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財政部南區國稅局臺南分局表示：獨資合夥企業的獨資資本主或合夥組織合夥人要注意了，自104年度起營利事業所得稅結(決)、清算申報時，要以全年度應納稅額的半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，計算應繳的稅額於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅；而小規模之營利事業，無須辦理結(決)、清算申報，但其營利事業所得額，仍維持現行課稅制度，由獨資資本主或合夥人列為個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。

舉例來說，甲獨資事業，全年營利事業所得額為100萬元，在103年度的營利事業所得稅只須申報、不須繳納，但是必須把100萬元併入綜合所得稅中列為營利所得申報；但在新制104年度以後，甲獨資事業申報營利事業所得稅時，必須先繳納全年應納稅額17萬元的二分之一8.5萬元（課稅所得100萬元*營利事業所得稅率17%），若有尚未抵繳的扣繳稅額，亦可再由應納稅額中減除。