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【重點說明】
公司組織的營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，可以適用所得稅法第39條盈虧互抵的規定，將經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課。

「盈虧互抵」條款。其要件整理條列如下：
(1) 公司組織之營利事業
(2) 會計帳冊簿據完備
(3) 虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證
(4) 虧損及申報扣除年度均如期申報營業所得稅
 
公司要適用盈虧互抵，上述的法定要件缺一不可，對於涉及短漏報之違章情事者，財政部也另以函釋放寬適用免視為會計帳冊簿據不完備的標準。
依據財政部函釋規定，如果公司經查獲短漏所得稅稅額不超過新臺幣10萬元，或短漏報課稅所得額佔全年所得額之比例不超過5﹪，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，可以視為短漏報情節輕微，免被視同普通申報案件，也免按會計帳冊簿據不完備認定，仍可以適用前10年虧損扣除之規定。

【舉例說明】
某公司99年度有出售廢料收入卻未申報為營業成本減項或其他收入，反而誤列為營業成本加項，造成營業成本虛報，導致短漏報課稅所得額達300餘萬元，稅額51萬餘元，因短漏報所得稅稅額已超過新臺幣10萬元，無法視為短漏報情節輕微，國稅局遂否准該公司當年度適用前10年虧損扣除，並予以補稅處罰。

營利事業平時帳務處理應依一般公認會計原則詳實記錄，如因帳務處理不慎而有短漏報情形，國稅局也特別呼籲，營利事業應及時依稅捐稽徵法第48之1規定自動補報補繳，除可免除處罰外，適用盈虧互抵時，還可以用加倍的金額或比例，計算適用視為短漏報情節輕微的標準，公司可特別注意相關規定，以維自身權益。