李遠哲的公開信全文：天佑臺灣
2006年11月10日
我目前身在巴黎，參加由‘以色列─巴勒斯坦科學組織’召開的國際科學委員會議。這個會議讓我有機會重溫以色列與巴勒斯坦的苦難歷史，心中因此深有感懷。以色列與巴勒斯坦是兩個充滿悲情但有著偉大歷史的民族，數十年來，這兩個民族雖深陷艱困的環境，卻從不放棄追尋自己的理想，並各自做出驚人的犧牲，也犯過嚴重的錯誤，只不過他們肯在錯誤中不斷反省、悔過，然後重新出發，攀向更高遠的理想。以色列人與巴勒斯坦人的命運是無法分割的，彼此共同編織出一部充滿血淚的偉大史詩。
以色列人與巴勒斯坦人的歷史，自小就一再觸動我的心靈深處，使我不時想到我摯愛的臺灣。臺灣既不是以色列，也不是巴勒斯坦，但臺灣同樣有過自己的苦難歷史，遭遇過艱困的環境，也從不放棄追尋自己的理想，並為此做出驚人的犧牲，而在追尋理想的過程中也曾不慎失足，犯過嚴重的錯誤。作為一個科學工作者，我驚訝於不同人類群體歷史演進的相似性。
我所摯愛的臺灣目前正遭遇著嚴峻的歷史挑戰。紛擾全台的國務機要費案與檢方的起訴書正衝擊著臺灣的社會。這是臺灣進入民主時代以來最嚴重的危機。
在深層的意義上，這場危機是臺灣首度實現政黨輪替的民主果實。在二ΟΟΟ年政黨輪替之前，現任“總統”被司法機關調查與第一夫人遭到起訴，根本是難以想像的事。而在今天，司法機關展現了臺灣歷史上未曾有過的獨立精神。第一家庭被調查或被起訴，雖在法律上並不代表定罪，但這是臺灣司法邁出獨立的一大步，也是二 ΟΟΟ年政黨輪替的偉大果實。
政黨輪替是臺灣人民追求更光明、更優質民主生活的體現。追求民主是臺灣人民永不中止的理想，而廉政是民主政治的核心價值。
二ΟΟΟ年時臺灣人民願意支持政黨輪替，正是因為當時人心思變，決心唾棄國民黨長達五十年執政所造成的貪腐與黑金政治。政黨是人類的集社，人類畢竟不是天使，因此不可能不犯錯，自然也就沒有不犯錯的政黨。自認為絕不犯錯的政黨，必然是說謊的政黨。因此重點不是犯錯，而是知過能改，並且改過遷善。二ΟΟΟ年政黨輪替的教訓告訴我們，在貪腐中不知悔改的政黨，必然會遭到人民唾棄。反之，願意堅守民主的核心價值，承認錯誤，勇於改過的政黨，才會獲得人民的支持與祝福。
日前國務機要費案起訴書的公佈，意味著臺灣舊體制的改革與民主政治核心價值的建立正遭遇嚴峻的挑戰。這個挑戰讓臺灣的政府、執政黨與人民被迫站在歷史抉擇的十字路口。如果陳水扁與執政黨仍無意放棄民主政治的核心價值，無意背棄臺灣人民對民主政治永不中止的理想，那麼陳水扁與執政黨就必需在“小我”與“大我”、“政黨”與““國家””之間，做出正確的抉擇。因此，值此時刻，我誠懇建議：陳水扁有必要慎重考慮去留的問題。
正確的道路不一定是坦途，反而往往是充滿荊棘、崎嶇難行的道路，但那也是唯一一條值得為臺灣與我們的後代子孫開闢的道路。決定臺灣命運的根本因素，是用正確的方式愛這塊土地，愛這裏的人民，以及愛這個“國家”。我從不認為，“無論對或錯，我都必須支持自己的“國家”。”我總覺得，只有當我的“國家”做對時，我的“國家”才能夠生存下來，並且享受文明的繁茂果實。
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