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基因突變機制達爾文時代，科學正處於奠基階段，對生命現象的認識還很膚淺。那時的人看到了家養動物的諸多雜種變異，就認為物種也能這樣變成其它種，這就是進化。後來，隨著基因的發現和深入研究，學者們才意識到如果基因不發生根本的變化，不管後代表面與祖先有什麼差異，也沒有進化意義。然而基因又是極其穩定的，只有不正常的「基因突變」才能使之發生改變，那麼「基因突變」也就成了現代進化論的核心了。這是現代所有的進化論者公認的。這裡，我們就集中分析這個核心。
 　　物種的基因的穩定性極難逾越基因的穩定性是物種保持自身穩定所必須的，同一物種不同個體的基因交流，並不能使此物種變成其它物種。動植物育種專家都知道，一個物種的變化範圍是有限的。最終，培育出的品種不是不育，就是又變成原來的親本。哈佛大學的梅爾教授稱之為基因體內平衡。最常見的就是狗再怎麼雜交育種還是狗。這說明進化論有一個無法跨越的障礙。在理論上，人們把突破這個障礙的可能性寄望於基因突變，這是唯一的可能了。
 　　理論和實際上，基因突變產生高級性狀的機率幾乎是零基因突變，是一種在基因複製或修復損傷等過程中發生的隨機錯誤，所以又叫隨機突變，本身就是一種病態現象。它發生的機率非常低，大約在萬分之一到十億分之一之間。低等原核生物的突變率較高，大約為千分之一，而高等類型的生物中，許多基因的突變率是十萬分之一到一億分之一。
 　　基因突變能否產生高級特徵（性狀）呢？對基因的深入研究發現：這種情況發生的機率極低。我們知道一個基因的核心是由幾百到幾千個鹼基排列而成，四種不同的鹼基按照一定規則排列，不同的排列順序形成了非常複雜精密的遺傳密碼。既然基因突變是隨機的差錯，我們就可以用一個簡單的例子來分析──我們來考慮一下這個問題：一個複雜精密的計算機程序，隨意的改動一兩個字符能夠產生更高級的程序嗎？當然不能。基因突變也是這樣。差錯造成的突變一般是單個鹼基的變化，這種變化造成的結果往往是各種缺陷、畸形、致死，在自然條件下具有生存優勢的沒有發現一例。為了增加突變率用於研究，科學家們使用了各種方法增加突變的機率，製造了大量的突變體，也沒發現向高等方向進化的類型。
 　　概率計算表明，生物進化的可能性小到了絕對不可能的程度現代進化論用基因隨機突變假說解釋進化的根本原因。我們知道這種突變具有隨機性、低頻率和不定向等，值得注意的是：在數學公式和模型普遍應用於生物學領域的今天，進化論者並沒有提出一個全面的公式，計算從基因突變開始到一次進化實現的機率，因為任何一個合理的公式都會否定進化。
 　　許多學者從基因突變發生的機率出發，計算出了產生新物種的概率，發現小得驚人。貝希（Behe， M.J.）的《達爾文的黑匣子》（Darwin's Black Box）一書中，美國生物化學家貝希以血液凝固的一系列生物化學機制為例，講述如此複雜精密的生命現象不可能是進化出來的。其中一個蛋白（TPA）產生的機率是十分之一的十八次方，經過計算至少需要一百億年才能發生。如果同時進化出和它相互作用的蛋白，機率就是十分之一的三十六次方……他說：「很可惜，宇宙沒有時間等待。」
 　　這裡提出一個寬鬆的公式，根據突變機率計算進化產生新物種的概率：
 P=(M C R E S) n