空海所搭的遣唐船上共有三十多人，好不容易逃過海難，千辛萬苦到達大唐，大家心想，以後的身份就是大唐貴賓，應該備受禮遇。沒想到船隻靠岸，非但無人迎接，海防還下達禁令不准上岸。這些日本人不明所以，不僅感到失望，更十分氣惱。
原來當時日本遣唐船都循兩路上岸：一條從北邊，繞過新羅（今韓國南部），於山東靠岸，再走陸路到達長安；一條循南方，經日本九州，在江蘇一帶登岸，也有京城派來的使臣接待。但不巧的是空海所乘的第一艘船，由於偏離航道，竟在福建登陸。上岸的地點是長溪縣赤岸鎮，一個閩越小鎮，蠻荒閉塞，唐朝時才有漢人移入。無怪乎當地人一聽說日本人來了，不瞭解遣唐使是什麼，卻想到可怕的日本海盜，於是大為緊張。
「將船上的人嚴密看管，不准上岸！」這是海防發出的第一道禁令。在語言不通、觀念差異下雙方交涉了月餘，赤岸鎮的海防仍然堅持原則，不予放行。大使藤原葛野麻呂不得不放棄談判，另謀他途。「我們離開此地吧！將船開往福州，或許能遇到開明的州官，准予上岸。」船於是再度啟航，在海上折騰數日，於十月三日到達福州。
不料當時福州刺史柳冕因病辭官，代理刺史仍是個不明就裏的人。他看了藤原親手寫的入關書表，對一行人的身分仍然懷疑。「這麼拙劣的漢文，怎會出自遣唐使之手？一定是騙人的！」代理刺史憤怒地把書表丟於地上，不予處理。藤原一共上書三次，非但未打動州官，還惹惱了人家。州官下令封船，將船上日本人全部趕上沙灘。大家驚惶失措，開始恐懼州官下一步將採取什麼行動？這時，既著急又尷尬的藤原，只得放下身段，求助於空海。
原來早有人向他建議，說空海精通漢文，文筆尤佳，書表應由空海來寫。然而藤原卻認為空海籍籍無名，豈能信任他？如今，情勢已到窮途末路，藤原心想，就姑且讓空海試一試吧！空海臨危受命，從容攤開紙，提起筆，就坐在沙灘上振筆疾書起來。沒想到頃刻之間，便完成一篇絕妙好文——「高山雖澹然，唯禽獸不辭勞苦來投歸；深水雖不言，唯魚龍不憚倦困而來赴…」
洋洋灑灑一路寫來，他強調這次遣唐任務，是仰慕大唐天子之德，不惜性命危險而來，所以望能惠予放行。果然，州官一看，便知文章出於高人之手，若非日本天皇派遣的使者，怎能有此功力？他立刻下令放行，且覺先前怠慢不當，理應補償。不久，代理刺史親來致歉，並安排食宿，大禮款待。一篇文章竟造成天差地別的效果，真是令人料想不到！緊接著，為安排遣唐人員前往長安，州官備好書表，命人兼程赴京，並請藤原等耐心等待。
於是，大家又在賓館住了個把月，眼看時間一日日過去，朝廷的回覆卻遲遲未能到達。「人已到了中國，長安方面若不准進京，豈不太過份了！」大家想到這一路來的波折，不免怨聲載道。而大使藤原對於出發前後的際遇，更是感慨良多——「出發前何等風光！蒙天皇賜宴，並賜被三領、衣一套、黃金二百兩。猶記臨行那天，天皇設宴餞行，親自賦詩送別，感動得我涕泗如雨。當時即想，旅途再艱險也值得了，沒想到今天境況如此不堪……」言下之意，對於來到中國所受的冷淡，備感委屈。而接下來長安方面的反應，藤原也不表樂觀。然而，他卻猜錯了——
其實中央不同於地方。大唐皇朝對於外賓接待工作出其慎重，故較為耗時，並非故意延宕時日。當福州來者將遣唐使懇請入京書表，送至長安，尚書省禮部立即動員起來。禮部「主客司」主掌「諸蕃朝聘之事」，行程的安排、驛傳、給賜等工作，總攬包辦。他們儘快裝飾好馬車，選好前往迎接的人員，兼程趕赴福州。同時，禮部並與「鴻臚寺」密切聯繫，舉凡入京後的朝貢儀式、賜宴安排、往來事務的接洽協調，皆交由「鴻臚寺」負責。原則上，「凡四方夷狄君長朝見者，辨其等位，以賓待之。」其周延的程度可見一斑。
貞元二十年（西元八○四年）十二月隆冬，禮部派來的接待人員到達賓館，一時之間，駿馬禮車，好不壯觀！百姓都來爭睹長安來者的風釆，對於日本使者更是既好奇又崇敬。藤原等人終於揚眉吐氣，放下心中疑慮，風風光光上了禮車，沿途都有朝廷人員護送接待，此去七千五百里旅程，不會再受到冷落了。空海由於語言的便利，一路上和禮部人員聊得最為投契。
