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人類擁有的病毒記錄，或者病毒症狀的記錄，僅能追述到有記載的幾千年前。而病毒的比較學研究，最多也只有80來年的歷史。通過研究現存的病毒，人們希望能夠了解病毒的起源和進化歷程，預示病毒特別是人類病原病毒未來的變異和進化的方向，也即需要了解隨著環境因素的變化，病毒將怎樣變異? 變異的速度如何? 什麼是變異的選擇壓力等? 從而能夠有效地控制和避免人類及動物病毒的爆發。
　　
　　要討論病毒起源的學說，必須首先定義什麼是病毒的起源以及如何判斷這個起源的發生。這裡我們將病毒或其遺傳物質從它的前身大分子中獨立出來進行自主複製和進化的時候，定義為病毒的起源。當病毒獲得了決定自身繁殖和命運的遺傳資訊量時，它就獲得了新的分類地位成為獨立的遺傳元件。
　　
　　病毒的起源有三類學說：
　　
　　1）退化性起源學說。退化性起源學說認為病毒是細胞內寄生物的退化形式。這種細胞內寄生的產生原因可能是由於微生物對某種不能穿過細胞膜的代謝發生了嚴重依賴。在細胞內，這類寄生物可以在不影響其生存的情況下逐漸丟失部分生物學功能。它們所必需保留的功能是具有可進行自主複製的DNA複製原點（順式元件）、可以對複製進行調控的反式調控蛋白，以及能與宿主生物合成及複製系統相互作用的順式和反式功能。最終的選擇結構，就可產生一種專性細胞內寄生的DNA分子或質粒。
　　
　　退化性起源學說可以把病毒的起源解釋為兩個階段：首先，寄生物在細胞內產生獨立複製的DNA質粒，然後，編碼寄生物亞細胞結構單位的基因發生突變，形成病毒的衣殼蛋白。隨著進化的發生，新獲得的可在細胞間轉移的特性被進一步選擇下來。
　　
　　2）病毒起源於宿主細胞中的RNA和（或）DNA成分的學說。這種學說認為，病毒是正常的細胞組分在進化過程中獲得了自主複製的能力獨立進化而來的。該學說能解釋所有病毒的起源：DNA病毒起源於質粒或轉移因子；反轉錄病毒起源於反轉座子；RNA病毒起源於自主複製的mRNA。
　　
　　3）病毒起源於具有自主複製功能的原始大分子的學說，即病毒起源於自主複製的RNA分子。核糖核酸多聚體具有自主複製的資訊和能力。由於發現RNA分子具有催化化學反應的能力使得RNA為生命和病毒的起源的學說變得更具有吸引力。小而簡單的RNA分子具有至少下列三種化學功能：1）核糖核酸酶的活性；2）能自我拼接去掉內部的核酸序列（核酸）；3）有實驗表明，以RNA作引物可以合成依賴於模板的多聚胞嘧啶核酸。也就是說，RNA分子可以進行複製和進化相關的三個基本反應。
　　
　　這些觀察都有利於RNA是現今生物的進化起源的學說。首先是RNA的形成和複製，然後演變出RNA-蛋白介導的一系列反應，第三步產生了DNA。DNA由於比RNA穩定而最終成為遺傳資訊。RNA的反應性有利於它作為催化物而不利於它成為遺傳物質。有些分子被包裝在細胞和組織中，形成宿主細胞，另一些分子則自我複製或寄生在宿主細胞中，進化成為病毒。這一理論認為病毒與宿主是共進化的。現今的類病毒和衛星RNA，仍保留有部分的RNA催化性能，因而被一些學者認為是生命形式出現以前的RNA世界的化石。
　　
　　研究病毒的進化有多種方法，可以通過序列同源性、基因組排列順序、基因組的基因組成等方面構建病毒的進化樹。單基因的進化樹並不一定代表病毒的進化樹，多個基因串聯所獲得的進化樹比單基因的進化樹具有更好的穩定性。基因組的排列順序與單基因的進化分析從兩個不同的側面反映了病毒的進化。研究基因組成的演化對揭示基因的起源及病毒與宿主之間的關係具有重要意義。
　　
　　DNA病毒和RNA病毒的進化。突變和重組都是DNA病毒進化的決定因素。DNA病毒容易在宿主體內形成持續性或慢性感染，它們可以在宿主體內存在多年而後爆發，其間可能幾乎不發生變異，因此，這類病毒的變異速率可能表現得比裂解型病毒慢一些。一般來講，DNA病毒不會像RNA病毒那樣引起人類世界範圍的流行性疾病。
　　
　　RNA病毒引起的疾病流行和變異成為研究RNA病毒進化，特別是進化時間的良好素材。

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