大約在舊石器時代就有人類進入今天的蒙古地區，其代表為大窯文化。然而直到前3世紀之前這個地區和周邊發生的關係很少。蒙古是亞洲大陸中部一個水草和沙漠遍布的高原地區的泛稱。廣義上的蒙古包括中國的內蒙古高原和新疆的一部分、蒙古國，以及俄羅斯聯邦的南西伯利亞的部分區域，如圖瓦共和國、布里亞特共和國、赤塔州等。在大蒙古國建立之前的數千年，其他國家，如匈奴、中國、鮮卑、柔然、突厥、回紇、黠嘎斯、阻卜、契丹等都曾在此活動。
早期的亞洲大陸腹地的蒙古地區有三大以游牧為生的部落：月氏、匈奴、東胡。前209年，匈奴的冒頓單于建立了蒙古地區歷史上的第一個國家。匈奴成為強大的游牧部落，並與中國的秦朝、漢朝長期對立。然而，強大的遊牧帝國並沒有長久。經過激烈的內部紛爭和外來的軍事打擊後逐步走向衰落，雖然在東漢初期由於中國內戰而統一併連年入侵，但是後來在48年匈奴分成南北兩個匈奴，155年在鮮卑人征伐下北匈奴崩潰，最終在158年被丁零人打敗；在216年南匈奴被曹操一分為五。秦、漢帝國在漠南地區南部設置郡縣。
鮮卑的淵源尚無定論，一說認為其屬於漢文史料上所謂的東胡部落之一。在2世紀中期，鮮卑在檀石槐的領導下崛起，並而建立了鮮卑國，佔領了蒙古地區和中國漢朝北部的一些地區。並進一步滲入魏晉時期的中國北部邊疆，到五胡十六國時期。分別有有慕容鮮卑、禿髮鮮卑、乞伏鮮卑、段氏鮮卑、宇文鮮卑、拓跋鮮卑建立的國家；386年，鮮卑的一支拓跋建立北魏，統一了五胡十六國之後的中國北部，維持統治直到581年。這個時期在蒙古地區活躍的民族還有敕勒。
402年，拓跋鮮卑的別支（奴隸）柔然的首領社侖稱可汗。在之後的一百年中柔然稱雄蒙古草原。北魏和柔然之間發生了多次戰爭。552年，柔然人在蒙古高原被突厥土門可汗擊敗，柔然汗國崩潰。
552年突厥擊敗柔然汗國成為蒙古地區的新興王國。583年突厥分裂為東西兩汗國。並在屢次與隋朝的戰爭戰敗而走向衰落；雖然在隋末唐初時因中國內亂而盛極一時並連年入侵，但是最終在630年，東突厥被唐朝征服並納入疆域，但681年東突厥復國，並對武則天的武周連年入侵，對武周的邊疆造成不同程度的摧毀。
回紇是敕勒的一小部分，原是突厥下屬的部落。唐天寶三年（744年），以骨力裴羅為領袖的回紇聯盟在唐帝國軍隊的協助下，推翻了突厥汗國，殺突厥白眉可汗。一開始唐和回紇的關係以和平為主。不過也在762年趁機敲詐混亂中的唐朝，並以掠奪洛陽城為條件收復洛陽從而對剿滅安史之亂起到一定作用。9世紀時，因為長期對吐蕃的戰爭造成內亂，加上統治無道而最終被黠嘎斯在840年出動十萬重兵滅亡。
黠嘎斯滅亡回紇後，一部分回紇人因亡國而南遷契丹，大部分回紇人西遷中亞的塔里木盆地的綠洲城邦。少部分留在原地，期間大漠南北都被黠嘎斯佔領，其東部有突厥語族的阻卜部落，一直到924年被耶律阿保機打敗。
契丹最早見於史籍是405年，淵源尚無定論，根據漢文史料的記錄自稱「青牛白馬之後」，一說淵於段氏鮮卑部。907年，耶律阿保機稱可汗。916年契丹首領耶律阿保機建立大中央胡里只契丹國，因契丹人聚居區是在遼水上游一帶，而且938年之後統治了當時中國的燕雲十六州，所以被當時的燕雲十六州的漢人俗稱為「遼」，後來北宋人也沿襲此叫法，到1125年大中央胡里只契丹國為女真人所滅。大中央胡里只契丹國盛時疆域包括蒙古地區的大部，全盛時，疆域東北至今日本海，北至今蒙古國中部的色楞格河、石勒喀河一帶，西到阿爾泰山，南部和北宋接壤。
