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證券交易稅代徵人逾期自動補繳證券交易稅款者，須視其已否代徵證券交易稅來決定應加徵滯納金或加計利息。因此逾期自動補繳證券交易稅款之代徵人於填報證券交易稅一般代徵稅額繳書時，應正確勾選加徵滯納金或自動補報加計利息欄位供公庫核算。

證券交易稅是向出賣有價證券人課徵，除證券自營商外，由買受人代徵，個人間直接買賣有價證券，買受人應依證券交易稅條例第2條及第3條規定代徵證券交易稅。代徵人(即證券買受人)若逾期自動補繳證券交易稅款，如未經查獲而逾期自動補繳稅款者，仍應視其是否已代徵稅款而決定應加徵滯納金或加計利息。
如證券交易稅之代徵人已代徵稅款而逾規定期限繳納者，若屬未經查獲之案件，應依證券交易稅條例第11條及稅捐稽徵法第20條規定，每逾2日按滯納稅額加徵1﹪滯納金，至代徵人未代徵稅款而逾期自動補繳者，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查，如符合稅捐稽徵法第48條之1及第50條規定，則自買賣交割日之次日起，至補繳之日止，就補繳之應納證券交易稅額，依郵政儲金匯業局之一年期定期存款利率按日加計利息，一併徵收。
又證券交易稅係向出賣有價證券人課徵，由代徵人於每次買賣交割之當日，按規定稅率代徵，並於代徵之次日，填具繳款書向國庫繳納。代徵人不履行代徵義務，或代徵稅額有短徵、漏徵情形者，除責令其賠繳並由該管稽徵機關先行發單補徵外，另處以應代徵未代徵之應納稅額1倍至10倍之罰鍰。