人體的臟器及血液中都不會有細菌，有細菌(normal flora)的地方都是跟外界會有接觸的部位，例如：皮膚、鼻腔(上呼吸道)、口腔、泌尿道、腸道、眼結膜等等，這些normal flora正常時候是可以保護人體不被其他致病菌感染，不過當身體狀況不好，或菌叢平衡被破壞時，有時候反而會造成伺機性感染。
各個部位的正常菌叢(normal flora)如下：
1. 皮膚：
包括葡萄球菌（主要為表皮葡萄球菌Staphylococcus epidermidis），鏈球菌（a-溶血性，非溶血性及腸球菌），類白喉桿菌（diphtheroid bacilli），酵母菌（yeasts）及真菌（fungi）。
2. 眼結膜：
包括葡萄球菌，鏈球菌，類白喉桿菌及奈瑟氏菌（Neisseriae）等。
3. 上呼吸道：
包括葡萄球菌，鏈球菌（a-溶血性，非溶血性、腸球菌及肺炎球菌Streptococcus pneumoniae），類白喉桿菌（diphtheroid bacilli），螺旋體（Spirochetes）及布蘭哈姆氏菌屬（Branhamella）、奈瑟氏菌屬（Neisseria）、嗜血桿菌屬（Haemophilus）等。
4. 口腔與齒：
厭氣性螺旋體與弧菌（vibrios），梭狀桿菌（fusiform bacteria），葡萄球菌，產生聚果糖與聚葡萄糖等與齲齒有關之厭氣性鏈球菌。
5. 腸道：
腸之上段以乳桿菌及腸球菌為主，下段及結腸約96-99﹪為厭氣菌，如類桿菌屬（Bacteroides）、乳酸桿菌屬（Lactobacillus）、梭狀芽胞桿菌屬（Clostridium）及鏈球菌屬（Streptococcus）等，1-4﹪為好氣菌，如大腸桿菌群（coliforms）、腸球菌（enterococci）及少數變形桿菌屬（Proteus）、假單胞桿菌屬（Pseudomonas）念球菌屬（Candida）。
6. 泌尿道：
葡萄球菌，鏈球菌，乳酸桿菌，革蘭氏陰性腸道桿菌，梭狀芽胞桿菌，螺旋體，酵母菌及原生動物。
如果細菌跑到臟器或血液中，那就表示細菌躲過了人體的免疫系統，這樣通常會造成嚴重的感染症，如果沒有控制好可能會導致敗血症甚至死亡。
溶菌酶是呼吸道黏液中的酵素，可以溶解細菌的細胞壁，呼吸系統中的免疫細胞也會製造抗體殺死入侵的細菌或病毒，肺泡巨噬細胞是呼吸系統中強而有利的免疫細胞，肺泡巨噬細胞駐紮在肺部，會吞食並摧毀試圖穿越呼吸系統外部屏障的外來物．
細菌性肺炎又可分為:
(1) 社區獲利性肺炎:最常見的是肺炎鏈球菌（streptococcus pneumonia）約佔40-60%，其次為流行感冒嗜血桿菌（haematophilus influenza），口腔內厭氣菌，退伍軍人協會菌（legionella species）金黃葡萄球菌（Staphylococcus aurius）革蘭陰性桿菌其他則有黴漿菌，病毒，黴菌，分叉桿菌等，一般說來約40%的病例未能證實起炎菌，
(2) 院內獲得性肺炎:在革蘭性陰性菌方面以綠膿桿菌（pseudomonas aeruginosa）為最常見，其次為克雷白氏肺炎桿菌（klebsiella pneumonia），大腸菌（E.coli），腸桿菌（enterobacter），變形桿菌（proteus），沙雷氏菌（serratia），革蘭陽性菌則以金黃葡萄菌，肺炎鏈求菌居多，退伍軍人協會菌b群鏈球菌亦不罕見。
其中最常見的致病原是:肺炎鏈球菌(S.pneumonia)
它所造成的主要症狀有
1.突 然 發 病 ， 先 有 發 冷 及 顫 抖 ， 繼 有 高 熱 。
2.胸 痛 ， 而 咳 嗽 、 深 呼 吸 使 胸 痛 加 劇 。
3.咳 嗽 ， 咳 出 黏 液 性 痰 ， 呈 鐵 秔 色 ， 偶 然 痰 中 帶血 。
