，仍對他說：「去吧！去做你想做的事。」因為在神的心中認為人皆有其存在的權利，不論是性格堅定或軟弱的人們。
那麼，那些在歷史洪流中被摒棄在外的棄教者呢？不也有其存在的權利？從以下的對話不難看出遠藤替那些被歷史刻意忽視者平反、替弱者復位：
茂吉很堅強，就像我們種的長得碩壯的秧苗；可是，軟弱的秧苗無論再怎麼施肥都長不好，不會結稻穗。神父，像我天生是個懦弱的人，就跟這種秧苗一樣呀……
如吉次郎所說，世人並不只限於聖人和英雄。要不是生長在這遭受迫害的時代，不知有多少信徒根本不必棄教或捨棄生命，可以一直守著幸福的信仰呢。他們只是平凡的信徒，最後被肉體的恐怖擊倒。
洛特里哥在獄中體現了真正的基督精神，才斷然領悟：「沒有所謂的強者與弱者。誰又能斷言弱者一定不比強者痛苦呢？」
信仰更新─重拾信仰的意義
洛特里哥與同事卡爾倍帶著殉教般的決心，千里迢迢遠赴日本，不料卻發現，日本官員為了根除天主教在日本的擴展，不惜用百姓的性命威脅神父。卡爾倍寧死不屈，眼見信徒因他的選擇受水磔而亡，於心不忍的他也跟隨信徒的腳步投海而亡。在獄中，這一幕一直迴盪在洛特里哥的腦海，同樣的情況也即將發生在洛特里哥身上，不論是棄教或要百姓為他的選擇殉教，怎麼做都注定成為一名罪人。目睹卡爾倍選擇以殉教的方式跟隨遇害的信徒，他深刻領悟到「憐憫不是行為，也不是愛」。
那麼，真正的愛會如何抉擇呢？遠藤以耶穌為範本重新詮釋信仰的真諦：
你認為自己比他們更重要吧！至少認為自己的得救是重要的吧！你如果說出棄教，那些人就可以從洞裡回來，從痛苦中獲救。雖然如此，你還不棄教，因為你覺得為他們背叛教會是很可惜的，像我這樣變成教會的汙點是可怕的。
我也是這樣的。在那黑暗而寒冷的夜晚，我也和現在的你一樣。可是，那是愛的行為嗎？司祭必須學習為基督而生，如果基督在這裡的話。
基督一定會為他們而棄教的！
基督會棄教吧！為了愛，即使犧牲了自己的一切。
去做至今沒人做過的最痛苦的愛德行為……
費雷拉的一席話促使洛特里哥選擇棄教，挽救三條性命。如果正確理解了耶穌的愛，那麼棄教與否就無所謂重要吧！洛特里哥做出沉重而痛苦的選擇。曾經，耶穌的臉是他認為最美麗與聖潔的臉孔，如今，望著踏繪上那張疲憊、哀傷的臉孔彷彿對他說：
踏下去吧！你腳上的疼痛我最清楚了。踏下去吧！我是為了要讓你們踐踏才出生到這世上，為了分擔你們的痛苦才背負十字架的。
過去，對神的質疑都得到了答案：神並非沉默，而是與我們一起受苦。
融合東、西方宗教差異─母姓宗教
遠藤在書中還探討了天主教在日本紮根的問題，將日本比喻為沼澤地，任何根苗種在這片沼澤地都會腐爛。很久以前，那株名為天主教的樹苗也曾在這片沼澤地生長、開花，可是，在日本傳教二十多年的費雷拉卻告訴洛特里哥這株樹終究無法在這片沼澤地上生根，其原因何在？
蓋因東、西方對「神的概念」的差異！
甚麼是「神」？我們無法明確的下定義，甚至也無法說清楚神的概念。只是在過去歷史發展下，東方人習慣將「神」以形體化顯現，祂可能是造物主、得道修行人、甚或將個人生前功績予以神格化後雕像膜拜。
……把經過美化、渲染的人稱為神。把跟人同樣存在的東西叫做神；但是，那並不是教會的神。
西方所謂的神即是造物主，造物主不以祂的形體顯現，是天地間具有主宰萬物的上帝，祂是人們內心祈禱的主；是被認為願意傾聽人們內心的上帝，不是東方人慣常膜拜的神祇。
天主教自十六世紀傳入日本，歷經了三世紀的禁教，為了躲避政治迫害，這些隱藏的天主教徒發展出融合佛教與神道教的信仰，雖然十八世紀解除禁教後，從各地走出的隱藏天主教徒被視為奇蹟。這支教派在過去政治迫害下雖然延續了下來，可是，因其歷史背景，這支教派實際上已產生變異。
