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財政部配合司法院釋字第703號解釋意旨，重新釋明，財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院(以下簡稱財團法人醫療機構)購置與其創設目的有關醫療用途建物、設備等資產(以下簡稱醫療用資產)之支出，選擇於購置當年度全額計入「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（以下簡稱免稅標準）第2條第1項第8款規定支出比例之分子，但於計算同年度課稅所得額時，未選擇全額列為與其創設目的活動有關之資本支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除者，得於該資產耐用年限內依規定按年提列折舊，自各年度銷售貨物或勞務之收入中減除。

財政部表示，教育、文化、公益、慈善機關或團體（以下簡稱機關團體）符合免稅標準第2條規定要件者，其本身非銷售貨物或勞務之所得免稅，其餘銷售貨物或勞務之所得及其附屬作業組織之所得仍應課稅；前開免稅要件之一為「機關團體用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70%」，即機關團體之年度收入及支出，如與其創設目的活動有關，均應予以計入支出比例之分母與分子，據以核定其是否符合免稅規定。

財政部指出，基於鼓勵財團法人醫療機構更新建物與設備，爰該部賦稅署84年函准其所購置之醫療用資產，於計算「購置年度」之「支出比例」時，如已「全額」列為資本支出、計入該年度之分子，則於該資產耐用年限內，於計算各該年度之支出比例時，不得再將按年折舊數額重複計入各該年度之分子；或計算「購置年度」之「課稅所得額」時，已全額列為資本支出，則於該資產耐用年限內，於計算各該年度之課稅所得額時，不得再減除按年提列之折舊數額，以免同一筆資本支出於計算前後年度之支出比例或課稅所得額時重複計算，而非指資本支出計入購置年度支出比例之分子後，於計算各年度課稅所得額時即應採同一方法，不得另選擇按年提列折舊減除。是以，計算支出比例及課稅所得額二者之目的及依據不同，為互相獨立之規定，並未強制二計算規定應採一致方法。

為配合上開司法院解釋意旨及釐清該部賦稅署84年函真義，財政部發布令釋明示，財團法人醫療機構購置醫療用資產之支出，選擇於購置資產當年度全額計入「支出比例」之分子，但於計算同年度「課稅所得額」時，未選擇全額列為與其創設目的活動有關之資本支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除者，得於該資產耐用年限內依規定按年提列折舊，自各年度銷售貨物或勞務之收入中減除，俾利徵納雙方遵循，舉例說明如附件。