1125年遼被從前其下屬女真人的金國擊敗，耶律大石收攏殘部西遷中亞建立西遼。此時大興安嶺以東的東北地區歸女真人的金國，而蒙古草原依然是的突厥語族和蒙古人的部落。13世紀初蒙古人逐漸強盛，並在蒙古尼倫的乞顏部首領鐵木真帶領下於1206年最終成功消滅各部，並建立了大蒙古國，作為蒙古族歷史的正式開始。後來發動了數次侵略戰爭，在1211年—1216年重創金國，並在1217年—1229年繼續侵攻金國，在1205年—1227年間七次入侵西夏而最終徹底滅亡西夏、1218年滅西遼之後，在1219年底—1223年侵滅花剌子模帝國和高加索諸國和基輔羅斯諸國、後返回滅西夏，在1231年入侵高麗，在1234年3月9日徹底滅亡金國。
蒙古人的淵源尚無定論，一說認為蒙古人的祖先是以蒼狼和白鹿為綽號的人名的後裔，1127年，以尼倫和迭列斤兩大部落為主體組成的蒙兀王國建立。蒙兀王國在12世紀時從今俄羅斯聯邦布里亞特共和國和赤塔州一帶遷徙到蒙古高原斡難河上游的。1146年其首領合不勒可汗擊退金兵，金乃承認西平河(克魯倫河)以北之地為蒙兀王國領土，並歲以牛羊等。但這時的漠北草原的這些說突厥語的什麼塔塔爾部、泰赤烏部、蔑兒乞部、乃蠻部、克烈部、汪古部等突厥人部落互不隸屬，合不勒孫也速該於1170年遭塔塔爾部首領殺害而導致蒙兀王國滅亡。
1196年—1204年鐵木真陸續征服塔塔爾部、泰赤烏部、蔑兒乞部、乃蠻部、克烈部等諸說突厥語的游牧部落，並且在1204年使汪古部歸順，並於1206年在蒙古地區建立「大蒙古國」。大蒙古國很快佔領了蒙古地區，並四處出征，在歷代大汗的努力之下，發展成為橫跨歐亞的大蒙古國。
1271年鐵木真的四子拖雷的四子忽必烈在國號「大蒙古國」之前添加上「大（哉乾）元」修飾詞，以此體現大蒙古國的疆域遼闊和廣袤；所以也叫做大元大蒙古國或拖雷汗國，漢文史料歪曲扭曲稱之為改國號為大元。 1368年，大蒙古國對中國地區的統治結束。並且與明國對立，多次發生戰爭，但是大蒙古國依然存在到1635年被後金汗國打敗，林丹汗敗亡，進而被後金汗國征服而結束。
1618年（明神宗萬曆四十六年）後金首領努爾哈赤起兵反明。1626年努爾哈赤親率大軍，征大蒙古國察哈爾部。努爾哈赤死後其子孫於崇德元年（1636年）建立大清帝國，並最終消滅南明，征服全中國。其間塞外的蒙古諸部有的與清朝統治者聯盟、聯姻，如科爾沁部；有的則被清朝征服，如喀爾喀部、和碩特部、衛拉特部、察哈爾部、準噶爾部。最終當時整個東亞地區的蒙古部落隸屬於清朝的治下。
清代將蒙古分為設官治理的內屬蒙古和由札薩克世襲統治的外藩蒙古。外藩蒙古又稱之為外札薩克蒙古（漠南蒙古十六盟）和烏里雅蘇台、科布多（喀爾喀蒙古、漠西蒙古）。其中前者成為今內蒙古自治區的主體部分。清代後期的官方文書中出現了內蒙古和外蒙古的概念。內蒙古一詞指內札薩克蒙古49旗，外蒙古則指喀爾喀4部（有時也包括科布多和唐努烏梁海）。清亡之後喀爾喀蒙古走向獨立，而內蒙古則在中華民國的統治下，分屬於興安省、熱河省、察哈爾省、綏遠省、寧夏省。後來國共內戰中華民國離開大陸後，由中華人民共和國統治，設內蒙古自治區。
