基改作物種種潛在的風險，實在不容忽視。目前世界各國有機規範，也都明文禁止基改作物資材及種苗。理由很多，但不妨由有機農業的基本原則談起。
根據國際有機農業聯盟（International Federation of Organic Agriculture Movement，簡稱IFOAM）的有機農業四大原則為：健康、生態、公平與關懷。基改生物完全不符合任何一項原則。
1.健康
基改生物轉殖的基因中，附帶篩選基因以及啟動基因。篩選基因通常是抗抗生素基因，在腸中可能導致抵抗抗生素基因的移轉，產生抗生素的抗性新菌種。啟動基因35S與B型肝炎病毒很相似，基改食物生食，啟動基因在腸中也有很低的機率跑到腸壁細胞內，可能引起不良後果。
有人提議生產含有較多維生素A的黃金米，以解決落後地區兒童食用稻米，缺乏維生素A和鐵質的問題。生態環保人士則反譏認為，生產黃金稻米的成本更高，不如由其他食物或食用糙米補充營養。亞洲是稻米原產地，各地農民栽種的稻米種類高達1萬4千種，一旦種植基改稻米，基因污染的潛在威脅，可能嚴重破壞本土稻米的多樣性，進而影響未來人類糧食安全。
伊朗雖於2005年正式宣布種植基改稻米，成為全球第一個種植基改稻米的國家，但已在2007年醒悟而停止基改作物種植。目前除中國外，全球已無基改稻米種植國家。以上事實，在在顯示世人對基改作物的疑慮。
2.生態
栽植基改殺蟲基因的玉米，鳥類可能因為昆蟲消失而缺乏食物，因為食物鏈進而引發生態鏈的大災難。含抗除草劑基因之大豆，由於大量施用除草劑，導致土壤及水源嚴重污染，雜草多樣性嚴重降低，鳥類昆蟲因找不到雜草果實種子食用而滅絕。抗蟲基改作物收成後，殘餘的莖稈枝葉犁埋土壤中，危及各種土壤生物及微生物，導致生物多樣性大幅降低。基改動物也可能使野生族群競爭力降低，而遭到絕種的威脅。
此外，抗除草劑基改作物的花粉，傳播到同屬的雜草，可能雜交成為強勢雜草，危害到其他植物族群，也會嚴重影響農業生態。抗蟲基改作物製造對昆蟲有害的蛋白，可能誘導產生新的抗殺蟲劑昆蟲品種。英國基改作物，證實會導致闊葉雜草種類與數量減少，也會降低昆蟲種類與數量，影響生物多樣性。其他諸多試驗也顯示，種植基改油菜，兩年內田間雜草種子數量銳減，這些種子是鳥類的主要食物。因此，種植基改作物嚴重威脅鳥類及昆蟲的生存，是很明顯的事實，不容相關學者和跨國公司狡辯。
抗蟲基改作物，雖然可以減少特定害蟲的危害，但通常只能抗一種蟲害，最初一兩年或許殺蟲劑可以少用。但是等到另一種害蟲取而代之後，問題仍然存在，農民可能須要施用更多或更新的農藥。這些種種顧慮，到目前為止都沒有解決方案。怎麼可以輕率造次，開放基改生物在台灣生產？
3.公平
全世界現有的基改種子，百分之九十九點九九九九的基因，都是人類老祖宗遺留或是大自然恩賜，應該是全人類可以共享的資源。這些財大氣粗的跨國公司，只導入少數一、兩個基因，卻要收取高額（百分之八十）專利費，造成種子費用居高不下，開發中國家農民根本買不起；即使買得起也不能留種，這對農民極為不公平，等於是利用所謂高科技剝削窮苦農民。
台灣也有類似情況，一般木瓜苗一棵只要五到十塊錢，違法販賣的基改木瓜居然賣到五十五元，整整貴了十倍。農民種植基改木瓜都犯法了，公然販賣基改木瓜種苗的人居然沒事！這是基改作物管理上的大漏洞，也是風險管制上的重大疏忽。政府應該儘速強力取締嚴辦，以懲不法。
目前全球基改作物實際的情況，是不到十家公司主控大豆、玉米、棉花和油菜四大基改作物。基改作物的專利權多由孟山都等國際大企業所掌握。壟斷的結果，種子售價大幅提高。售價提高的原因，是這些跨國公司收取鉅額專利費。這對農民極為不公平，違背有機農業的公平原則。轉基因種子因專利費，而大幅增加成本，玉米專利費約23%，棉花及大豆專利費約53%。專利費中之80%歸孟山都公司，餘則為跨國種子公司權利金。跨國公司禁止農民自行留種，許多農民因為田間有基改作物，而被跨國公司控告，遭到起訴。這些跨國因公司因而在歐美國家農民心目中，成為邪惡的象徵。
此外，基改作物含有無法分辨的污染，包括動物來的基因，對素食主義者及虔誠佛教徒極不公平，他們可能在不知情下，誤食動物基因。他們選擇食物的基本人權，也因而被剝奪。
最不合乎公平正義原則的是，這些跨國公司，不許農民在付出昂貴種子費用後自行留種。Mississippi農民Homan McFarling曾被控罰款78萬美元，這種對生態冷漠，不關心弱勢農民的舉動，惹惱了生態環保和農民團體。1999年，美農民團體終於忍不住，提出集體訴訟，控告各大跨國種子公司聯合壟斷行為。在歐洲，也出現生態環保和農民團體遊行抗議，憤怒地將這些跨國公司採種田的基改玉米，一棵棵踩倒的畫面（電影農地之怒）。
多年來，真正對農業有貢獻是傳統農業生產及育種技術。但因為強勢生物科技的基改研究，使傳統農業研發經費受到不當的排擠。其實，基改品種獲利者為種苗公司，非廣大農民。所以任何國家都不應由研究人員決定研發項目，也不應該由政府補助經費。要不要進行基改研究？應該由市場，消費者或種苗公司來決定。出資研究的單位，應該是私人種苗業，不應該用人民納稅的血汗錢來支付，補助學者。
4.關懷
土地是我們後代子孫永續利用的資源，不能任意破壞或污染。栽培過轉基因作物的土地，因為殘留之花粉及作物殘株，使得土壤不能作為有機農業生產之用。推廣基改作物，可能使得昆蟲或鳥類滅絕，破壞生態環境與生態鏈。基改作物的生產銷售缺乏對大自然及弱勢農民之關懷，也不關心野生動物昆蟲的生命和生態，嚴重違背有機農業的關懷原則。
根據以上有機農業的四大原則，基改作物均與其相違背，因此全世界有機規範均明文禁止生產與使用基改的產品。基因改造農產品近年來備受歐盟、日本消費者及環保團體的抵制，連羅馬教廷都將從事基因改造視為七大不赦之罪。基改作物缺點與隱憂，不容忽視。
人類到底有沒有足夠能力，來解決科技造成的麻煩，特別是由腦力（intelligence）而不是由智慧（wisdom）造成的科技，這是值得大家審慎思考和嚴肅面對的問題。