大家細數日本歷年的遣唐學者，提到在唐玄宗開元五年（西元七一七年）來到中國的吉備真備，他的勤學精神最是令人津津樂道。「吉備真備在長安拜趙玄默為師，並在鴻臚寺單獨求學。聽說他從早到晚讀書不懈，持續十七年都是如此。」「吉備真備回國前，還將省吃儉用存下的錢，全部用來買書；還買了許多日本沒有的器物，如測影鐵尺，樂器銅律管等等。」「不只這些，聽說還有角弓、射甲箭、平射箭等種種兵器，對日本貢獻良多。」
禮部人員七嘴八舌，爭相稱頌吉備真備，當然也為中華文物影響日本，感到驕傲。空海聽後，不免提醒自己：「我既已千里迢迢來到中國，就該把握此千載難逢機會，切勿空手而回。」當時他萬萬想不到，自己和不空、惠果之間妙不可言的法緣傳承，竟然在這次大唐之旅中實現了。
往長安的路上，風景時而雄渾，時而秀逸；時而奇峻，時而平曠。果然如古人言：「行萬里路，勝讀萬卷書。」而令遠來的日本人更為訝異的，是進入長安城後，看到長安城的繁華富麗……「北堂夜夜人如月，南陌朝朝騎似雲。」活絡的人潮，熱鬧的街市，穀麥山積，百貨輻輳，真是富足樂利！此外，房舍櫛比，大道縱橫；玊輦金鞍和七香馬車，載著王侯貴族，呼嘯而過，看得人眼花撩亂。當時，長安的宗教氣氛濃厚，不僅佛教塔剎如林，景教、拜火教、摩尼教等西方宗教，也隨著金髮碧眼的傳教士湧入長安。
「真是兼容並蓄，好一個國際化的大都會！」空海不禁讚歎。抵長安不久，遣唐使藤原便動身返國。那年是唐順宗永貞元年（西元八○五年），空海住進長安西明寺。空海的日子過得充實而忙碌。為了對長安城作一番巡禮，他每天不停地行腳古蹟塔剎，和中國儒士問學究道，參加法筵講座等。他並不急著拜師，相信因緣和合時，自然水道渠成。這段期間，除了巡禮古蹟塔剎，和中國儒士問學究道，並參加各種法筵講座。他也接觸外國僧侶，為了學習梵文及印度佛學，他在醴泉寺結識印度僧侶牟尼三藏及般若三藏，還有數名南印度婆羅門。
其中牟尼三藏出身於印度首屈一指的大寺院——「那爛陀寺」，正是空海嚮往的佛學聖地。從這位智通古今的高僧口中，空海更為瞭解印度佛學。而另一位般若三藏更是遠近馳名，他曾隨龍智菩薩學習瑜伽，學養深厚。兩位高僧對空海都極為賞識。那年，般若三藏剛譯完《新華嚴經》及《六波羅密經》，將譯文寫於貝葉之上，贈予空海，可見其對空海賞識的程度。轉眼之間，冬去春來，春盡夏至，空海在長安度過數月，終於時機成熟，殊勝的因緣就要來到——
有一天，西明寺志明法師、談勝法師來訪，閒聊中談起一人——「你到長安遍謁高僧大德，卻未見此人，實在可惜！」他們所說的正是青龍寺大和尚惠果！「他不僅是青龍寺灌頂阿闍梨，更是大興善寺大廣智不空三藏的嫡傳弟子。你想知道這段密宗傳承史嗎？待我們說給你聽。」於是，兩位法師便從密宗的緣起談起——最初，大日如來於法界宮，將傳法祕璽及《金剛頂經》、《大日經》兩部經典，傳給金剛薩（土垂）。佛滅後八百年，經龍猛菩薩、龍智菩薩一路傳下去……「直到我朝玄宗皇帝開元四年（西元七一六年），密宗傳法人善無畏三藏來到中國，第二年，他翻譯了《金剛頂虛空藏求聞持法》……」
「啊！就是那部經引我進入密教的！」空海欣喜地說道。在空海心中，時光不覺回到他十八、九歲時的青澀年華。當他從沙門（可能即勤操法師）手中接過《金剛頂虛空藏求聞持法》時，萬萬想不到自己會為大法來到中國。現在終於明瞭這部經的來歷，歲月悠悠，往事卻歷歷在目啊！
「由於善無畏三藏的緣故，兩部曼荼羅的密教系統才得以完整傳入中國。善無畏三藏傳法於一行禪師，而一行禪師於開元十五年圓寂，並沒有嗣法弟子，眼看法脈就要在中國斷絕了！這時，印度的不空三藏身負重任，千里迢迢來到中國，譯經、傳道，將正統密教發揚光大。」這位密宗大師就一直留在中國，玄宗賜封他為帝師之尊，敕令供養……「代宗大曆九年（西元七七四年），不空恬然示寂，其弟子覺超六哲之一的惠果大師得付大法。這位惠果大師現住青龍寺，是目前密宗最傑出的覺超大哲；你好不容易來到中國，怎能不參見這位大師？」這一句話點醒了空海。