清朝蒙古地區實行盟旗制度。盟由各部定期會盟而形成的機構，旗是分解原來的部落而組成。盟旗中地位最高是各旗札薩克與藏傳佛教的呼圖克圖。1911年中國辛亥革命之後，蒙古諸部中有親俄羅斯帝國、蘇俄的，有主張獨立運動的，也有主張繼續留在中華民國之內的。幾經反覆，最終一部分在1944年併入蘇聯，一部分建立蒙古國，一部分成為中國的內蒙古。
1921年蒙古人民革命黨在蘇聯紅軍的幫助下建立「人民革命政權」，1924年宣布廢除君主立憲制，成立蒙古人民共和國，定都庫倫，改城名為烏蘭巴托，外蒙古獨立。1961年，蒙古人民共和國成為聯合國會員國。蘇聯解體以後，蒙古國於1992年2月12日放棄社會主義，推行多黨制和總統制民主，實行議會制。新憲法當日生效，國名改稱為「蒙古國」。
內蒙古在抗日戰爭後期，蘇聯和蒙古人民共和國紅軍出兵佔領東蒙古全境。中共幹部烏蘭夫於1945年10月，在解散以博英達賚為首的「內蒙古共和國臨時政府」後，發動內蒙古群眾的自治運動；並組織成立了「內蒙古自治運動聯合會」。1947年4月23日，在王爺廟舉行內蒙古人民代表會議，來自內蒙古大部分盟旗的蒙古、達斡爾、鄂溫克、漢、滿、回、朝鮮等各民族代表393人出席會議。會議通過決議，成立了內蒙古自治政府。
會議通過了烏蘭夫的政治報告和內蒙古自治政府自治宣言、施政綱領、組織大綱等文件，選舉產生內蒙古自治政府臨時參議會及組成人員，烏蘭夫等121人當選為參議員，其中蒙古族、達斡爾族96人，漢族24人，回族1人，婦女5人。代表大會選舉政府委員21人，包括3名漢族委員，烏蘭夫當選為內蒙古自治政府主席，哈豐阿當選為副主席。博彥滿都為議長，吉雅泰為副議長，內蒙古自治政府宣告成立。
會議決定5月1日為內蒙古自治政府成立紀念日，內蒙古自治政府成立時，所轄區域包括呼倫貝爾、納文慕仁、興安、錫林郭勒、察哈爾5個盟的34個旗（市）1個縣，轄區面積為53.8萬平方公里，人口共約200萬，其中蒙古族約50萬人。內蒙古自治區現轄9地級市，3盟，共計21市轄區，11縣級市，17縣，49旗，3自治旗，首府呼和浩特。
當在12世紀初期之後，蒙古各部逐漸遷徙到蒙古高原，10世紀到12世紀，蒙古高原先後臣屬於遼朝和金朝。隨著金章宗時期金朝軍力衰落，蒙古的勢力也開始壯大起來，不再臣服於金朝（1170年）。金朝泰和六年（元太祖元年，宋寧宗開禧二年，公元1206年），乞顏部領袖鐵木真完成了統一蒙古高原各部的征戰。當年春天，鐵木真在斡難河（今鄂爾渾河）源頭召開庫力台大會，即蒙古大汗位，獲得尊號「成吉思汗」，建國於漠北，國號「大蒙古國」（Yeqe Mongɣul Ulus）。。成吉思汗還頒布了扎撒，作為大蒙古國的成文法典，是世界上最早的憲法性文件。蒙古帝國的組織是十戶、百戶、千戶、萬戶、十個萬戶組成一旗，十旗組成一路，十路組成一州，十州一國。
1205年、1207年、1209年—1210年，鐵木真率軍三次征伐西夏，迫西夏國王李安全臣服，後在1211年—1213年、1214年—1219年再次派遣一支蒙古軍隊征伐西夏。1211年八月，大蒙古國傾國之力的九萬軍隊進攻金朝並在野狐嶺戰役擊潰金兵之後，在隔年兵分三路攻入金朝內地，並在1213年和1214年兩次率軍圍困金中都，混亂中，金朝皇帝衛紹王完顏永濟在1213年被殺，新立的皇帝金宣宗於1214年由於從霸州運送救援糧餉到中都的軍隊在河間府被蒙軍截擊，宣宗覺得中都不保了，於是宣佈遷都開封，木華黎統帥的蒙古軍最終於1215年5月31日攻佔金朝舊都中都城。成吉思汗在此得到契丹人謀士耶律楚材的歸順。後來耶律楚材成為大蒙古國的稅務官和宰相。佔領中都後，成吉思汗返回蒙古草原，1217年，成吉思汗任命大將木華黎為「太師國王」，讓他負責繼續攻擊金朝。
