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依所得稅法規定辦理營利事業所得稅結算、決算或清算申報之獨資、合夥組織，無須計算及繳納應納稅額，其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人列報營利所得，依規定課徵綜合所得稅。該營利事業對依所得稅法規定應申報課稅之所得額有漏報或短報者，應就稽徵機關核定短漏之課稅所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處以所漏稅額2倍以下之罰鍰。
該局進一步說明，核定短漏報之課稅所得額等於申報部分核定所得額與短漏報所得額合計數減除申報部分核定所得額（負數以零計算），依此計算之金額再乘以當年度適用稅率計算應處罰鍰之基礎金額並按規定倍數處罰，舉例說明：甲行號100年度結算申報核定所得額為虧損200萬元，經稽徵機關查獲漏報所得額250萬元，核定短漏之課稅所得額為500,000元（即-2,000,000元+2,500,000元-0元）；計算應處罰鍰之基礎金額為85,000元（即核定短漏之課稅所得額500,000元×稅率17%）。
該局提醒納稅義務人應依稅法規定誠實申報，以避免遭受處罰。