果然，密宗的主流在中國，而代表正嫡的大師就在長安。奇怪的是，他一聽見惠果的名字便倍感親切，迫不及待想見他一面。這時，年邁的惠果已有覺知，他也在等待著什麼。這天，青龍寺正以齋食供養十方大眾，熱鬧非凡。惠果獨自端坐於廳內，一位小和尚將空海引了進來。惠果一見空海，開門見山便說：「我早知你要來，我已等你很久了。今日相見，大好、大好！」空海這時心中的感動無以名狀。「就是他了！」彷彿此生一直在尋覓的，就是這樣的眼神，這樣的話語，這樣的「盡在不言中」。不必曠日多尋了，空海當下拜惠果為師。
惠果也隨即對空海作初步開示，雖然他明知以空海的程度，「只證不說」即可，何需多費唇舌！「一切眾生身心實相，本與大日如來完全平等，所有功德無不具足；但是卻因無明妄想，遮蔽智慧之眼，故不能發現自身之光明。所謂密教之『密』，乃指眾生本身這個祕密，而非外來之祕。」空海也回應惠果的話，說道：「大日如來之『日』，乃除暗遍明之意，這是如來智慧之光，遍一切處，照明萬有，不分晝夜。此與世間日光有蔽則障，晝出夜隱，大不相同。故說大日如來平等開發一切眾生善根，這也就是我當初選擇密教的原因。」
從那日開始，空海便由惠果帶領，專心參悟「諸佛所祕，眾生所祕」，終於勘破無明，直達真如法性。空海日後為惠果寫的碑文中有云：「波濤萬萬，雲山幾千也。來非我力，歸非我志；招我以鉤，引我以索。」可見師徒二人因緣相應之深，及對上師感恩的難以言盡。雖然師生之緣只有短短數月，卻令空海一生受用無窮。
惠果初見空海，即對他非常器重。據說他無意中曾向弟子透露：「空海乃三地菩薩也！」可見他早知空海普門大機的根器。空海在青龍寺進步神速，第一個月入胎藏界法灌頂壇，第二個月入金剛界法灌頂壇，到了第三個月，惠果將傳法大阿闍梨的職位授與空海。短短三個月，空海完成了別人一輩子學不來的課程。「不思議呀！不思議呀！」不止是同門師兄，連師父惠果都忍不住讚歎空海。
惠果曾私下對空海透露：「我的弟子眾多，出家、在家眾皆有，但都或學一部大法，或得一尊一契，無人能兼而貫之。像你這樣於短短數月，即以兩部祕奧壇儀印契，可謂空前。」惠果同時說道，他目前是以「瀉瓶」般傾囊相授，一來見空海根器大利，二來也因時間緊迫——「我年事已大，不久將去，你要好好把握這段難得的因緣，將密宗發揚光大。」除了傳法，惠果還希望空海將佛經、法器等流佈海外……「我準備召畫工畫胎、金諸曼荼羅，請鑄工造佛具，請寫經生抄經，讓你帶回日本。」
惠果說到即作，一時之間，青龍寺內人才濟濟，畫工、鑄工、寫經生各司其職，忙得不可開交。空海也竭盡所能，除了自己忙於蒐集佛教文物，也託中國友人幫忙。其中越州節度使中丞大都督，主動命手下多方蒐尋，不止佛教器物，連詩賦、碑銘、卜筮、醫藥，一應俱全。希望空海能將將這些文物攜回日本，發揚光大。
於是就在那個時代，許多中國珍貴文物，藉空海傳入日本，至今仍被日本列為國寶。如存於神護寺及東寺的「兩界曼荼羅圖」，又如在高野山「靈寶館」所陳列的許多密宗經典，它們都屬於唐代抄本，乃空海當年攜帶回國。在沒有官方支助下，民間的動員能有如此成績，也著實令人驚嘆了。
空海在青龍寺雖有惠果師父大力栽培，卻也令別人眼紅；其中以同門師兄珍賀對空海最為不滿。他曾向惠果反應，何必傳授外來和尚密宗大法，此舉對中國不利。惠果不願多言，只一笑置之，不予理睬。珍賀自覺無趣，對空海更加排斥；但空海無意樹敵，只有多所忍讓，於是珍賀內心起了掙扎。一天晚上，珍賀夢見兩個持武器的凶神，惡形惡狀朝他攻擊，他被嚇醒，頓時痛悔得流下眼淚。「只因私心妒意，無法釋懷，招來人神共憤……」其實珍賀也知自己不對，只是不願認錯。夢中的警示讓他痛下懺悔，他鼓起勇氣向空海道歉，並表示願意作空海弟子，任由他差遣。空海立即原諒珍賀，也結束了這段同門恩怨。
一晃眼，秋盡冬來，花殘葉落，又到了瑞雪紛飛的時節。算一算，空海已在惠果門下待了數月。這短短數個月，惠果將畢生所學傾囊相授；空海自覺何德何能，對師父更是感激不盡。這天，惠果將空海叫到身邊，似有大事要向他宣告。「空海，我已將大法傳授給你，抄經畫像的工作也已完成，你應早歸故鄉，流布天下，才是蒼生之福，四海之幸。」惠果說話時已氣虛力弱，這位老人似乎真到了風燭殘年。「師父，我還不想走。」空海似有不祥預兆，不由得流下兩行眼淚。
