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夫妻兩人均有所得時，除了當年度新婚夫妻可分開申報外，應辦理合併申報，不可以單獨各自申報，但納稅義務人之配偶可以就其薪資所得分開計算稅額，而由納稅義務人合併報繳。

計算方式如下，以應納稅額最少者辦理申報。
1. 夫妻所得全部合併申報。
2. 將妻的薪資所得分開計稅，合併申報。
3. 將夫的薪資所得分開計稅，合併申報。

《夫妻分開報稅之例外》
一、去年度結婚或離婚的夫妻。
二、夫妻年滿六十歲或未滿六十歲且無謀生能力，由子女申報扶養。
三、父母申報扶養仍在就學的子女，則子女的配偶可以單獨申報。

夫妻分居應如何申報綜合所得稅
納稅義務人及其配偶若因為分居而無法合併申報，可以分別填報申報書，但仍要將配偶的姓名、身分證統一編號或統一證號等資料填上，並在申報書上註明「已分居」字樣，以便國稅局通報歸戶課稅。

夫妻分居其所得歸戶合併後的全部應納稅額，可申請分別按個人之應納稅額占夫及妻應納稅額合計數之比率，計算各自應分攤之應納稅額，減除其已扣繳稅款、可扣抵稅額及自繳稅款後，分別發單補徵。
如夫妻分開申報而未於申報書寫明配偶關係，經查獲稽徵機關依所得稅法第110條第1項規定補稅送罰。

依所得稅法第15條第1項規定，夫妻應合併申報綜合所得稅，除結婚或離婚年度，或為其他申報戶之受扶養親屬，可例外採分開申報外，如未合併申報致有短漏報稅捐之情形，經稽徵機關查獲後，將補稅並按所漏稅額處1倍罰鍰。
若夫妻分居因無法取得配偶的所得資料而分開辦理結算申報者，可分別據實於申報書內填具配偶的基本資料，並加註「業已分居」字樣，稽徵機關即可幫納稅義務人自動歸戶合併計算全部的應納稅額。
有關稅額之計算方式，依據財政部98年9月14日台財稅字第09804558680號令釋示:
夫妻各自應負擔之所得稅款，將按夫妻各自應納稅額占夫妻應納稅額合計數之比例分攤計算，改變以往按夫妻各自所得總額占夫妻所得總額合計數比例計算之不合理現象，讓應納稅額更加如實反應現實狀態，使高所得者負擔較多的稅負。