1218年，成吉思汗派遣哲別出兵兩萬攻入西域，擊殺篡奪西遼皇位的宿敵屈出律，西遼滅亡。此後由於花剌子模的地方領主亦納勒術殺死了來自蒙古的商隊，更在此後侮辱並殺死了成吉思汗派來交涉的使臣，憤怒的成吉思汗親自統率十萬大軍在1219年底發動了對花剌子模的入侵，花剌子模君主阿拉烏丁·摩訶末在1220年逃至裏海東岸的孤島病死，蒙古軍於花剌子模大肆劫掠後，於1221年擊敗了花剌子模末代君主札蘭丁，花剌子模滅亡。
當初，成吉思汗命令速不台和哲別率領二萬騎兵追擊向西逃亡的摩訶末，摩訶末逃入裏海後，他們率領蒙古軍繼續向西進發，征服了高加索山一帶的很多國家，然後繼續向西進入欽察草原擴張。1223年，哲別與速不台於迦勒迦河之戰（今烏克蘭日丹諾夫市北）中擊潰基輔羅斯諸國王公與欽察忽炭汗的聯軍，然後又攻入黑海北岸的克里木半島。1223年底，哲別與速不台率軍東返，經過也的里河（今伏爾加河的突厥名，又譯亦的勒），攻入此河中游的不里阿耳，遭遇頑強抵抗後，沿河南下，經由裏海，鹹海之北，與成吉思汗會師東歸。在東返途中，哲別病逝。
1223年，蒙古大軍到達錫爾河河谷，並再次召開了一次覲見大典，當時有很多西方國家都派遣使者來於大蒙古國交好，包括神聖羅馬帝國和羅馬教宗的使者，之後於1224年的夏天來到額敏河和裕勒都斯河河谷，1225年夏天回到蒙古草原。1226年，病危的成吉思汗再次率軍征伐西夏，但是於1227年八月病死於六盤山，在其死後的九月，蒙古軍攻陷都城中興府，西夏末代國王李睍投降。在成吉思汗西征的數年間，木華黎統帥的蒙古軍隊基本佔領金朝黃河以北的所有領土，金朝的領土僅局限於河南、陝西等地（當時的黃河取道江蘇北部的淮河入海）。
成吉思汗死時的大蒙古國包括今蒙古高原、今中國黃河以北地區、西域、蔥嶺、中亞河中地區、亞塞拜然以東的大伊朗大部。成吉思汗遺囑由窩闊台繼承大汗位，先由幼子拖雷監國，後在1229年最終召開庫里勒台大會推舉窩闊台繼位。拖雷監國時期（1227年—1229年）加大力度對金朝的征伐，並在成吉思汗死後僅一個月內徹底滅亡西夏。
1229年，窩闊台繼任大汗，1231年征伐高麗王朝，1233年攻滅東真國，1234年3月9日攻滅金朝。隨後發動對歐洲的西征；1236年打敗欽察突厥部落，1238年2月佔領莫斯科，1240年12月6日佔領基輔；之後兵分兩路分別入侵波蘭和匈牙利，大敗神聖羅馬帝國聯軍，攻佔東歐大部分地區，前鋒進軍到波茲南、維也納近郊和亞得里亞海的東海岸(即威尼斯共和國的達爾馬提亞)，歐洲為之震驚。正當此時，窩闊台逝世（1241年12月）。遠征軍於是東還，後來拔都於1242年在伏爾加河下游的薩萊城正式建立蒙古金帳汗國。期間由綽馬兒罕、拜柱、野里知吉帶、闊里吉思、阿爾渾八剌統帥的蒙古軍逐漸征伐和屠殺蹂躪亞美尼亞王國、喬治亞王國、羅姆蘇丹國和大部分小亞細亞。
1246年8月24日，貴由在窩闊台的王后支持下繼位。拔都與貴由在長子西征以後不和，貴由在遠征拔都途中病死，拔都本有資格承繼汗位，但他無意即位，另舉拖雷的長子蒙哥為大汗。1251年，蒙哥繼位。1253年派遣忽必烈取道西康南下滅大理國。蒙哥命旭烈兀西征（1256年—1259年）；1258年，佔領阿拉伯帝國首都巴格達，滅阿拔斯王朝。1260年，佔領阿尤布王朝首都大馬士革。這時，蒙哥在攻打南宋四川時，在釣魚城之戰中陣亡，軍隊於是東還。