「不要執著！此土緣盡，你留下無益。你應將兩部大曼荼羅，一百餘部金剛乘法，及三藏轉付之物，併供養之具，全部請回貴國，令其保存傳布於大唐之外。」「我已年老，不久人世；你無須難過，人之生死，極為平常。我倆宿緣深厚，多次相約來到人間，弘演密藏佛法，彼此代為師徒。這一世，你在西土接我足跡，我亦將東生入你之室，一切都在冥冥中安排已定，大事因緣，不可說也。」雖言不可說，惠果其實已把因緣點破。空海這時也了然於心，只是對師父的感情仍難以割捨。「你只要時時想到增蒼生福、泰萬民樂，即是在報答佛恩師德，忠于國、孝于家也。你遠涉歸國後，將我深法流布出去，我便心願已了。勿久滯於此，切記切記！」惠果的句句叮嚀，聲聲催促著空海早日回國弘演祕法。
師父這麼深重地付託，空海不免疑惑此中的真意為何？師父為什麼說「此土緣盡」呢？回顧中國歷史，應知惠果指的正是「會昌法難」。唐武宗會昌五年（西元八四五年），武宗及宰相李德裕崇信道教，嚴禁佛教，毀佛寺四萬餘，下令二十六萬僧尼還俗，給予佛教毀滅性的打擊，史稱「會昌法難」；其與北魏太武帝及北周武帝的毀佛，並稱「三武之禍」。幸好惠果生前已囑空海將密宗重要經典器物帶到日本，保存下來，否則很可能毀於會昌法難，斷此法脈源流。
惠果於唐順宗永貞元年（西元八○五年）十二月十五日圓寂，與空海的師徒關係只有短短數月，但這件事的影響卻是跨國界、貫古今，更在密宗傳承史上留下光燦的一頁。惠果走了，在眾多師兄弟中，空海膺命為師父撰寫碑文；於是，著名的〈大唐神都青龍寺故三朝國師灌頂阿闍梨惠果和尚之碑〉，竟然出自於日本和尚空海之手。此碑文在中國早已失傳，要不是當年空海自抄一份攜回日本，編入《遍照發揮性靈集》中，後人將無從考據，更難睹空海的文釆。
至於青龍寺，後來也毀於「會昌法難」，直到一九八○年，才在西安南方鐵爐廟附近發現其遺址。一九八四年，一群日本「真言宗」信徒，合資在原址興建「惠果空海紀念堂」，並樹立「空海紀念碑」。於是，一段幾乎被中國人遺忘的歷史，在有心的日本人贊助下，重新被喚起，並得到推崇。提起此事，實令身為中國人的我們汗顏。惠果圓寂後，空海外表力持冷靜，內心卻潮湧著對恩師的懷念，無日間斷。有一天，他獨自靜心唸佛時，竟然看見惠果駕著祥雲來到面前。「師父！」空海激動地叫了一聲，惠果默默看了他一眼，便飄然而去；空海當下領悟，不再執著。
於是，空海放下萬緣，向未來邁開大步。「師父叫我勿久滯此地，儘快回國，現在該是行動的時候了。」他開始認真考量回國的可能性。嚴格說來，空海從西元八○四年七月由田浦港出發，直到西元八○五年十二月惠果圓寂，不過才短短一年半的時間，距離二十年留學期限還十分遙遠。雖然，他已完成留學僧該作的事，不但參得大法，還蒐羅了大批經典器物，但是畢竟於法無據，貿然回去一定會受到懲處，遭受流放的命運。「流放孤島可不是鬧著玩的，你切莫冒這個險。」許多人這樣勸他。再說，大使藤原業已返國，要回去也沒有船了，這是空海必須考慮的。困難重重，但是擋不住空海的決心。他相信該作的事，因緣必會具足，只是眼前時機未到而已。
西元八○六年一月，他的機會來了。沒想到短短數月，日本又派「遣唐使」來到中國，這次來的是高階遠成。空海一聽這個消息，立刻趕去見他。空海先出示自己所蒐集的經典器物，洋洋大觀，令高階遠成大為驚喜，直讚道：「太不可思議了！你在長安的時間雖短，成果卻不遜於他人的二十年。」空海一見高階遠成頗具善意，便坦白說出來意：「我想儘快回國，一來將此行的成果呈報天皇，二來也想早布大法，造福蒼生。」高階遠成知道空海已具有傳法大阿闍梨的地位，縱觀日本國內，還無一人可與之相比，回國傳法甚是必要。尤其，他更被空海的真誠感動。
「好吧！我可答應帶你回去，也將向朝廷力保，為你脫罪；但是，我仍然沒把握，不知天皇將如何處置？」聽高階遠成如此說，空海只有一再稱謝，坦承只要能回國，任何代價都願付出，後果也自行承擔，請他勿慮。這件事就這樣說定了。空海十分高興，沒想到因緣之力如此不可思議，這麼輕易地就為他舖好回國之路。
「來非我力，歸非我志」。真到了要離開的時侯，依依不捨之情在所難免。時間雖短，空海在中國也結交了不少友人，如朱千乘等多人，紛紛作詩賦別，真情流露。空海也寫詩留別，如一首〈留別青龍寺義操闍梨〉的詩中，他寫道：「同法同門喜遇深，隨空白霧忽歸岑；一生一別難再見，非夢思中數數尋。」空海在異鄉生死相契的友情，是如此真純！如此難捨啊！
