他們倆人的關係有點複雜,因為實在有太多反差的記載。
有人說沖田對近藤的關係比對土方還要好。
沖田之所以加入新選組很大機會都是為了近藤。
在沖田病倒的時候，土方有去探望沖田，但是就記載上說
他沒有強烈的意念都探望沖田(比近藤還要差)，也很少過問。說到實，他們有的可能只是同門之誼或者是上司下屬的關係。
我之前去逛日站,儘管電腦「日翻中」的功能真的很爛，但是它清楚的譯出了一句「不過，普遍認為實際上兩人不和睦」，以及「找不到不是不和睦、交情僅好的資料」，撰文者(某考據似乎很嚴謹的日站站長)還說「我也支持這意見了」……不過，倒是翻譯不出支持的理由。
然而，在某可信度似乎很高的中文站，又有一份土方曾護送總司坐上駛往江戶的幕府軍艦，讓總司得以抵達幕府醫院就醫的資料(其實好像是護送有病在身的總司和受傷的近藤)；以及傳聞土方在宇都工攻略之前，曾突破重圍去探望總司。此外，而大多數的網路資料也顯示土方宛如沖田的兄長。
因此，總司和土方的關係……簡單來說，就是正史中「找不到兩人和睦的資料，但也沒說這兩個人不和睦」的樣子。
看到這裡,好像他們的感情真的沒有很好的樣子。
那我們來看看沖田總司的辭世句吧!
沖田辭世句：『動かねば 闇にへだつや 花と水』
直翻 「不動是經過到 黑暗光澤 花和水」
如果直接翻譯的話 就會像上面那樣覺得不知是啥意思
它的意思是"若不能動了的話,花和水就會被黑暗給阻隔開來",據某本研究總司的日文書中有分析這句話,水是指土方,而花是指總司自己,因為土方的徘句中有寫到類似比喻自己是水的句子,而總司寫這句話的意思,研究資料指出:總司並不是怕死,而是若死了,就要跟土方永遠訣別而感到難過！
再白話一點:我並不害怕死亡,我難過的是我死了之後就再也見不到土方先生了...
真是感人的告白啊,或許就是因為這一句話,後人老是把他們倆寫成一對。
根據史料記載
在近藤局長的書信裡曾經提到"新撰組男色盛行...."
在日本的武士階級裡有BL傾向一直都不是稀奇的事情
日本的傳統觀念裡認為男人和男人的愛情是最至高無上的
[所以才會有耽美文化的出現]
大半新選組的漫畫或電影之類，好像普遍都把土方和總司的關係寫的不錯──當然，有大半的原因是總司算是在近藤和土方的照顧下長大的。(還是說，其實是作家們都認為，既然土方先生英挺帥氣，那麼當然要把傳說中是美男子的總司配給他？(爆))總之，既然大家都這麼寫了，而且網路上關於這兩個人在歷史上的傳聞又這麼豐富，我們就認定他們是和睦的吧。(喂)只是提醒大家──在比較正式的新選組介紹和資料中，確實都不曾說這兩個人關係密切。
黑乃老師的土方和總司
對正史有粗淺的認識之後，我覺得──現實果然比想像殘酷啊。
當初本著「既然喜歡新選組，當然要了解正史」的心情去查了一些資料，但隨著資料的增加，我對這個團體也有了不同的想法，奉勸各位還是將狂熱留給黑乃老師畫筆下可愛的總司和帥氣的土方先生吧。一來是因為正確的中文的資料實在少之又少，二來是因為正史所呈現的新選組是評判性較高，也比較嚴肅的一面，而且──常會粉碎fans們的幻想。
再說，黑乃老師書中的劇情大都經過頗為仔細的考究，除了少部分的自創角色(如：北村鈴)，大多是真實的歷史人物和真實的歷史事件，只不過多了一點美化和修飾，或者是以不同的角度詮釋罷了。
到底他們到底是不是一對呢?在PM鐵中這一點是無庸置疑的,他們真的是很登對,每次都以一付夫妻黨的形象出現,而歲三也真的很關心總司,總司也老愛土方先生長.土方先生短的。若說是兄弟之情就是覺得不對,總司雖然會對同樣撫養他長大的進藤撒嬌,但卻不會惡整進藤,但對歲三就不同,敢跟他開玩笑,偷走土方的徘句集,在土方自責憤怒的時候,一句話就解開了他的心結,就算土方不在,只要是土方說過的話,他就不敢違背(鐵之助問總司怎不參加賽跑,總司回答：「我參加的話會被土方先生罵的」),池田屋事件時,土方的焦急連進藤都看得出來,池田屋之役留給總司的傷害,果真使得花和水被無盡的黑暗給阻隔開來............。
唉............還是那句老話：現實真的很殘酷!
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