對於李遠哲這個人，許多人的評價不一，有人認為他「十項全能」，什麼事都要插手，例如教改成效不彰，就有人指名要他負責；例如阿扁執政出現問題，又有人點名要他說句話，似乎把責任推給別人，已成了全民理所當然的思惟邏輯。
我覺得李遠哲先生並沒有錯，事實上他比大多數獨善其身卻又不甘於寂寞、不時跳出來放冷箭的學者勇敢。知識分子固然學有專精，不見得什麼都懂，但古有明訓：「家事國事天下事，事事關心」，李遠哲先生表現出來的正是這樣的氣度，關心社會民生、勇於建言。當然他也可以選擇躲在學術象牙塔裏與世無爭，享有令人尊敬的身份地位，何必出來自討苦吃，擔任什麼教育改革總召集人，或是為阿扁背書，徒惹一身塵埃呢？所以我相信他每次的挺身而出，必然出於相同的信念與熱忱：那就是希望台灣變得更好，他是真正愛台灣的人！
許多人說因為二０００年李遠哲先生的那篇文章，才把選票投給阿扁。我覺得很可笑，街談巷議天天都有，這些人的言論也有可能影響你我的投票決定啊！除非你是一個聽命行事，完全沒有獨立決定能力的成年人，那也只能說你根本還不算是一個民主社會的成熟公民。
所以別再抱怨別人了吧！好好反省自己，也別再和媒體一樣等著揪出阿扁的國政顧問團成員出來表態，最重要的不是他們怎麼想，而是生於廝長於廝，未來還要在這裏生活一輩子的我怎麼想。做了錯誤的決定沒關係，用輿論的聲音及選票的壓力表達不滿、修正錯誤就好了。永不放棄理想及希望，我相信天佑台灣。
李遠哲公開信全文如下：轉載自 2006.11.10 中國時報
我目前身在巴黎，參加由「以色列─巴勒斯坦科學組織」召開的國際科學委員會議。這個會議讓我有機會重溫以色列與巴勒斯坦的苦難歷史，心中因此深有感懷。以色列與巴勒斯坦是兩個充滿悲情但有著偉大歷史的民族，數十年來，這兩個民族雖深陷艱困的環境，卻從不放棄追尋自己的理想，並各自做出驚人的犧牲，也犯過嚴重的錯誤，只不過他們肯在錯誤中不斷反省、悔過，然後重新出發，攀向更高遠的理想。以色列與巴勒斯坦人的命運是無法分割的，彼此共同編織出一部充滿血淚的偉大史詩。
廉政是民主政治核心價值
以色列與巴勒斯坦人的歷史，自小就一再觸動我的心靈深處，使我不時想到我摯愛的台灣。台灣既不是以色列，也不是巴勒斯坦，但台灣同樣有過自己的苦難歷史，遭遇過艱困的環境，也從不放棄追尋自己的理想，並為此做出驚人的犧牲，而在而在追尋理想過程中也曾不慎失足，犯過嚴重的錯誤。作為一個科學工作者，我驚訝於不同人類群體歷史演進的相似性。
我所摯愛的台灣目前正遭遇嚴峻的歷史挑戰。紛擾全台的國務機要費案與檢方的起訴書正衝擊著台灣的社會。這是台灣進入民主時代以來最嚴重的危機。
在深層意義上，這場危機是台灣首度實現政黨輪替的民主果實。在二○○○年政黨輪替之前，現任總統被司法機關調查與第一夫人遭到起訴，根本是難以想像的事。而在今天，司法機關展現了台灣歷史上未曾有過的獨立精神。第一家庭被調查或被起訴，雖在法律上並不代表定罪，但這是台灣司法邁出獨立的第一大步，也是二○○○年政黨輪替的偉大果實。
政黨輪替是台灣人民追求更光明、更優質民主生活的體現。追求民主是台灣人民永不中止的理想，而廉政是民主政治的核心價值。二○○○年時台灣人民願意支持政黨輪替，正是因為當時人心思變，決心唾棄國民黨長達五十年執政所造成的貪腐與黑金政治。政黨是人類的集社，人類畢竟不是天使，因此不可能不犯錯，自然也就沒有不犯錯的政黨。自認為絕不犯錯的政黨，必然是說謊的政黨。因此重點不是犯錯，而是知過能改，並且改過遷善。二○○○年政黨輪替的教訓告訴我們，在貪腐中不知悔改的政黨，必然會遭到人民唾棄。反之，願意堅守民主的核心價值，承認錯誤，勇於改過的政黨，才會獲得人民的支持與祝福。
小我、大我須做正確抉擇
日前國務機要費案起訴書的公佈，意味著台灣舊體制的改革與民主政治核心價值的建立正遭遇嚴峻的挑戰。這個挑戰讓台灣的政府、執政黨與人民被迫站在歷史抉擇的十字路口。如果陳總統與執政黨仍無意放棄民主政治的核心價值，無意背棄台灣人民對民主政治永不中止的理想，那麼陳總統與執政黨就必須在「小我」與「大我」、「政黨」與「國家」之間，做出正確的抉擇。因此，值此時刻，我誠懇建議：陳總統有必要慎重考慮去留的問題。
正確的道路不一定是坦途，反而往往是充滿荊棘、崎嶇難行的道路，但那也是唯一一條值得為台灣與我們後代子孫開闢的道路。決定台灣命運的根本因素，是用正確的方式愛這塊土地，愛這裡的人民，以及愛這個國家。我從不認為，「無論對或錯，我都必須支持自己的國家。」我總覺得，只有當我的國家做對時，我的國家才能夠生存下來，並且享受文明的繁茂果實。
天佑台灣。
(圖片轉載自聯合新聞網)
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