在長安的時日雖不長，空海的多才多藝也逐漸展嶄露。他的書法造詣很高，對於篆、隸、楷、行、草等字體都頗有大家風範。其中最令人所熟知的，便是「五筆和尚」的軼事。據說唐順宗見壁上王羲之的書法剝落，召留學僧空海代為題字。只見空海神奇地以雙手雙腳握筆，再加上口中也銜著一枝筆，五筆齊落，瀟瀟灑灑地成了五行大字，令順宗大為驚訝！口頭褒勉之餘，還送了空海一串念珠。從此，「五筆和尚」空海的故事便流傳開來。
空海的書法名不虛傳，對照他早期的書法（如《三教指歸》），和入唐後的筆法，顯然受中國書法家的影響至深。從流傳至今的「風信帖」可看出，入唐後空海的筆法，結合顏真卿的骨架氣勢，王羲之的豪放飄逸，功力更見深厚。即將踏上歸程，空海的心境不同於來時的輕鬆。
此趟回去，他身負重任，至少攜帶密宗經典二百一十六部共四百六十一卷，還有曼荼羅法器，以及密宗歷代祖師轉贈之物，不得有任何閃失。尤其在密宗之經書儀軌尚未傳入日本的當時，這些東西更何其珍貴！而大海兇險萬端，不禁叫人為之捏把冷汗。再說，空海已承接法脈邅遞的任務，回國後必須開壇灌頂，廣度人天，此大願力如何實現？也令人頗費思量。
一日，空海漫步來到海邊，他遙望故鄉，拿出「三鈷杵」（「三鈷杵」乃結合身、口、意三密的密宗法器）拋向空中，祈求「三鈷杵」代為探路，保佑平安返鄉。只見「三鈷杵」在祥雲中向東飛去，從空海的視線中消失。空海離開長安後，所搭的船於同年四月到達越州。趁上岸休息的空檔，空海又在當地蒐集了不少典籍，並親自抄寫。
這時他也聽到最澄的消息：這位天台大師曾於一年前到達越州，在龍興寺修習密法，並接受順曉法師灌頂，而順曉法師也是不空法師的弟子。空海的船離開越州，果然十分順利地經明州抵達日本。其間未遇見狂風巨浪，更未延宕時日，真是幸運極了！
空海抵達九州後，更委請高階遠成代呈一份「目錄」給朝廷，上面詳列這趟所攜回的經典、法器，包羅萬象，足見成果豊碩。他還寫了上表文：「空海闕期之罪，雖死有餘辜，但竊喜在有生之年請來難得之法。」一則請罪，一則欣慰此行的成果，相信天皇若有遠見，必能合理處置。
不巧的是，此時平城天皇才即位，寵妾藥子和她的哥哥仲成擅權，懦弱無主見的平城天皇對空海的事始終難以決斷，這時朝中出現不少異聲。原因是最澄已先一年回國，也請來不少密宗經典，且最澄還在高雄山寺為人祕密灌頂。而籍籍無名的空海所引進的密宗大法是什麼？有何價值？瞭解的人卻不多。眾議主張，將空海暫留九州，不准進京，以待懲誡。平城天皇於是降旨執行。
瞭解內情的人無不為空海抱屈。以空海曾到長安，而最澄卻僅到過天台山來看，空海的貢獻實比最澄為大；而且最澄在越州所接受的只是初步灌頂，帶回的密宗經典也不多，實不應厚最澄而輕空海。然而，話雖如此，大家卻不得不承認，最澄回國後親自上奏朝廷，自稱「圓教難說，演其義者天台」，已在朝廷建立權威地位；天皇且將其所獻經典，敕七大寺抄寫。空海所受的冷落，已在意料之中了。空海因此不得入京，而留在九州由太宰府安排住進觀世音寺。這時，空海倒處之泰然；他相信，諸行無常，沒有不變的人事，也沒有不變的朝綱。
後來，平城天皇在位僅四年，就因病讓位給神野親王，退居平城宮。神野親王即位後稱嵯峨天皇，英明多智，對空海自有不同評價。同年七月（西元八○九年），空海終於接到太政官符，准其入京。從此以後，他的弘法生涯進入另一新境，地位也愈形崇高，和嵯峨天皇的關係更是密切。弘仁元年（西元八一○年），喜好書法的嵯峨天皇將皇宮內外整修完畢，由自己和橘逸勢為皇城大門題署，並命空海為南門及應天門題署。書法界「三筆」之名，指的就是這三人，在當時都有崇隆的地位。傳說空海題完「應天門」三字後，有人發現「應」字少寫一點，空海於是以墨濡筆，將筆拋向門額，正好完美無缺地補上一點，令在場的人大為嘆服！
空海此時不僅才名出眾，弘揚教義也十分轟動。有一次在清涼殿弘法時，他當場示現「三密相應」的力量：手結印、口念咒、心觀想，三密加持，即身成佛。登時光芒萬道，在座的天皇官員及僧侶們都只見毘盧遮那佛端坐當場，而不見空海。全場感動涕零，更相信佛法無邊。