4.全 身 不 適 ， 食 慾 不 振 ， 頭 痛 ， 身 體 與 四 肢 疼 痛 。
發病過程的主要病徵(*特點):
細 菌 侵 入 肺 部 肺 泡 ->肺 泡 毛 細 血 管 擴 張 、 充 血 ， 肺泡 內水 腫 ， 漿 液 滲 出 （ 充 血 水 腫 期 ）-> 紅 血 球 自 血管 滲 出 肺 泡 內（ 紅色 “ 肝 樣 ” 變 ） ->大 量 白 血 球 和吞 噬 細 胞 積 聚 肺 泡 ，纖 維 素 滲 出（ 灰 色 “ 肝 樣 ”變 ） ->肺 泡 內 纖 維 素 溶 解 、 吸 收 ， 肺 泡 重 新 充氣 ，肺 炎 逐 漸 消 散 （ 消 散 期 ） ->少 數 病 由 於 病 菌 致 病 力 強 ， 或病 人 抵 抗 力 弱 ， 或 合 併 其 他 細 菌 感 染 ， 可 形成 肺 膿 腫 。 若 細 菌 從 病 變 部 分 的 淋 巴 管 進 入 血 液 循環 系 統 則 會 產 生 菌 血 症 或 敗 血 ， 造 成 肺 外 病 如 腦膜 炎 、 關 節 炎 、 心 內 膜 炎 等 。
細菌：
G(+)球菌：金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、腐生性葡萄球菌、微球菌、化膿性鏈球菌、無乳鏈球菌、肺炎鏈球菌、草綠色鏈球菌、腸球菌、紅球菌
G(-)球菌：淋病雙球菌、腦膜炎雙球菌
G(+)桿菌：炭疽桿菌、臘桿菌(仙人掌桿菌)、枯草桿菌、白喉棒狀桿菌、李斯特菌、紅斑丹毒細菌、葛氏嗜血桿菌、產氣莢膜桿菌、奴卡氏菌、分枝桿菌(結核分枝桿菌、痲瘋分枝桿菌)
G(-)桿菌：大腸桿菌(Esckerchia coli)、志賀氏桿菌(Shigella)、沙門氏桿菌(Salmonella)、克雷白氏菌(Klebsiella)、變形桿菌(Proteus)、耶辛氏菌(Yersinia)、腸內菌(Enterobacter)、霍亂弧菌(Vibrio cholerae)、副溶血性弧菌(V.parahemolyticus)、創傷弧菌(V.vulnificus)、產氣單胞菌(Aeromonas)、形似單胞菌(Plesiomonas)、曲狀桿菌(Campylobacter)、幽門螺旋桿菌(Helicobacter)、假單胞桿菌(Pseudomonas)、綠膿桿菌(P.aeruginosa)、不動桿菌(Acinetobacter)、莫拉克氏菌屬(Moraxella)、博德氏菌(百日咳菌)、法蘭西氏土倫桿菌、布魯氏桿菌、嗜血桿菌、放線桿菌、巴斯德桿菌、退伍軍人菌、破傷風桿菌
G(-)：密螺旋體(梅毒螺旋體)、疏螺旋體(包氏螺旋體)、鉤端螺旋體
其他：黴漿菌、尿漿菌、立克次菌、披衣菌
病毒：
DNA病毒：腺病毒、人類乳突狀病毒(HPV)、簡單疱疹病毒(HSV)、水痘病毒(VZV)、EBV、巨細胞病毒(CMV)、天花病毒、肝炎病毒(HBV)、
RNA病毒：腸病毒、克沙奇病毒、小兒麻痺病毒、鼻病毒、HAV、HEV、HCV、HDV、諾瓦病毒、狂犬病毒、登革熱病毒、日本腦炎病毒、黃熱病毒、冠狀病毒、HIV、HTLV、德國麻疹病毒、流感病毒、腮腺炎病毒、麻疹病毒、副流感病毒、漢他病毒、伊波拉病毒、馬堡病毒、呼腸弧病毒、輪狀病毒、環狀病毒
鞭毛不是細菌，而是運動器官，細菌基本有６種型態
球菌、桿菌、螺旋體、菌絲體、弧菌、螺旋菌
螺旋體與螺旋菌差別在與螺旋體的末端會有勾勾螺旋菌沒有。
例如：葡萄球菌、鏈球菌、大腸桿菌、霍亂弧菌、彎形菌、放射線菌、立克次菌、黴漿菌等等。。。
病毒～蛋白質外殼，裸露ＤＮＡ或ＲＮＡ
有ＤＮＡ病毒和ＲＮＡ病毒之分
ＤＮＡ：痘病毒、彩虹病毒等
ＲＮＡ：冠狀病毒、披衣病毒、流行性感冒病毒等
裡面細分還有正負黏液病毒的差別
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