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營利事業自102年1月1日起應採用「先進先出法」檢驗當年度出售屬所得稅法第4條之1規定之股票，是否持有滿3年以上，以適用減半計入基本所得額。但是因為營利事業持有股票之存貨估價方式可能有所不同，同年度出售該等股票所得如何分配予持有滿3年以上之股票，以進一步計算當年度證券交易所得？
營利事業計算股票成本時，應採用個別辨認法、先進先出法、加權平均法、移動平均法或其他經主管機關核定之方式。

【舉例說明】
甲公司在102年度出售股票交易利益1,000,000元，其中包含持有滿3年之股票10,000股及非持有滿3年之股票40,000股，配合甲公司股票之成本計算方式是採「加權平均法」，所以要按股數比例區別持有滿3年之股票利益及非持有滿3年之股票利益，經計算後持有滿3年之股票交易利益為200,000元（1,000,000元×10,000股/50,000股），同年度尚有出售持有滿3年之股票交易損失130,000元，計算後持有滿3年以上之股票交易損益為70,000元（200,000元－130,000元），另有其他未滿3年股票利益800,000元及期貨交易損失600,000元，減除以前年度證券交易損失100,000元，計算後「證券及期貨交易所得」雖然是170,000元（200,000元－130,000元＋800,000元－600,000元－100,000元），但因為170,000元包含70,000元之持有滿3年以上之股票交易所得，所以應將70,000元減半計入基本所得額，應計入基本所得額的金額應該是135,000元（70,000元/2+100,000元）。

為正確計算出售持有滿3年以上之股票交易所得，以適用減半課稅之租稅優惠，營利事業應備妥完整之帳證簿據，俾供稽徵機關查核，以維自身權益。。