接著發生的「平城之亂」，使空海更受嵯峨天皇倚重。原來在平城宮的藥子和仲成等謀臣，不甘心就此讓位，於是假平城天皇詔令企圖復辟。此事令嵯峨天皇大為震驚，下詔逮捕仲成，褫奪藥子官位。未料嵯峨天皇的作法引起平城天皇不滿，他下令啟幸東國，和平安宮展開對峙，頓時政局陷入緊張。「若內戰爆發，百姓將流離失所，死傷慘重！」空海為此立刻上表朝廷，願弘演密法，為國祈福。嵯峨天皇於是召見空海，詢問用何密法可以消弭戰亂？
空海便為天皇說了一個故事：「大唐玄宗皇帝天寶元年，西蕃五國包圍安西城，情況危急。這時玄宗皇帝召請不空三藏舉行護國法會，誦讀《仁王經‧陀羅尼十四》；此時，只見五百天兵自天而降，嚇壞玄宗。不空於是向玄宗解釋說，『彼乃毗沙門天王第二太子獨健大將率天兵前來保護安西城也。』玄宗才放下心來。隨後，安西城東北突然出現神兵數萬，個個身高丈餘，把五國蕃兵嚇得落荒而逃，於是消弭一場戰亂。」
嵯峨天皇聽後，立刻請求空海以「仁王經法」為國祈福。《仁王經》乃不空三藏譯的《仁王護國般若波羅密多經》，是鎮護國家的祕法。空海在提振佛法的同時，也不忘結合日本神道，以順民俗國情，這是十分圓融的作法。他告訴天皇，想迎請「八幡靈神」坐鎮京城，以護朝廷；嵯峨天皇大喜，立刻下令在東寺建造「八幡宮」神社，方便空海在神社前施行大法。果然，一場戰亂很快便平息了，順利得出人意料。
原來，在近江國（今滋賀縣）起兵的平城天皇很快地便被朝廷派出的人馬阻擋，在前進不得的情況下，仲成於混亂中被殺，藥子傷心自盡，平城天皇從此出家，後來並皈依於空海門下。天皇未損一兵一將，百姓也未流離傷亡，就這樣消弭了一場戰亂。回想空海出家時雖走避世路線，但入世弘法，拔苦利生，仍是他最大的心願。如今機緣成熟，他決不迴避。次年（弘仁二年），嵯峨天皇任命空海為乙訓寺別當。空海的名聲日隆，對朝廷的影響就更大了。
弘仁三年，傳教大師最澄親至乙訓寺拜訪空海。在最澄眼裏，空海乃是後起之秀，他能放下身段前來求教，除了表示空海的成就獲得肯定，也彰顯傳教大師為法忘身的風範。他坦承自己對密宗的認識有限，而空海這裏猶如挖不盡的寶藏；不說別的，光是典籍法器，就令他嚮往，所以他希望追隨空海學習密教。最澄謙遜誠懇，令空海激賞。他留最澄住在寺中，也願將所學傾囊相授。同年十一月十五日，空海為最澄作了結緣灌頂。以最澄的地位，竟然拜空海為金剛上師，這件事轟動了當時日本佛教界。
但畢竟兩人於顯密的觀念上有所差異，而最澄也並未放棄他所說「圓教難說，演其義者天台」的至尊想法，於是種下日後分歧的種子。接受胎藏和金剛界灌頂後不久，最澄即要求更上層樓，接受阿闍梨灌頂，使自己能證得圓滿佛身。空海卻認為最澄未到時侯，於是一口回絕：「再等三年吧！」他這樣告訴最澄。
「三年？」最澄拋開一切追隨空海，只想速成密法的念頭這下落空了。「大師在大唐接受阿闍梨灌頂也不過短短三個月，為何我要等三年？」最澄有些不服氣了。「我在二十歲即開始修習密法，去大唐之前整整十年，沈潛在密教中淬礪身心，才能快速深入大法，並非如你所講的只有三個月而已。」「可是三年……我實在無法等了！」最澄最後決定辭別空海，自己回比叡山，留下弟子數人繼續學習密教。
之後，最澄一直和空海保持聯繫，並常派弟子來借經典，空海也悉數借他。可是，當最澄的書單列出《理趣經》時，空海卻猶豫了。「《理趣經》的內容森羅萬象，玄奧難懂，若由不重密宗實踐功夫、只重理論的人來讀，恐怕易生誤解。」這是空海所擔心的。但他並非看輕最澄，以最澄在天台宗的地位，他對佛教的貢獻實是很大的。
《理趣經》屬於「金剛頂經」的一種，由不空三藏翻譯，是真正深入密乘精神的經典。內容針對人類欲望提出解答，以活用欲望達到般若智慧；卻也因此最容易讓人誤解。縱使在真言宗的殿堂裏，《理趣經》也多不公開，而由上師對弟子口授心傳。
空海決定不把《理趣經》借給最澄，於是寫了一封長信回覆他，內容大意是希望他跳開經書，從本身內在去發掘可見的理趣、可聞的理趣、可念的理趣。只是，不管寫得再有理，這件事顯然令最澄難堪，最澄忍不住私下說了一句重話：「新的真言家會毀棄筆授的傳承。」兩人的關係遂漸行漸遠。