成吉思汗死後其子窩闊台繼任蒙古大汗。1236年蒙古大軍開始進攻欽察和基輔羅斯；攻入保加利亞並摧毀其都城；攻佔蔑怯思城、里亞贊、科羅姆納、莫斯科（1238年2月）、蘇茲達爾、弗拉基米爾城、雅羅斯拉夫城、特維爾城、切爾尼戈夫、乞瓦基輔（1240年12月6日）、加利奇國、赫梅爾尼克、桑多梅日城、克拉科夫城、摩拉維亞、奧拉迪亞、瓊納德、佩斯城、斯普利特、科托爾等二十幾個城市。1240年12月6日成吉思汗的孫子拔都攻佔基輔。
1241年拔都率部入侵波蘭、立陶宛、神聖羅馬帝國的摩拉維亞與斯洛伐克、波西米亞與捷克，直至在奧地利的維也納近郊受阻於奧地利、波西米亞聯軍；期間另一支蒙古軍屠殺和蹂躪匈牙利王國和威尼斯共和國的達爾馬提亞，即亞得里亞海東海岸（其實前鋒已經進軍到今東北義大利）、原南斯拉夫地區、拉什卡和保加利亞第二帝國（1241—1242年）。1242年春天窩闊台的死訊傳來，拔都和各支蒙古軍統帥班師回朝。這是蒙古大軍所到最西的地方。
窩闊台死後經過乃馬真後稱制、貴由汗統治和海迷失後稱制的一共十年統治；1251年7月，成吉思汗的小兒子拖雷的兒子蒙哥繼位。1256年蒙哥派其弟旭烈兀西征。期間蒙古軍多次大舉征伐高麗；1258年，西征軍攻佔當時僅剩下美索不達米亞的阿拔斯王朝首都巴格達。1259年旭烈兀征敘利亞阿尤布王朝，1260年攻佔大馬士革和阿勒頗。當年蒙哥在進攻南宋的釣魚城時戰死。旭烈兀回師爭位，之後留下的由怯的不花統帥的2萬蒙古軍隊在阿音札魯特戰役敗於馬木留克王朝，標誌著蒙古帝國未能擴展到非洲。
窩闊台時，1229年至1234年，蒙古滅金朝。1231年蒙古進攻高麗，並迅速攻佔除最南端外的全部高麗王國領土，高麗王室退守平壤城城外的海域附近的江華島，之後，高麗國分為主戰派和主和派，並且已經臣服於大蒙古國；但是當時半島上的高麗三別抄義軍一直抵抗到1275年才臣服。窩闊台滅金之後，兵分三路大舉入侵南宋，另一路征伐高麗國；但窩闊台不幸於1241年12月去世，蒙古軍撤軍，之後所佔疆土為南宋軍隊收復。後來經歷乃馬真後、貴由汗、海迷失後的統治，期間對南宋的攻打限於邊境的侵襲戰爭；到1251年蒙哥汗即位，才開始再次大幅擴張。
在旭烈兀西征的同時，蒙哥於1258年率三路大軍征伐南宋。1259年7月27日蒙哥在四川合州的釣魚城久攻不下，在一次戰鬥中中流矢受傷（不久就不治身亡了）。正在進攻鄂州的蒙哥的弟弟忽必烈和正在圍攻潭州和岳州的兀良哈台軍遂與南宋議和，北向渡過長江，此後忽必烈返回班師，在開平自稱大汗。在戰勝也自稱大汗的弟弟阿里不哥之後，1267年忽必烈開始營建大都，1285年建成。1271年改國號為大元，是為元朝的開始。1264年至1279年，經過對南宋的多年征戰，元軍終於滅宋。至1275年高麗已臣服於元朝，成為其屬國。
蒙古曾於1257年征伐陳朝北部地區。滅宋之後，元軍又分別於1284年—1285年和1287年—1288年兩度攻打越南北部的陳朝和南部的印度教王國占城。陳朝與其宿敵占城聯合擊退了入侵軍。1277年元軍開始進攻今緬甸北部的蒲甘王朝；直到到1287年元軍才攻入蒲甘王國首都，之後在1303年又從該地區撤退。元軍於1292年至1293年對爪哇島發動的最大的一次海上遠征也失利。1265年和1280年，忽必烈兩次派軍征伐日本（文水之役、弘安之役），但均因遭受失敗而撤軍。
