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自101年12月起，將陸續開始查核100年度營利事業所得稅結算申報案件，納稅義務人如有短漏報所得，在國稅局進行查核前，自動依稅捐稽徵法第48條之1規定，補報並補繳所漏稅款者，加息免罰。

以往年度查核營利事業所得稅時，常發現有公司因疏忽短(漏)報海關退稅收入、利息收入及預收款漏未轉列收入，致短(漏)報所得，或有適用投資抵減獎勵者，未依所得基本稅額條例規定，填寫營利事業所得基本稅額申報表繳納所得基本稅額，而遭國稅局補稅及處罰或無法適用盈虧互抵之案件，
籲請營利事業檢視100年度之申報案件，如發現有漏報收入或虛列費用情事，應在國稅局進行調查前自動補報並補繳稅款，以免受到處罰。

依稅捐稽徵法第48條之1規定，凡屬未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，免除各稅法所定關於逃漏稅之處罰。 又適用所得稅法第39條規定盈虧互抵案件，須會計帳冊簿據完備(即無逃漏稅情事)，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除。