先前，最澄曾留下弟子泰範隨空海學法；不料泰範後來卻不願回到最澄門下，而願永久追隨空海。這件事也令最澄有些難堪。雖然，歷史上的這段大師之爭，起源於立場觀念的不同，但卻無損於兩人在日本宗教界的地位。最澄於弘仁十三年圓寂，空海以「美麗的星星消失了！」道出無限的惋惜。密教重視實踐的精神，在空海身上可說表露無遺。
與繁華的京城比較，鄉間則大多是殘喘於貧困與無知的民眾。因而激起空海以宗教造人、造國的心志。為達成「濟世利人」的宏願必先建寺作為救濟民眾的根據地，並能進一步開啟眾人的智慧，這乃是社會救濟的第一步。「僧侶們！為了眾生的利益及幸福，走上行腳之途吧！為了世間的慈悲與祝禱、為求諸神及人類的幸福而繼續行腳吧！如此才能宣揚佛道。」此為佛陀留給僧侶們的遺訓。
於是，弘仁六年，空海遵奉佛陀遺訓而開始他的行腳布教之旅。對於生於斯，且在青年時期積年苦行的大龍嶽、室戶岬等四國的山嶽及海洋，對空海仍有著強烈的吸引力。所以，這趟行腳布教之旅，空海便先後在四國地區開創了八十八個修行的靈場，其目的不僅為了永遠教化當時及後世的人，同時也要引導民眾達至精神上的領悟，隨空海修道、苦行，以造就「知行合一的健康人」為重點所在。由於空海當年發心行腳救度眾生的慈悲，所謂「同行二人」——空海大師與我同在——的信仰至今仍流傳著。
自古以來，巡禮四國八十八所靈場遺跡的善男信女依然絡繹不絕。即使高居廟堂之後，空海仍常常走訪民間，引導眾生脫離苦海。弘仁年間，日本各地災難不斷。發生於弘仁九年的大瘟疫，造成無數人死亡。由於感染迅速，人人聞疫色變，甚至將罹病的親人趕出家門，放火焚燒疫區，造成更多死傷。屍曝於野，無人收埋，慘不忍睹。嵯峨天皇憂心如焚，除亟於撲滅瘟疫外，還親抄《般若經》，並請空海誦講消災。
空海此時也投入疫區，率領弟子照顧病患，並慰病苦生靈，傳授解脫大法。空海告訴他們：出離苦難，亦無天堂；地獄天堂，不一不異，每個人只有面對人生，才能體會大道，得到解脫。同年讚岐國萬濃池附近洪水氾濫，百姓生命財產損失慘重。直到弘仁十三年，修壩的工作尚無法完成，每到兩季，百姓就要忍受田園流失、骨肉死別的痛苦；因為八十八條水道匯流於此，不築堤修壩是無法解決洪害的。空海的老家就在讚岐國，當朝廷任命他為萬濃池的修築別當時，他欣然接受。
空海除了是水利工程方面的長才外，更是悲天憫人的宗教家，所以朝廷相信他必能號召百姓，完成此艱鉅任務。空海到達該地時已是夏天，若要趕在雨季來前完成工程，時間上十分倉卒。百姓們都搖頭嘆息：「來不及的，不要白費力氣了。多少年都如此，沒有一次成功的。」空海從不苟同失敗主義，他呼籲大家站起來為生存而戰：「要結束痛苦的日子，就要勇敢地付出代價。加入我們，白天趕工，夜晚趕工，五十天合起來等於一百天，怎會來不及？我也會號召天地力量，日夜不停地誦經祈福。自助天助，相信佛法的力量吧！」
空海的無私與熱誠，終於感動了百姓。大家拋開一切，全心全力、日夜趕工，空海則不眠不休地誦經祈福。老天爺也幫了忙，幾十天內沒有下一滴雨。於是，一道堅實的弓形堤防，剛好在雨季來前築成。工程方竣，老天適時下了一場豪雨，八十八條水道的水匯集於萬濃池中，浩瀚如海！令人不禁讚嘆「人定勝天」，真是偉大的工程啊！百姓都流下興奮的眼淚。胼手胝足，重造家園，這是最踏實的生命體驗了。
空海入世的作風，也同樣地展現在興學上。原來日本藤原氏後裔藤原冬嗣任「左大臣」時，奉空海為師，對空海十分敬重。後來藤原冬嗣將「陶化坊」（今京都東寺東鄰）獻給空海，空海便利用這塊土地興建了日本第一所庶民學校——綜藝種智院，以公費及藝能教育，造福庶民子弟。空海於年輕時進入貴族大學，便已體會人生而不平等的悲哀。但在一般人的觀念中，能為庶民興學者，除了高官及大財主外，誰能有此能力？而空海卻以出家人的身分，投入社會作出極大貢獻；不僅實現了他當年出家時對父母所說的宏願，更證明出世事業也能發揮無比影響力，扭轉一般人對出家人的看法。