日本人在我們所建的教會裡祈禱的不是天主教的神……他們以自己的方式扭曲了的神不是我們的神……而是和掛在蜘蛛網上的蝶一模一樣。起初，那隻蝶的確是蝶，外表上雖有蝶的翅膀和胴體，其實是已失去實體的屍骸。
日本人以前沒有神的概念，今後也不會有。
天主教的神太抽象了，以至於遠藤把天主教比喻為「不合身的洋服」不單是從信仰層面來評價，實乃考量到日本的風土、文化與傳統。自明治末期以降，日本人對天主教抱持的疏離態度最根本原因是《聖經》上所強調的那個嚴厲懲罰的「父姓」宗教部分。從這單方面對《聖經》的解讀會讓人聯想為天主教是責備本國的宗教，不是以愛與和諧為宗旨的教派，進而產生疏離感。
為了要把這「不合身的洋服」修改為適合日本人的「和服」，也就是讓日本人更容易接受天主教，遠藤在他的作品中強調「母姓」宗教部分，他筆下的「神」不再是一般人印象中威嚴且具有神蹟的形象，而是融合著溫柔與寬恕的形象：
那張臉，現在，在這黑暗中就在他眼前，默默地，但卻以溫柔的眼神凝視著自己。(你痛苦的時候，)那張臉似乎在訴說著。(我也在旁邊痛苦，我會陪伴你直到最後。)
這時，那個人的臉，以從未有過的鮮明形象向他逼近。那是痛苦的基督，忍耐的基督！他在心中祈禱自己的臉和那張臉馬上接近。
聖像中的那個人，由於被許多人踏過，已磨損、凹陷，以悲傷的眼神注視著司祭。從那眼中，有一滴眼淚欲奪眶而出。
在文本中，遠藤以「溫柔的」、「痛苦的」、「忍耐的」、「悲傷的」、「有一滴眼淚欲奪眶而出」等字眼勾勒出慈悲的母性宗教觀點。
我的人生本身就在訴說那個人
在文本的敘述中，有一段描寫到洛特里哥棄教後，被安排與井上筑後守見面，筑後守儼然以勝利者之姿告訴洛特里哥：「神父……是輸給了名叫日本的沼澤。五島和生月還有許多自稱天主教徒的百姓，不過，奉行所已經不準備抓他們了，因為它的根早已斷了……百姓偷偷信奉的上帝和天主教的上帝逐漸分歧，變成莫名其妙的東西……日本就是這樣的國家。」
筑後守何以如此自信？
筑後守之所以得意在於聽聞天主教的教義是：「救贖不只是依賴上帝就行了，還得信徒有堅強的意志。」因此他相信用重刑與手段摧毀神父和信徒的意志，逼迫他們棄教，便是斬斷天主教的根。
而歷經棄教的省悟，洛特里哥明白：「我所要對抗的是自己的信仰，也就是內心的天主教教義。」這個領悟恐怕是筑後守等人永遠也無法明白的。
棄教既然只是挽救信徒的權宜之計，任何人無法非難的是自己內心的信仰，領悟這層道理的洛特里哥再次面對筑後守時早已無恥辱感。縱然做出棄教的舉動必須背負著教會的不諒解，即使在夜深人靜內心偶有苛責，卻也不再控訴自己的軟弱，因為神的理解致使洛特里哥相信「要是基督在這，祂也會棄教」，於是坦然的面對人類真實的軟弱情感，從信仰上昇華為基督的救贖在他身上顯現。當面對筑後守的嘲諷時也就無動於衷。
筑後守離開後，吉次郎進來欲向洛特里哥告解，他自覺已非神父，遣走他，但吉次郎卻哀求著：「若棄教的保羅還有聽告解的能力，就請寬恕我的罪過吧！」洛特里哥內心內心正責怪著神：「主啊！我恨祢一直都保持沉默。」卻聽到基督的聲音：「我並非沉默著，而是一起受苦。」洛特里哥於是明白了神的沉默最終不是沉默，而是一起受苦。
假使基督的救贖是在軟弱之人身上顯現出來，那麼，吉次郎也應該是基督救贖的對象。於是，他對吉次郎說：「在這個國家要是已無可聽你告解的神父，那我就為你祈禱吧！在告解完後說的祈禱……安心的走吧！」
如同費雷拉所言：「要是基督在這，祂也會棄教」，棄教本身的行動包含著神對信徒的愛憐，如今，基督的愛體現在洛特里哥身上。因此，在末段，遠藤如此結尾：「縱使那個人是沉默著，到今天為止，我的人生本身就在訴說那個人。」這，並不是狂言囈語。