蒙哥於1259年七月在合州去世後，其弟忽必烈與阿里不哥爭奪汗位（1260—1264年)。忽必烈聽聞蒙哥汗死訊時尚在鄂州一帶與南宋作戰，後聽說留守蒙古本土的阿里不哥準備集會稱汗，立即與南宋議和之後北返回到開平（今內蒙古多倫縣），於1260年5月在以東道諸王塔察兒為首的蒙古宗王及漢人儒臣的支持下搶先集會稱汗。阿里不哥聞訊後，在阿速台、玉龍答失、海都等宗王的支持下於同年6月在當時的大蒙古國首都哈拉和林召開「庫里爾台」大會，即大汗位。
由於忽必烈長期居住在中原，任用漢人，推行漢法，改變了蒙古人的遊牧傳統，引起很多蒙古王公貴族的不滿，故多數西道諸王當時均支持阿里不哥。為了爭取宗王勢力的支持，忽必烈默認了朮赤後王別兒哥、察合臺後王阿魯忽及八剌六弟旭烈兀對各自封地的名義上的統治權（不過名義上，朮赤汗國、察合台汗國、伊兒汗國等汗國依然屬於大蒙古國大汗的藩國）。忽必烈與阿里不哥隨即展開了歷時四年的汗位爭奪戰爭。與此同時，別兒哥與旭烈兀等亦在高加索地區大打出手。這一系列戰爭標誌著帝國走向分裂。
忽必烈直到1264年才最終戰勝阿里不哥，隨後遷都大都（今北京），以上都開平為陪都。然而，支持阿里不哥的窩闊台汗國拒絕歸附忽必烈而名義上獨立。察合台汗國被忽必烈、阿里不哥、窩闊台汗國等勢力多次爭奪，後與窩闊台汗國的海都結盟對抗忽必烈。這兩個汗國位於今塔里木盆地、準噶爾盆地、中亞河中地區一帶。金帳汗國（又稱欽察汗國）為朮赤之長子拔都在1242年正式建立，位於現在的東歐平原、南俄的北高加索、和錫爾河以北的中亞的一部分，基輔羅斯諸公國為其扶植的弗拉基米爾大公遙控的藩屬國。伊兒汗國為旭烈兀在1256年正式建立，包括大伊朗等地。朮赤汗國在忽必烈與阿里不哥爭奪汗位時已名義上獨立，僅伊兒汗國承認忽必烈的大汗位，但在忽必烈去世後也獨立。造成大蒙古國名義上分裂。
1271年忽必烈在其領地內改國號為「大元」，建立元朝，蒙古文則稱為「大元國」（Dai Ön Ulus）或「大元大蒙古國」（Dai Ön Yeqe Mongɣul Ulus）。然而在此同時四大汗國先後各自為政，直到1303年元成宗鐵穆爾與蒙古諸王在意識到內戰是破壞大蒙古國的基業下終於達成議和，朮赤汗國、察合台汗國、伊兒汗國、窩闊台汗國（其實此時的窩闊台汗國名存實亡）重新承認元帝為大蒙古國大汗，彼此間設驛路、開關塞恢復往來。元朝保留了朮赤汗和伊兒汗在河東路、河南等處的份地，每年頒給歲賜。伊兒汗國君主即位仍需元帝遣使冊封，頒發「王府定國理民之寳」、「真命皇帝和順萬夷之寳」等漢文印璽，作為元帝的藩屬國。此後金帳汗國的數位君主，如脫脫（肅寧王）、月即伯等也得到了元帝的正式冊封。
從元成宗開始，元朝政治就日漸十分混亂。1351年，劉福通率白蓮教教眾和被征挖黃河河道的河工起事，組織紅巾軍對抗元軍，開始了紅巾軍起義（元末民變）。1368年，朱元璋驅逐了元順帝，建立明朝，蒙古對中國的統治結束。元順帝北逃至蒙古高原，沿用對漢人的大元國號，漢人史官史稱北元，至1388年（一說1402年）去元國號，而後衍生為韃靼和瓦剌。
諸汗國中，窩闊台汗國的領地在1309年被察合台汗國和元帝瓜分。察合台汗國在1369年分裂，而伊兒汗國在1357年滅亡，最終均在1388年被帖木兒帝國征服。金帳汗國到1480年或1502年之後就滅亡，裂解為的克里米亞汗國存在到1783年，至於阿斯特拉罕汗國，喀山汗國，西伯利亞汗國均最終在16世紀中被伊凡四世治下的沙皇俄國全部佔領。
