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【重點說明】
營利事業申報投資損失應以實現者為限，投資損失之計算，屬被投資事業虧損而減資者，應以實際投資成本乘以減資比例計算之；屬被投資事業清算者，應以實際投資成本減除清算後實際分配金額計算之，若清算前因減資已認列之投資損失不得重複列報。

【舉例說明】
某家A公司99年度因投資之B公司辦理清算而列報投資損失23,056,300元，經查A公司投資B公司於91年減資前之原始投資成本原爲23,067,995元，但91年間B公司辦理減資彌補虧損，A公司於當年度已列報投資損失8,713,180元，並經國稅局核認在案，減資後投資成本應爲14,354,815元，嗣99年度B公司辦理清算，清算後A公司收回B公司之股款11,695元，但A公司結算申報，仍以原始投資成本23,067,995元，減除分配剩餘財產11,695元，列報投資損失23,056,300元，致重複列報投資損失8,713,180元，遭該局除剔除補稅1,481,240元 並依所得稅法第110條第1項規定處以罰鍰1,184,992元。
同樣重複列報投資損失的情況在公司辦理二次以上減資者，也可能發生。該局轄區內C公司，99年度因投資之D公司辦理減資彌補虧損而列報投資損失43,104,000元，查C公司投資D公司之原始投資成本原爲43,104,000元，惟97年間D公司曾經辦理減資彌補虧損，C公司已列報97年度投資損失35,204,983元，並經國稅局核認在案，故減資後C公司投資於D公司之成本應爲7,899,017元，嗣D公司於99年間再次辦理減資彌補虧損，將實收股本390,000,000元減少389,999,990元，C公司仍以原始投資成本43,104,000元計算投資損失，重複列報投資損失35,204,983元，亦遭該局剔除補稅處罰。

營利事業發生重複列報投資損失的主要原因，係因長期投資若持股超過20％，財務會計採權益法處理，當被投資公司發生虧損，投資公司財務會計上即按持股比例認列投資損失，並減少長期投資科目金額，但稅務上須等到被投資公司實際減資彌補虧損或清算時，再帳外調整申報已實現的投資損失，惟營利事業於帳外調整時常疏忽本次減資或清算前，被投資公司曾辦理減資，其原始投資成本已有部分在前次減資時列報損失，而仍以原始投資成本計算本次減資彌補虧損或清算產生的投資損失，致發生重複列報情事。該局近期已發現兩件鉅額重複列報投資損失案例，特別呼籲營利事業應自行檢視有無重複列報，並於稽徵機關查核前自動補報補繳所漏稅款，以免受罰。