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公司運用庫藏股票獎勵員工，自97年起得列報為薪資費用，值得特別注意的是，公司之後如有將庫藏股票折價轉讓給員工時，差價應列為其他收入課稅。
公司以庫藏股獎酬員工費用化的規定是從 97年開始實施，也就是說，自97年1月1日起，公司如決議以庫藏股獎酬員工時，其依財務會計準則公報第39號及相關函釋規定估計員工認股權之公平價值或內含價值，得列為薪資費用。嗣後公司如將股票折價轉讓予員工，應就折價部分（即員工認購價與公司買回價之差額）列為其他收入課稅，以避免公司將原屬所得稅法第4條之1規定不得自所得額中減除之庫藏股交易損失，隱含於上述已列報之薪資費用中，而自課稅所得中減除。

【舉例說明】
查核某家經營鋼鐵製造業務的甲公司98年度營利事業所得稅申報案件，甲公司列報庫藏股票獎酬員工的薪資費用2,200萬元，經甲公司提出說明，該公司在97年底買回庫藏股500萬股，總金額為6,750萬餘元，平均每股買回價格為13.5元，甲公司為獎酬員工，凝聚向心力，在98年6月經股東會決議以每股9.5元轉讓其中200萬股給員工，經依財務會計準則及函釋規定估計該員工認股權公平價值為每股11元，因此甲公司列報98年度薪資費用2,200萬元（200萬股×每股11元）。
國稅局核對相關資料後，核准甲公司列報 的薪資費用2,200萬元，但該局進一步要求甲公司提供上述員工認股資料後發現，員工認股的繳款截止日為98年9月15日，員工實際認購股數為200萬股，折價總額共計800萬元〔（公司買回價每股13.5元—員工認購價每股9.5元）×員工實際認購股數200萬股〕應列為其他收入，甲公司漏未申報，遭到補稅及處罰。

再次提醒營利事業如有以庫藏股獎酬員工或履行員工認股權證者時，於申報營利事業所得稅時應注意依規定將庫藏股折價列報其他收入課稅，以維護自身權益。