帖木兒是西察合台汗國的中亞河中地區的渴石地區的突厥貴族巴魯剌史氏的後裔，埃米爾，由於後來他迎娶了察合台汗國的公主，是鐵木真的直系七世孫，於是他也宣稱自己是蒙古黃金家族後裔。他在1369年自立蘇丹，發動七次征伐東察合台汗國的戰爭後，迫使察合台汗國臣服，在1381年—1387年征服在伊兒汗國滅亡後衍生的幾個小汗國（卡爾提德王朝、丘拜尼王朝、莫扎法爾王朝、黑羊王朝、白羊王朝、札剌亦兒王朝），1391年和1394—1395年征伐朮赤汗國脫脫迷失，征伐印度德里蘇丹國，攻陷德里，西面擊敗當時如日中天的奧斯曼帝國蘇丹巴耶塞特一世（安卡拉戰役）和埃及馬木留克王朝。
帖木兒帝國的疆土，鼎盛時東起印度德里和費爾干納盆地，西至小亞細亞，北自鹹海和錫爾河河谷，南達波斯灣。1404年帖木兒率領20萬軍隊進攻中國明朝，結果在1405年進軍途中病死。帖木兒死後，其帝國分裂，1506年亡於烏茲別克人昔班尼。帖木兒帝國不是大蒙古國的一部分，但是屬於後蒙古勢力，疆土大多在原大蒙古國的地方。帖木兒的後裔巴布爾於1526年攻滅印度德里蘇丹國，建立莫臥兒王朝，自稱印度斯坦王，名義上存在到1857年。
大蒙古國在鼎盛時期統治從東亞到中亞、西亞、東歐的前所未有的巨大帝國。蒙古帝國的建立加速了東西方的文化、技術交流，促進了多民族的文化交流。整個絲綢之路第一次也是最後一次被只有一個國家控制，這使得東西方的商貿往來比其他分裂時期要容易得多。元帝國的驛站制度，形成了當今郵政的雛形。
成吉思汗曾夢想「讓青天之下皆成蒙古人之牧場」。無數古代文獻都記載，在蒙古帝國的擴張過程中，無數的古代文明遭到徹底毀滅，無數個城池被夷為平地，根據R. J. Rummel估計，在蒙古帝國的入侵下有3000萬人被殺。在蒙古帝國對西方的擴張過程中有2,000萬人被屠殺；整個亞洲的人口分布亦發生重大變化。David Nicole 在The Mongol Warlords中說，「恐怖和大規模滅絕反對者是蒙古人屢試不爽的戰術」。伊斯蘭世界的東半部經歷了恐怖的死亡與毀滅。從1219年到1260年，由於大屠殺和饑荒，波斯的總人口從1200萬下降到110萬。
在中亞河中地區和大呼羅珊，自希臘化時代建立的水利灌溉系統被徹底毀滅，同時也伴隨著無數良田成為荒蕪和沙漠化；在西亞，自阿卡德帝國和古巴比倫時期建立的水利灌溉系統被徹底毀壞，大量良田成為荒蕪。河中地區、西亞、東歐的許多城市，都被蒙古軍大規模屠殺和摧毀村莊，有的城市甚至被多次屠殺，給當地造成巨大災難和痛苦記憶。歷史學家估計匈牙利王國（1241年—1242年）當時200萬人口中的一半在拔都進攻下都死於蒙古入侵。基輔羅斯幾乎所有的城市均被摧毀，投降者作為奴隸，大部分因繁重的勞役很快死去，戰俘則加入蒙古軍隊繼續西征。大約一半的俄國人死於蒙古入侵。
但是，Colin McEvedy的《世界人口史地圖集》（1978）估計俄國歐洲部分的人口從入侵前的750萬下降到700萬。中國人口在蒙古入侵的七十年間因戰爭和包括因戰爭造成的各種原因被消滅了一半。在蒙古入侵以前（1200年），中國（包括金朝、西夏、南宋、大理國）人口約有1億4千4百萬，甚至更多，而到1278年（1279年完全佔領）只有7,000萬人。中國繁華的金朝和南宋被消滅後，經濟、文化長時期停滯不前甚至倒退。
