撇開政治，三通關鍵其實就在於直航，在業者的實務經驗當中，確立直航可以降低運輸及時間成本；在學者的研究當中，也認為對台商國際競爭力及全球運籌能力有實質助益，並可提高根留台灣的意願。倘若直航對國內投資負面影響較小，對部分產業又具有貿易取代性的投資效益，兩岸直航的正面意義實已顯然預見。海運業多年來其實早已為直航做好了準備，並已箭在弦上，就等政府一個「通」字。
目前兩岸海運主要是透過香港中轉或日本石垣島彎靠後往返兩岸，另一則是透過境外航運中心（大陸稱為定點直航）由高雄與福州、廈門往返，但貨物不能通關入境，只能在加工出口區從事簡單加工後再轉往第三地。若單就海運業來說，直航後的運費降低幅度，貨櫃業者估計為四成左右，散裝業者則估計在一至五成。
在行政院經建會委託中華經濟研究院完成的期未報告中明白點出了一項訊息，也就是我吸引外商投資面臨的一大困難，即在於卡在故步自封的兩岸經貿政策。報告中也提出建議，應將兩岸加入世界貿易組織（WTO）及兩岸直航列為同步進行的重要政策；研究強調，或許這項策略不甚符合WTO的精神，但有利於外商經營，且一旦結合台商經營大陸市場及外商訂單的調配能力，台灣將極有機會成為外商亞太營運中心的據點。
中經院的研究強調，台灣要達成亞太營運中心及人文科技島目標，必須仰賴兩種重要投資來源，一是跨國企業將台灣作為經營大陸市場跳板，其中兩岸直航與否即為重要關鍵；另則為本土企業繼續根留台灣投資，但目前的投資管制反倒成了台商保留關鍵技術及製造的門檻。
經建會委託進行的這份名為「多國籍企業在兩岸投資與生產力分工調查研究」報告，深入訪查的企業包括德州儀器、惠普科技、富士通、NEC、美商利盟、3M、拜耳等十二家國際知名跨國企業，除分析這些外商在台營運狀況及對國內經濟影響程度外，並根據外商在台經營願景及建言推演，提出多項我對大陸政策調整方向的重要建議。
兩岸航運關係出現歷史性的突破，在於一九九七年元月，當時大陸「海峽兩岸航運交流協會」與台灣「海峽兩岸航運協會」在香港舉行兩岸航運問題會談時，討論高雄港「境外航運中心」與福州、廈門通航細節等問題，開始為兩岸通航作準備。同年四月十一日開始，高雄港務局陸續批准福建廈門輪船公司、福建外貿中心船務公司、中遠集團廈門遠洋運輸公司、福建省輪船總公司、福州市馬尾輪船公司等大陸船公司經營境外航運中心業務，規定掛第三地旗或權宜輪的大陸船舶進入。
四月十七日，大陸海協會則復函台灣海航會，告知大陸交通部正式核准陽明海運、立榮海運、中國船運、萬海航運、南泰海運與建興航運等六家船公司航行廈門與福州港，經營兩岸海上貨物運輸，並同時核發兩岸水路運輸許可證。
到了四月十九日，大陸廈門輪船公司「盛達輪」於當晚九時進入高雄港境外航運中心；二十日福建外貿中心船務公司「華榮輪」則由福州首航高雄港；二十四日立榮海運「立順輪」從高雄港抵福建廈門港；二十五日福建省輪船公司所屬巴拿馬籍「珠峰山輪」則自福州、廈門首航高雄港。兩岸通航至此算是正式啟動，也為兩岸商船四十八年來無任何直接往來的歷史開創新頁。
不過，在兩岸政策的諸多限制下，實際參與通航的其實只有十家船公司與十艘船舶，其中台灣有四家參與營運。根據統計，由一九九七年到二○○一年航行船隻從四一四艘次增至九七三艘次，運輸標準櫃由不足十三萬個增至五十一萬個。大陸方面的統計，則到二○○一年三月，累計有五四五八航次，運量達一三二萬個標準櫃，實載率已超過五○％。其中，大陸船公司有三三四八航次，運輸貨櫃八十二萬個；台灣船公司分別有二一一○航次與五十萬個標準櫃。
兩岸航運關係進入新的時期，兩岸船公司權宜輪（外籍船舶）透過「不通關、不入境」的方式，已可從事大陸輸往第三地或第三地輸往大陸的貨物轉運業務；民調也顯示，約有五至六成左右的廠商認為，三通與否並不影響業者在國內或大陸的投資意願，反倒有利於國內投資環境的改善，提高外商來台投資意願。
一般預料，長期作為兩岸經貿往來中介地位的香港，在兩岸直航後，除了前往深圳、東莞、惠州等珠江三角洲東部城市的台商會繼續取道香港外，隨大陸市場幅度開放的擴大，台商或外商以香港為轉進點或選擇港商作為合作伙伴的情況將會出現調整，經香港轉口或轉運的兩岸貿易運輸模式也將有所變化。
兩岸迄今已陸續入世，但面對的兩岸直航卻一波三折，部分業界的觀點認為，台灣入世後首要考量的經貿策略中，兩岸直航應為一大要項，我方可保留對大陸投資項目的管制，兼顧WTO精神及經濟的安全，或對投資不管制，以符合WTO精神，惟大陸將會要求台商進行技術移轉及產品升級，不符台灣利益。
大陸市場已成全球焦點，跨國企業選擇兩岸作為營運中心時，最在乎的就是兩岸能否直航，是否准許大陸人員來台受訓，相對政府對大陸政策設限過多，致使兩岸貨品運輸出現障礙，這是許多跨國企業猶豫的前因，也是海運業憂心台灣走入貨量越來越少的後果。
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