佛法從不逃避現實，空海所信奉的密教更教人投入生命之海，體會那最真切的自性的呼喚。在政治上，有鑑於近百年來，朝廷常為爭皇位而流血，空海於是大膽勸請嵯峨天皇禪位。「皇位乃暫時之幻象，為杜絕血腥，安定朝政，造福百姓，懇請放棄皇位。」嵯峨天皇聆聽空海說法多年，心境早有轉變，在多方衡量下，他接受了空海的建議。弘仁十四年，嵯峨天皇將皇位讓給皇太弟，改元天長，是為淳和天皇。
淳和天皇天長年間，各地紛傳旱象。空海因屢次祈雨有功，被任命為「大僧都」。這時，距他回國已二十多年了，二十年來，為增蒼生福祉，國安民樂，他已竭盡心力。雖然獲得至尊地位，但名利一直非他所求。這時空海自覺年事已高，是該歸隱的時侯了。
「當年由大唐回國時，曾以大願力擲出三鈷杵，三鈷杵落於何地呢？」這個問題時常縈繞在空海腦際。其實三鈷杵落於何地並不重要，重要的是他以身口意三密結合所發的大願力，是否能助他覓得理想的密宗道場？也許「三鈷杵」所落之地，就是他要找的地方。早在弘仁年間，空海就開始留意尋找道場。好不容易他在紀伊國（今和歌山縣）伊都郡南方找到一處「四面高嶺，人蹤蹊絕」的「平原幽地」，回想入唐前自己也曾經來過，如今感到格外親切——這裏就是高野山。
弘仁七年（西元八一六年），空海上表朝廷，提到「南至南海（紀伊水道），北至日本河，東至大和國境，西至應神山谷」的高野山，是他想開發作為道場的地方，「望請賜此空地，早遂小願」，他願「四時勤念，答施雨露。」朝廷很快便遂其所願。空海不久便接到太政官符，准其自由開發該地。七月，空海命弟子泰範、實惠等人先行上山，開闢道路，搭建寮棚；隨後空海也離開神護寺，登上高野山。
傳說空海進入高野山時，高野明神帶著一白一黑兩條小狗顯靈。高野明神乃鎮守高野山的山王神，他親向空海表達奉獻此山的誠意，並願庇佑他在此弘法。隨後兩隻小狗還為空海帶路，順利進入深山。由於這段傳說，至今入山朝聖或觀光的人對高野山上的狗都十分敬重，不追逐或戲弄他們。為了建築佛寺伽藍，空海做了七天七夜法事。施工期間，他不經意遙見一棵松樹上竟然掛著「三鈷杵」——「啊！三鈷杵果然落於此地。」他暗自欣喜，自己選對了理想的弘法道場。
高野山上除了佛寺伽藍，還有聳入雲霄的多寶塔，塔上繫有風鐸，朱軒紅欄，鈴聲悅耳，宛如人間仙境。從此之後，空海常在高野山上流連忘返，而天皇卻不能失去左右手，一再下詔催促他回京。淳和天皇即位後，空海被任命為「大僧都」。不料十天後，他竟提出辭呈：「空海自弱冠至知命之年，皆以山藪為宅，以禪默為心，不經人事，不耐煩瑣……」他的心中只有高野，沒有權位。他一心想歸隱高野山，但天皇堅決不准。
又過了幾年，直到空海近六十歲時，才以老病為託辭，請歸獲准。此時，空海才真正能享受葉落歸根的自在。綜觀他的一生，二十歲前勤於學業，為了求學早離父母；二十歲後浪跡天涯，為求大法飄揚過海；直至回國後，漸受朝廷倚重，但也為弘法利生而忙碌奔波，甚至一肩挑起國家百姓的福禍。唯有退隱高野山後，「華枝春滿」，才是豐收的時刻。
有一日，他突然心血來潮，提筆寫道：「三界狂人不知狂，四生盲者不識盲；生生生生，生之初為暗；死死死死，死之終為冥。」他已證得生死圓滿，從此不再多言。
日本承和元年（西元八三四年）十一月十五日，他召集弟子，告訴他們自己將於明年三月二十一日圓寂。「高野山由真然禪師繼承，東寺由實惠禪師繼承，弘福寺由真雅法師繼承，神護寺由真濟法師繼承……」他從容地交代後事，平靜如常。
日本承和二年（唐太和九年、西元八三五年）三月後，他漸漸不吃不喝，直到二十一日寅時，於禪坐時，安詳地坐化。這時，不少百姓站在白雪遍地的高野山上為他送行，久久不散，弟子們齊誦彌勒菩薩名號。一位偉大的宗教家、書法家、詩人、畫家、教育家……就這樣離開了人世。高野山上悲傷的群眾，或許在想到空海的遺言時，能感到一絲慰藉——「我離開人間後，將前去彌勒菩薩所在之兜率天宮；五十六億七千萬年之後，必隨彌勒菩薩重返人間。」人的一生，不論久暫，在宇宙無限的時空長河中，皆只不過是一瞬而已；但是，慧命的承傳，卻將剎那化為永恆，代代傳衍，綿續不斷。
西元九二一年，日本天皇追諡他為「弘法大師」。
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