歸納法最大的批評者應該要算是休姆（ David Hume），他提出兩個爆炸性的觀點．
第一個是，並不存在可以觀察確認的因果關係，例如人類學家很喜歡舉的一個例子，在某些原始部落會以巫術儀式趕鬼，醫治瘧疾，儀式中使用金雞鈉霜，部落土著千百年來一直認為是巫術治好他們的瘧疾，也符合現象觀察，到後來西方科學家研究才確認真正起作用的是金雞鈉霜，而不是所謂的巫術．
然而，擴大講，即使是西方科學也可能充斥著許多此類誤認的因果關係，過去一直認為盲腸是演化的痕跡器官，沒有什麼實際的功用，最近幾十年卻發現，原來盲腸和人体的免疫能力是有關係的．
這其實也符合培根和其苗裔，如主張”否證論”的卡爾.波普一向的想法，科學歸納，並沒有產生確鑿的知識，我們只是持續在做 try and error，將錯誤的想法排除，錯誤漸漸減少，使我們趨近真理，卻不保證我們的理論是一項真理．
所以，問題是這種 try and error 的理念是否真能有效排除錯誤，如果效力足夠，我們可以引為歸納法的一個支柱．
休姆的另一個批評是，觀察過去，並將所發現的現象歸納出的知識，背後有一個形上學的假設，那就是自然劃一原理（ Principle of Uniformity of Nature），今天擲骰子，和幾千幾萬年以後擲骰子，每一面的出現次數都會趨近於相等，今天的重力常數是1g，未來也會是1g，這樣今天實驗出來的結果才能用來預測或適用於未來，這個形上學的假設並不容易證明，事實上去否定它好像還比較容易，因為我們很容易觀察到日常生活中世界不停的變動，有些物理常數似乎有時間空間上的限制，雖然反證並不多，那或許也是因為我們生活的時空相對來講只是宇宙中的一瞬．
任何要建立堅實統計－機率－歸納法形上學基礎的企圖，都必須至少先解答這兩個問題帶來的挑戰，光是提出這兩個問題，休姆就足以列入偉大哲學家之列．
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