「發現自我」，是馬祖教人的目標，也是整個禪的主旨。這點我們可以從馬祖和他的另一位高足大珠慧海的故事中看出，當大珠第一次見馬祖時。
馬祖問他：「你從那裡來」？
大珠回答：「從越州大雲寺來」。
馬祖又問：「來這裡作麼」？
大珠回答：「來求佛法」。
馬祖便說：「我這裡一點東西都沒有，還有什麼佛法可求，你自己有寶藏不顧，離家亂走什麼」？
大珠便問：「什麼是我的寶藏呢」？
馬祖又說：「現在問我的就是你的寶藏，這個寶藏一切具足，沒有欠缺，運用起來非常自在，何必向外追求」。
聽了這話後，大珠不用思考和推理，便立刻洞見自性。另外汾州無業也是以同樣的方法悟道的。無業本來專研律宗，深通經藏。在他第一次見馬祖時，馬祖看到他那偉岸的身材，響亮的音調，便說：「外形巍巍堂堂，裡面卻沒有佛」。
無業很恭敬的跪下來說：「我粗研三乘之學，稍有心得，可是對於禪宗的即心是佛之說卻始終不能了解」。
馬祖說：「這個不能了解的心就是佛，並沒有其他的了」。
無業仍然未悟的問：「這樣說來，那什麼是祖師西來所傳的秘密法印呢」？
馬祖又說：「你這個大德現在正糊塗的很，且先回去，等下再來」。
無業正要離開時，馬祖更在他背後喊著：「大德」。
無業轉過頭來，馬祖便問：「是什麼」？
聽了這問話，無業便立刻大悟。
有時馬祖也用粗暴的方法來加速學生發現自我，有一次，水潦和尚問他說：
「如何是祖師西來意」（在禪宗的問答裡，問祖師西來意，就等於問佛法大要）。馬祖並沒有回答這個問題，而要水潦恭敬的禮拜，等水潦彎下身子時，馬祖卻把他踢倒，奇怪的是，水潦卻因此而大悟，站起來後，反而拍手呵呵大笑的唱著說：
「也大奇，也大奇，百千三昧，無量妙義，只向一毛頭上，一時識得根源去」。
唱完向馬祖行禮而退，後來他作了方丈，常對學生說：「自從一吃馬祖蹋，直至如今笑不休」。
從書中記載，我們可以想見馬祖一定是身體偉梧，精力充沛，據說他是牛步虎視，舌頭長得可以舐到鼻尖。雖然書中沒有說他叫起來像獅吼，但他的聲音一定很大，這可以從百丈最後開悟的故事中看出。當百丈隨侍馬祖的時候，馬祖正看著床角所掛的一個佛塵，百丈便說：「正在用時，要離開用」。
於是便拿開佛塵，把它豎起來。馬祖便說：「正在用時，要離開用」。
於是百丈又把佛塵掛回原處。馬祖便振威大喝一聲，震得百丈的耳朵聾了三日，也就由這一喝，使百丈完全的開悟了。
我們可別誤會馬祖是常用嘴巴「喝」和腳「蹋」的。雖然禪師的教法都不能缺少那種使人震驚的元素，但他的教法多半表現得很溫文，很巧妙。例如有位大官問他是否可以飲酒吃肉，他便幽默的說：「飲酒吃肉是你的祿份，不飲酒吃肉是你的福氣」。
馬祖運用這種方便法門的巧妙之處，可以從他和石鞏慧藏的談話中看出。石鞏本以打獵為生，最討厭見到和尚。有一次當他趕鹿經過馬祖的菴前時，馬祖迎面和他相碰，石鞏問馬祖是否看到有鹿跑過，馬祖反問：「你是什麼人」？
石鞏回答：「打獵的人」。
馬祖又問：「你知道如何射吧」？
石鞏回答：「當然知道」。
馬祖又問：「你一箭能射幾個」？
石鞏回答：「我一箭能射一個」。
馬祖便說：「照這樣看來，你實在不懂得射術」。
石鞏問道：「那麼你懂得射術嗎」？
馬祖回答：「我懂得」。
石鞏問道：「你一箭能射幾個」？