論《沉默》的敘事技巧
神的沉默最終不是沉默，是與大地的子民一起受苦。是文本的主旨。遠藤以一名逃亡的神父，眼見信徒殉教的慘狀，由震驚轉為哀傷，質疑神的存在，在大地間遍尋不著神的身影，眼見同事卡爾倍不願屈從，與信徒一同殉教，有感於愧對生命的惋惜，在費雷拉的勸說下，終於踩上踏繪，完成棄教的儀式。望著踏繪上的那張臉彷彿在說：「踏下去吧！你腳下的疼痛我最清楚了。」由這擬人化的寫作技巧呼應文本的主旨。
文本最初表現的形式是以洛特里哥書信裡字裡行間的話與透露這位神父的惶恐，直到目睹了友義村的信徒殉教慘死，他開始呢喃、質疑神的沉默，在文本最高潮處，當洛特里哥不得不踩上踏繪時，他心中的呢喃擴大為對主的不捨：
主啊！好久好久以來，我在心裡無數次揣測祢的臉。尤其是來到日本之後，我揣測過幾十次。在躲藏在友義村的山裡；在以小舟渡海時；在山中流浪時；在牢房的晚上；每晚祈禱時想起祢祝福的臉；在我被捕的那天想起祢背負十字架的臉；而那副面孔深深烙印在我靈魂上，變成這世界最美、最高貴的東西，活在我心中。現在，我要用腳踏這張臉。
現在，自己要踏下去的是，在自己的生涯中認為最美麗的東西；相信是最聖潔的東西；是充滿著人類的理想和美夢的東西！我的腳好疼呀！
在文本裡，有多處與《聖經》對應，就像洛特里哥與吉次郎的關係對應著基督與猶大的關係。而在這一段的敘事有一個隱喻若不稍加仔細閱讀，很可能就被忽略了。《聖經》上基督對伯多祿說：「今夜在雞鳴之前你會三次否認我。」對應此的即是在文本裡黎明的光象徵著基督的救贖，這道黎明的光被遠藤三次提及：
天色逐漸亮了，到目前為止，黑漆漆的圍牆內也開始出現朦朧的白光。
黎明的微弱陽光，照射在司祭裸露細如雞頸的脖子上和鎖骨突起的肩上。
就這樣，司祭把腳踏到聖像時，黎明來臨，遠處傳來雞啼。
這三次描寫黎明的光呼應了基督對伯多祿說的話。
在《聖經》中，蜥蜴是不潔之物，在《沉默》裡有一段描述吉次郎背叛洛特里哥的敘述裡恰恰將吉次郎比喻為那不潔之物─蜥蜴：
當他的身影從岩石後面消失後，四周突然寂靜下來。草叢中小蟲發出乾渴的叫聲、摩擦著翅膀，一隻蜥蜴不安地爬上石塊，迅速逃走了。陽光下，我發覺蜥蜴偷瞄著我膽怯的臉孔，跟剛剛走掉的吉次郎一模一樣。
在書末，遠藤又以兩則不相類似的日記來突顯洛特里哥與費雷拉是不同類型的人，一樣是神父，可是棄教後，是否還保有內心信仰可見一斑，這是相當高竿的技巧。
其一是「長崎出島荷蘭商館館員約納遜日記」。
在這則日記中，由約納遜的荷蘭船員記載日本仍有百姓偷偷信奉天主教，官方依然採取強硬手段將其逮捕入獄、處死，就連小孩亦不放過，期間，洛特里哥不斷為這些被逮捕的信徒奔走，乞求釋放不得。反觀費雷拉，顯然出於個人私心，不斷地利用宗教百般刁難荷蘭人，成為一名討人厭的告密者。因此，在這則日記中，敘述者不以其本名稱呼之，而以日文名字「澤野忠庵」稱之，甚至描述：「此人黑心。」；「為避免麻煩，甚至詛咒此遺忘神之惡漢早日去世，神或許會保佑我等免受嫌疑吧！」
其二是「天主教住宅官吏日記」。
這段日記提到吉次郎因有可疑處，在官衙中被搜出基督照片，官方認為天主教疑有死灰復燃之嫌，於是開始從吉次郎親近的人著手調查，層層調查下，發現棄教後仍有重新信仰天主教的人，這顯示，天主教的根在日本未完全被斬斷，筑後守向洛特里哥所言顯然是言之過早。
雖然《沉默》中洛特里哥一角套用的原型鳩傑貝‧凱拉棄教後徹底放棄了信仰，但在小說中，洛特里哥通過棄教後深刻領悟基督的精神，即使在禁教嚴苛的日本仍默默守護這株柔弱的天主教樹苗。遠藤在這部小說中深刻的探討了人應該要如何面對及面對後又該如何實現救贖的議題。
