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102.08.19採合併辦理營利事業所得稅結算申報之母子公司如何適用盈虧互抵相關課稅規定

母子公司辦理合併申報營利事業所得稅時，如何適用所得稅法第39條第1項但書規定之以前年度虧損扣除？
我國現行連結稅制係採損益連結制，合併申報之母公司與其持股90%以上之本國子公司係視為同一所得稅納稅主體，參與合併申報之各公司當年度課稅所得額及虧損額可相互抵銷，以減輕其所得稅負擔。
惟因各該公司仍具有獨立之法人人格並應單獨設立帳簿，且所得稅法第39條第1項但書規定適用以前年度虧損扣除之要件（以下簡稱盈虧互抵適用要件），係依個別公司訂定，故上開母、子公司符合該條項規定要件時，請依序下列三階段計算：
（1）在合併申報前之個別營業虧損應先自各該公司當年度課稅所額中扣除之
（2）自合併申報年度起，各公司當年度之所得額或虧損額，應相互抵銷，計算合併課稅所得，其經合併計算抵銷之虧損額，不得再重複適用虧損扣除
（3）其經合併計算後仍為虧損者（以下簡稱合併營業虧損），自合併營業虧損發生年度起10年內，從當年度合併結算申報所得額中扣除。

【舉例說明】
在合併申報前，母公司甲公司與合併申報之子公司乙、丙、丁100年度課稅所得額分別核定為-50萬元、150萬元、-80萬元、200萬元，在合併申報101年度，經分別計算各個公司之全年所得額為100萬元、150萬元、50萬元、-400萬元，合併結算申報所得額為-100萬元。先計算（1）101年度各公司之課稅所得額分別為50萬元（100萬-50萬）、150萬元、0萬元（50萬-50萬，餘-30萬得在丙公司以後年度所得額中扣除）、-400萬元；
（2）合併結算申報課稅所得為-200萬元（50萬+150萬+0萬-400萬），甲公司及丙公司100年度虧損金額不得再自合併所得額中重複扣除。
（3）合併後虧損200萬元，得在以後10年內之當年度合併結算申報所得額中扣除。