通常認為，1346年，在金帳汗國軍隊進攻黑海港口城市卡法（又譯克法，現烏克蘭城市費奧多西亞）時，用拋石機將患鼠疫而死的人的屍體拋進城內，這是西方社會有紀錄以來第一次細菌戰。鼠疫原產中亞，其攜帶者是土撥鼠。在大蒙古國之前鼠疫曾多次傳入中國，所以雖然中國也曾發生過地區性鼠疫傳染，但中國人也逐漸有了對鼠疫的免疫力，而歐洲人則在此之前從未接觸過鼠疫。在卡法的一個熱那亞商人將帶病的跳蚤無意間帶到義大利的熱那亞共和國，於是鼠疫在歐洲廣泛傳播，最終在1348年—1349年造成2,000萬人死亡，成為令人聞之色變的「黑死病」，因為鼠疫患者皮下淤血、全身發黑而死。
也有一種說法認為鼠疫是絲綢之路上的商人把病菌帶到中東，然後又傳播到歐洲的。1348年—1349年的黑死病使得當時歐洲喪失了三分之一的人口，對人的關心的人文主義隨之覺醒。歐洲人文主義文學的第一部代表作《十日談》就是薄伽丘在黑死病泛濫最猖獗的時期寫成的，描述1348年發生在義大利的可怕瘟疫。歐洲就此迎來了文藝復興的曙光。
大蒙古國橫跨東、中、西亞和東歐巨大的疆域。在大蒙古國衰敗之後，前金帳汗國屬國的莫斯科公國崛起並佔領了從前朮赤汗國中的相當一部分，成為後來著名的俄羅斯帝國。莫斯科公國統治者在朮赤汗國時代曾長期把持了當時蒙古人遙控羅斯諸國的弗拉基米爾大公的位置，並代表蒙古進行收稅，進而抬頭，因為蒙古人很少視察他們佔領的疆土。今天，世界上最大的國家俄羅斯的形成有明顯的當年的大蒙古國的因素。克柳切夫斯基和他的學生認為羅斯的統一，蒙古至少有一半功勞。
另一位歐亞主義哲學家特魯別茨科伊在他的經典著作《論俄羅斯文化中的圖蘭成份》指出莫斯科要感謝蒙古統治，俄國在消滅喀山與阿斯特拉罕後才成為強國。莫斯科公國的貴族就有20%曾與蒙古人通婚，莫斯科公國政府的制度也是蒙古式的。從本質上說，俄羅斯是一個東正教蒙古國家。俄羅斯人的日常生活深受蒙古影響，有大量蒙古語借字、郵政、稅收、衣服也受蒙古影響，軍制與法制是從蒙古學的。俄羅斯人也被圖蘭化。
在歐洲，由於蒙古鐵騎連下數十城，佔領多個國家，歐洲君主十分恐慌。後來在19世紀有了「黃禍」一說，一些說法認為泛指所有東亞黃種人帶來的威脅時，常回溯用於13—14世紀的大蒙古國時期。
在日本，為了對付元軍入侵而進行的全國範圍的改編使得其經濟和軍事都處於重壓之下，並且整個國家的資源使用已經到了極限。元軍入侵也使得日本幕府找到了繼續統治國家的藉口而不是將權力交給天皇。他們之後一段時間繼續加強九州的防務，那裡的許多軍事設施很多年後還有效。由於戰後受貨幣經濟影響，幕府無法恩賞抗元官兵，加劇了國內矛盾。最終後醍醐天皇滅了鎌倉幕府。
在朝鮮半島，高麗王朝在大蒙古國軍隊屢次大舉征伐後，歸順於蒙古，成為附庸國之一。蒙古人的元朝被朱元璋驅逐出中國後，漢族人建立了新的王朝──明朝，忠於蒙古的高麗國王無法接受，遂派出將軍李成桂征伐明帝國。但是親近明帝國的李成桂從鴨綠江附近舉師回朝，發動兵變推翻高麗國，建立朝鮮王朝。
進代有學者發現，在蒙古、中亞附近，多達8%的男性人類是成吉思汗的直系後代，全球有至少1,600萬這樣的男子....。
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