第二章從一九七一年到一九九三年這段，我自己取個名字，假設我要來寫書或回憶錄的話─從喇叭褲的教授到牛仔褲的校長。一九七一年我二十八歲回到清華大學做教授，先跟陳校長報告，我有先申請我的母校，可是母校不理我，連信都不回。後來我去了清華，清華很好，一個月就回我信，後來聽我學生跟我講說，我是全校唯一穿喇叭褲的教授，所以她們就叫我「喇叭褲」。我在學校裡面拼個人的學術、教學，從副教授、教授到理學院院長、校長。這段時間當中，除了自己的學術，我自認為在當時做到了一個高峰以外，我設法把清華的學術拉到一個高點，在一九九一年的時候，清華大學的教授同時得到理科、工科、文科的教育部學術獎，所以從那時開始，有人開始說臺灣最有名的大學是臺大，學術最好的搞不好是清華，那時就有這樣的評鑑出來。我覺得這是我一生中最快樂的一段時間，把一個學校的學術水準提升。一九九一年剛好是清華大學第八十週年的校慶，我們清華大學是跟中華民國同樣壽命，所以是「與國同壽」，在一九一二年成立。這個時候我請了四位清華大學校友，給同學們一個座談慶祝，這四位是：楊振寧、李政道、李遠哲(碩士是清華大學的)、陳省身數學家)─數學沒有諾貝爾獎，但他對數學的貢獻恐怕比得諾貝爾獎還厲害。這四個人回來之後，給我們清華大學學生的啟發是不可思議，楊振寧跟李政道已經吵翻了，所以我請他們的時候，李遠哲還跟我說：「劉兆玄你好大膽，你居然敢請他們一道回來。」我說：「我有秘密武器！」我去找吳大猷寫信給他們，最後是「恩師」加上「母校」的面子，他們兩個不得不來，來了以後同臺演出，居然沒有吵架，只不過稍微爭論了一下，研究物理的人到底是物理的直覺重要？還是數學重要？楊振寧認為數學重要，你們都知道楊振寧的數學好得不得了，李政道認為物理的直覺才重要，他們兩個人各執一端怎麼辦呢？我是主持人，我就去問陳省身，趕快把這問題解掉，我說：「陳教授這個問題您的意見是什麼？」陳省身說：「數學是沒有什麼用的東西，」我們全都呆了，「可是沒有它什麼都不能做。」這是我記得非常清楚的一個故事。
那時候，我們同時進行改革。我講兩件事情，一個就是大學法修改之前，我們把大學的組織章程先做出來，就是我們自己的單行法，我覺得那個組織章程比現在的大學法還要好。現在選校長的方法是很差的方法，我們那個時候，在一切都強烈要求要校園民主的時候，清華大學通過一本它自己的憲法，裡面居然是校長任期不受限的。因為我們是認為花那麼大力氣去選一個校長的話，必須假設他是很好的校長，應該盡量讓他發揮，給他很大的權，他如果做得不好，不管任期，馬上就可讓他下來，有一條這個就好了啊，所以不需要任期，像哈佛大學等的校長一做是十來年的，而不是說你花這麼大力氣去選一位校長，然後假設他是壞人，下面有一系列的設計防他如防賊，當時我們居然可以通過這樣的條例，我非常的驕傲。
第二件事情，也是很難忘的事情，就是那個時候發生了學潮，我當校長的時候，是每天都在鬧學潮的時候，那時候臺大是龍頭，清華的學生覺得很「鬱卒」，所以有一次他們出頭天了，一個學生被調查局抓去了，就是那個「獨臺案」，調查局人員晚上埋伏在學校裡面，在天亮時抓走一位歷史所學生，我早上七點鐘被電話吵醒告知學生被抓走了。那個時候，我們一方面要平撫學生的激情，我們一方面對政府做最大的抗議，你知道那個時候還在戒嚴中，沒有解嚴，所有的校長都是官派的，沒有人會expect清華的校長會准許學生去調
查局抗議，我們只是表達意見，我們是教授帶著去的，我說：一個都不准少，要帶回來，你要負責他們的安全，你要讓他們理性，不要讓他們做stupid things。我是基於這番好意派校車送他們去的，結果校車被拍進新聞片以後，變成了是我在指使這件事情，第二天報紙頭條就是「劉兆玄挑起學運」。這件事情對臺灣民主發展有一定的影響，但是，學校畢竟是學校，我記得當時在中正紀念堂，大家都不散，叫什麼「野百合」是不是？清華的學生就聚在那裡，可是教授還是繼續上課，這些學生好可愛，拿著書包跑來這邊靜坐一下，輪班又回去繼續上課，教育部叫我們校長們去把學生勸回學校去，我也跑到中正紀念堂去跟學生們講，許多校長上去都被噓啊，結果我上去就先跟學生們說：「我不是來勸你們回去的，我是來教你們怎麼下臺的，你去問問旁邊的市民，他們已經對你們很煩了，你們該表達的都表達過了，政府也都做了回應，你們畢竟是學生，已經盡了你們的責任，該回去了。」清華的學生就回去了，那個時候，清華的學生表現的非常理性，也是我覺得很有意思的一段時間，給我一個很深刻的想法，體制內的改革更需要勇氣，在體制外的話，我反正上街頭去把你打爛，體制內來改革更需要勇氣，而且需要智慧，所以更困難。
我這一段時間擔任校長、教授，我把當老師的感受寫在兩首詩裡面，「聞道一代三十年，各領風騷憶從前，學與孔莊直對話，思難跨越父子間，卅年教學清華苑，曾歷學潮一代遷，如今一年經數代，反覺代溝細相連，新潮舊浪相對撞，但見飛沫漫長灘，待得千溝連層斷，誰起文衰再回天。」我另外寫了一首，是我去雲林技術學院演講後寫的。開車回來的晚上，有月亮跟著我走，我把一個做老師的感觸，寫在下面這一首裡面，這叫「北斗南針」，大家都知道，斗南、北斗都是雲林的地名，我那天開車過去，一下過斗南，一下過北
斗：「圓月伴我一刻走，便從斗南到北斗，在地未曾越一嶺，在天須跨十萬頃，銀光洩地不藏輝，路人皆可載月歸，安得贈言如此月，學子各抱南針回。」我用這兩首詩作一個段落。
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