馬祖回答：「我一箭能射一群」。
石鞏便說：「彼此都是生命，你又何忍射殺一群」。
馬祖乃說：「你既然知道這點，為什麼不射自己呢」？
石鞏回答：「你要我自射，但總是沒有下手處」。
馬祖便說：「你這個人有無數劫的煩惱，到今天都完全斷絕了」。
於是石鞏便拋掉弓箭，出家拜馬祖為師。
有一次，石鞏在廚房裡工作，馬祖問他作什麼，他說：「正在牧牛」。
馬祖問：「怎樣牧牛」？
石鞏回答：「當牠走到草地，我立刻把牠把拉了回來」。
這話贏得了馬祖的讚嘆說：「你是真懂得牧牛之道了」。
由他們這種愉快和諧的談話中，令人很難想像到他們對於個性的控制和訓練又是如何的無情和猛烈。
馬祖隨時都在鼓舞學生要有大無畏的精神。有一次五臺隱峰推著車子，馬祖正好伸著腳坐在路中，隱峰請求馬祖把腳縮回去。
馬祖卻說：「我只伸不縮」。
隱峰也說：「我只進不退」。
兩人相持不下，於是隱峰不顧一切，仍然推車向前，結果輾傷了馬祖的腳。
馬祖回到法堂後，便拿著一把斧頭說：「剛才是誰輾傷了我的腳，快站出來」。
隱峰便走到馬祖前面，伸出了脖子。馬祖只好放下斧頭。
有時馬祖喜歡故意引學生像趕鴨子似的到處去追逐探索。某次，有一個和尚問：「離四句，絕百非，請你直指祖師西來意」。
馬祖回答：「我今天疲倦，不能為你解說，你去問智藏吧」！
這個和尚便去問西堂智藏，西堂反問：「你為什麼不問老師呢」？
這個和尚回答：「老師叫我來問你的」。
西堂便說：「我今天頭痛，不能為你解說。你去問懷海吧」！
這個和尚又去問百丈懷海，百丈回答：「我到這裡也不會」。
於是這個和尚便回去向馬祖報告經過，馬祖便說：「藏頭白，海頭黑」。 這裡所謂白和黑，是指的白帽和黑帽，這本是一個典故，據說有兩個強盜，一個戴白帽，一個戴黑帽，戴黑帽的強盜最後用詭計又搶走了戴黑帽強盜所搶來的東西。這是說戴黑帽的比戴白帽的更為無情，更為徹底。同樣，百丈比西堂更為無情，更為徹底。因為西堂只是推說頭痛，好像他假如他不生病的話，可能會有確切的答案。但百丈的拒絕卻是非常乾脆和坦率的。依百丈的看法，這個問題是乎肯定和否定，不是言語所能表達的。正如老子所謂的：「道可道，非常道」。
我們在前面曾提到龐蘊，和他的偈子，至於他悟道的故事也是非常有趣的。在他第一次去見石頭希遷時，他問：「不與萬法作伴人的是誰」。
石頭便用手掩住他的口，這時他略有省悟。後來又去見馬祖，提出同樣的問題。
馬祖便說：「等你一口吸盡了西江之水，我才告訴你」。聽了這話，他便立刻大悟。馬祖和石頭，這兩位大禪師都是付出同一個問題，石頭用手掩住了龐蘊的口，是表示這個問題不能言談。至於馬祖也認為要說出這個超然物外的人是誰，像一口吸盡西江水一樣不可能。顯然他們兩人都深通老莊思想，龐蘊也是如此。他雖然是屬於馬祖的法統，但也做過石頭的學生。
雖然馬祖和石頭平分了禪家的天下，但他們之間並沒有敵對的的態度。而且最有趣的是他們常共同的接引學生，如藥山惟儼便是最好的例子。藥山最初學律宗，曾博通經論，持戒甚嚴。後來感覺這不是最後目的，大丈夫應該離法自淨。於是便到石頭那兒要求接引。他對石頭說：「我對三乘十二分教，已略知皮毛。
