8月29日，英國駐日的代理公使向青木外相質問日軍登陸廈門的理由，並指出英國駐廈門領事對廈門東本願寺放火事件的前後狀況以及出入人員皆有目擊，質問放火事件是否為日本出兵廈門的藉口？日本政府獲知英美抗議，英美是日本重要的財政援助國，既然出兵的謀略已經外洩，即命令中止派兵。從台灣派去的軍隊就在廈門港外折回，海軍陸戰隊也在9月7日撤出。日本佔領廈門的軍事謀略，因此挫折而未能得逞。
由於佔領廈門的計畫變更，兒玉總督還氣憤的掉眼淚 [10] ，並提出辭呈，9月1日後藤民政長官也到東京活動，直到9月21日返台，9月24日近衛公爵組織「國民同盟會」，宣言舉國一致解決滿洲問題 [11] ，此事態的發展導致9月26日山縣有朋內閣總辭職。
山縣內閣的「南進政策」，本來是對應義和團事件時俄國的動向。當時俄國進軍滿洲，因此日本也要進軍華南。伊藤反對佔領廈門計畫，是當時俄國已經提議從滿洲撤兵，如果日本再出兵廈門，必定引起與英國的糾紛，甚至招來列強的干涉。
三、兒玉、後藤改變為利用孫文革命
日本佔領廈門的謀略失敗之後，日本政府、軍部、台灣總督府甚為不甘心，如有機會還想出兵華南，而沒有放棄侵略中國的野心。剛好那時大陸浪人山田良政到台灣來拜託民政長官後藤新平，請其向兒玉總督請求給予中國革命援助。
孫文為了打倒滿清政府的革命運動，一直依靠黑龍會主幹內田良平以及宮崎滔天、福本誠、清藤幸七郎、平山周等日本浪人的協助。在1900年2、3月之間，山東省傳出義和團將舉兵的情報，咸認為這是舉兵的大好機會。內田良平與宮崎滔天，為了援助舉兵的軍資，從內田的親戚即赤池煤礦的主人兒島哲太郎取得捐款3千圓，而玄洋社的頭山滿也從中野德次郎取得捐款5千圓，還有近衛公爵的東亞同文會有政府內閣機密費支付的「支那調查費」4萬圓中挪用一部分。此外，內田良平與宮崎滔天、清藤幸七郎在廣州，以孫文的代理人的名義，向李鴻章的代理人劉學詢敲詐6萬圓，但只取得半額的3萬圓 [12] 。
當義和團舉兵於北京、天津時，孫文、鄭士良、陳少白、楊衢雲與這一夥日本浪人，於1900年6月8日從橫濱出發，內田也在九州的門司會合，7月16日抵達香港九龍，但英國政廳依保安條例5年間禁止入港，未得上岸。依宮崎滔天的記錄，7月18日他們在回航的船上會議，決定舉兵攻取廣州。軍事部署為總指揮鄭士良、參謀原禎、楊衢雲、民政總裁福本誠、副總裁平山周、玉水常次、野田兵太郎、香港預備役伊東知也 [13] 。
玄洋社社長平岡浩太郎與黑龍會主幹內田良平之所以要援助孫的革命，是因為中國革命與日本的利害一致，孫文革命的旗幟是「滅滿興漢」、「驅逐韃擄」，這樣日本援助漢人的「日支提攜」，可以讓日本將韃擄的滿洲與西伯利亞收為日本國土，建立大陸經營的基礎 [14] 。
為了在惠州舉兵，取得台灣殖民地官員兒玉總督等提供武器援助，孫文於9月24日自日本神戶搭乘台南丸開往台灣基隆。在赴台之前，9月25日在門司與黑龍會主幹內田良平會合，然後偕同內田到下關的阿彌陀佛寺的前田利平寓所拜訪玄洋社社長平岡浩太郎。平岡說目前台灣反日活動仍劇烈，且受中國閩粵兩省支持，規勸孫文若能協助兒玉總督予以安撫，兒玉及吾等將更能為你盡力 [15] ，亦即要孫文勸服台灣人不要抗日而服從日本統治，以作為日方提共武器援助革命的條件。
孫文赴台所持護照是用「吳仲」的假名，「吳」（日音唸 Go）是取後藤（Goto）的首字，「仲」是中村之意，孫另外持有政商中村彌六的介紹信，信中內容說中村為革命軍，請求後藤新平准許將其在台灣銀行廈門支店所存洋銀80萬圓的一時流用 [16] 。台灣殖民地官員明明知道孫文持用假護照，為了利用孫文的革命而違法讓孫文通行台灣搞革命。
