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為配合證券交易所得課稅制度改革，自102年度起，營利事業出售持有滿3年股票，如有獲利可以其半數計入基本所得額課稅；但若有損失，自損失發生的次年度起5年內，可申報減除證券交易所得。因此，所得基本稅額條例亦於101年8月8日配合修正，營利事業證券交易所得仍維持在所得基本稅額下課徵，該條例修正前後差異比較:

修正項目	修正前	修正後
適用年度	101年度以前	102年度以後
稅率範圍	10%-12%	12%-15%
徵收率	10%	12%
扣除額及申報門檻	200萬元	50萬元
出售持有滿3年以上股票之優惠措施	無	以半數所得計入基本所得額

為鼓勵長期投資，依該條例規定，營利事業自102年1月1日起，當年度出售持有滿3年以上（即長期持有）之股票交易所得，減除當年度出售長期持有股票交易損失後之“正數”餘額，應按半數計入基本所得額，也就是說，當年度之證券及期貨交易所得與損失相互抵減，並減除前5年經稽徵機關核定之證券及期貨交易損失後之餘額，在當年度“長期持有”的“股票”交易正所得範圍內部分，以半數計算，超過部分，以全數計算，並以合計數計入基本所得額。若交易所得餘額為負數，自發生當年度的次年度起5年內，從當年度證券交易所得中減除。
依各種情況舉例說明如附表，國稅局特別指出營利事業適用長期持有按所得半數課稅之股票交易所得，其股票之持有期間應採用先進先出法計算，同時提醒營利事業應保存完整之股票買賣明細資料，以做為股票交易損益是否可適用減半計入基本所得額之證明。

（單位：萬元）

情況	當年度證券及期貨交易所得與損失相互抵減後之餘額	前5年經稽徵機關核定之證券及期貨交易損失	長期持有股票交易所得與損失相互抵減後之餘額	計入基本所得額之金額
一	500	100	600	200 （500－100 =400） < 600，以（400÷2） 計入。
二	500	0	300	350 （500－0 =500） > 300，以（300÷2）＋（500－300）計入。
三	500	50	-100	450 （500-50）。
四	500	500	100	0 （500-500=0） <100，以0計入。