但對南方所謂『直指人心，見性成佛』之說，卻始終不了解，懇請師父大發慈悲，為我指點」。石頭回答：「肯定不對，否定也不對，肯定和否定兩者兼有都不對，這時，你怎麼辦」？藥山惘然不知所措。過了一會，石頭便說：「你的因緣不在此，還是去找馬大鎮師那邊吧」！
聽了石頭的話，他便去參拜馬祖，提出同樣的問題，馬祖回答說：
「我有時教伊揚眉瞬目，有時不教伊揚眉瞬目，有時揚眉舜目者是伊，有時揚眉瞬目者不是伊，你究竟要怎樣了解伊」。
於是藥山言下契悟，便向馬祖禮拜。
馬祖又問：「你見到了什麼而向我禮拜」。
藥山回答：「我在石頭處，正像蚊子釘鐵牛」。
這也就是說不得其門而入，馬祖知道他已經開悟，便叫他好好保持這種悟力。
藥山在馬祖處隨侍了三年，有一天馬祖問他：「近日你有什麼心得」。
藥山回答說：「皮膚脫落盡，惟有一真實」。馬祖說：「你的見解完全深契於心，布於四肢。因此，你可以到任何山上去住了」。藥山說：「我是何人，豈敢住山作方丈」。馬祖便說：「沒有永遠的行而不住，也沒有永遠的住而不行。如果要求益於無所益，為於無所為。你便應該像慈航一樣，到處渡人，不要永遠住在此地」。
於是藥山又回到石頭那裡，雖然後人把藥山歸入石頭的法統，但實際上他是馬祖和石頭兩人之間的橋樑。
當藥山成為方丈後，他有兩個學生，一個道吾，一個雲嚴。有一天，當這兩位學生侍立在旁邊時，他指著山上的枯榮兩樹，問道吾說：「這兩顆樹，是枯的對，還是榮的對呢」？
道吾回答：「榮的對」。
藥山便說：「灼然一處，光明燦爛去」。
接著他以同樣的問題問雲嚴，雲嚴回答：「枯的對」。
他便說：「灼然一處，放教枯澹去」。
這時正好高沙彌來到，他又以同樣的問題問高沙彌。
高沙彌回答：「枯者從它枯，榮者從它榮」。
聽了這話，藥山便對道吾和雲嚴說：「不是，不是」。
這不是馬祖教藥山所謂的，沒有永遠的行而不住，也沒有永遠的住而不行嗎？事實上，馬祖，石頭，和藥山都深契於老子所謂的：「故物或行或隨，或歔或吹，或強或贏，或挫或隳」。
馬祖正像六祖一樣，善用相對法使學生能擺脫現象而進入形上，掙脫相對而進入絕對，超脫有形而進入真空。不論他用肯定法，或否定法，都是依據特殊的需要而定。他的說法並不那麼明顯，可是他無論採取什麼說法，他從來不曾說破，總是帶有幾分曖昧，好像有點作弄人似的，即使在他臨終時，也是如此。當時有人問到他的病情，他便說：「日面佛，月面佛」。
在佛家的術語中，「日面佛」是指活得很長，「月面佛」是指只能活一天一夜。馬祖的意思是說無論活得長和短，都沒有關係，只要他能發現真我。莊子曾說：「莫壽于殤子，而彭祖為夭」。「殤子」正像「月面佛」，「彭祖」正像「日面佛」。莊子有知，看到馬祖的話，勢必要會心的微笑了。
最後我們必須提到馬祖的一段故事，才能結束本章。這段故事是說儘管他出家學佛，但他的心中含有濃厚的人性。據說他回鄉小住時，受到鄉人的招待，可是隔壁的一位老太婆卻說：「我以為有什麼奇特，原來就是馬家的那個小子」。
這話使馬祖頗為感慨，寫下了一首解嘲的詩：「勸君莫還鄉，還鄉道不成，溪邊老婆子，喚我舊時名」於是他仍然回到江西，在那裡他前後一共住了五十年，直到八十歲那年才離開人間。
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