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營利事業負責人為扣繳義務人時，如被查獲有漏扣或短扣繳稅款，應於限期內補繳應扣稅款，並向所在地國稅局分局或稽徵所補辦理扣繳憑單申報，如逾期未補報補繳者，仍應受罰。

扣繳義務人於給付各類所得時即應扣繳稅款，並依規定於每月10日前將上一個月內所扣稅款向代理國庫的銀行繳納，並於每年一月底前，將上一年全年度給付之金額、所得人及扣繳稅款等資料，彙集開立扣繳憑單，向所在地國稅局分局或稽徵所辦理扣繳申報；如經國稅局查獲有漏扣或短扣繳稅款情形，依該局通知限期補繳應扣之稅款及補報相關的扣繳憑單者，按應扣未扣處1倍以下之罰鍰。如僅補繳應扣繳之稅款，而未依限補報扣繳憑單者，依規定仍應處3倍以下之罰鍰。

扣繳義務人接獲通知後，應於限期內補繳短漏扣繳稅款及補報相關扣繳憑單。惟部分扣繳義務人只注意於限期內向國庫繳清短漏扣稅款，卻忘了應在限期內補申報相關的扣繳憑單，致遭依所得稅法第114條第1款後段規定，按短漏扣繳稅額處3倍以下之罰鍰。籲請扣繳義務人，補繳應扣繳稅款後，務必記得於限期內再補報扣繳憑單。