在黑龍會派的清藤幸七郎陪同下，孫文於9月26日從馬關出發。9月27日台灣的後藤民政長官請示中央政府，孫來台後其行蹤和計畫如何處理，亦即台灣當局妨礙其行動或以置之不問來處理孫文的來台。孫文於9月28日抵達基隆，10月4日由平山周陪同前往台北會見台灣民政長官後藤新平。孫文有軍火商中村彌六的介紹信，向殖民地官員洽談武器援助之事。
山田良政通華語，在甲午戰爭時充當陸軍通譯官，與日本駐北京海軍武官瀧川貝和共謀諜報戰，因戰功得勳八等獎章 [17] 。依日本外務省機密檔案，山田良政時常奉派赴中國考察，扮演日本特務與孫文密使的角色。近衛公爵的東亞同文會在南京開設南京書院時，山田良政也擔任教授兼監事，訓練對中國的情報員。山田良政、平山周、宮崎滔天的這些日本浪人，都是扮演孫文密使（emissaries）的角色 [18] 。
山田良政的舅舅菊池九郎曾照顧少年時代的後藤新平到江戶（東京）求學，山田利用這一層緣故赴台，陪同孫文去見後藤新平遊說總督府官員援助中國革命。兒玉與後藤的佔領廈門謀略，上個月剛遭受挫折之際，孫文的來台乞求援助，讓這些殖民地統治者認為，可以利用孫文來嘗試出兵廈門的野心。
後藤對孫文說，兒玉總督是答應援助的，台灣對岸有海豐、陸豐之地，如果革命軍舉兵到此地，日本即給二個師團的武器援助。孫文持有中村彌六願將其台灣銀行廈門支店存款借貸的介紹信，向後藤長官懇求說，革命軍有了武器但沒有軍資金，是否可以借款？後藤答說，借款之事是國對國，以什麼抵押，借多少，利息多少，幾年償還，哪有這麼笨的國家借款給你，但是廈門有台灣銀行支店，地下室存有二、三百萬銀幣，既然是革命舉兵，革命軍到廈門奪取銀幣，我可以假裝不知情 [19] 。如此孫文即上了後藤的詐術。
日本在廈門出兵挫折之後，兒玉與後藤援助中國革命的前提條件，就是趁清廷在北方有義和團的危機，如果南方又有革命軍的攪亂，就可以製造日本出兵的藉口。日本政府就可以用保護居民之名而派遣軍艦高千穗、和泉、筑紫，以陸戰隊登陸，佔領砲台。換言之，日本是以出兵廈門為交換條件，引誘孫文從惠州舉兵，而答應給予武器和日本軍官的援助 [20] 。這是甲午戰爭後，日本最露骨的侵略中國的第一步，也就是利用孫文的革命來展開侵略的謀略。
四、孫文不察兒玉、後藤的詐術
孫文既然得了後藤與兒玉總督允諾，允許派遣日本陸軍將官以及運送槍彈補給來援助中國革命，即向革命軍發令舉兵行動。孫文不察後藤的詐欺術，為了打倒滿清而情願被利用就答應日方的條件 [21] ，並且配合日方的要求，修改原定攻取廣東的戰略，「不直逼廣州，先佔領沿海一帶，候孫文指揮，以定攻取」 [22] 。山田良政即懷著孫文的密令赴香港，會見秘密結社三合會的首領鄭士良，然後二人潛行到惠州，決行惠州舉兵。
在台灣總督府官員的允許和方便監視下，孫文得以在台北新起街（艋舺之後起之新街，現今長沙街與漢口街交接處）設立「革命指揮所」，以作為惠州起義的接應站。台灣總督府殖民地官員在台灣願意提供給孫文新的革命基地，讓孫文欣喜不已，因為孫從來沒有過那麼親熱的日本官員肯全力援助革命。如果這次革命成功，也就是靠日本的軍事援助。然而9月29日中央政府的內務總務長官回電，要密切監視孫文的行動並干預，嚴格取締。9月30日外務大臣致廈門福州領事館電，嚴防日本人協助孫文革命 [23] 。孫文只是日本鳥籠裡的一隻鳥，日本欲縱欲擒隨心所欲，而孫文哪知道日本政府的居心？
五、禍降惠州舉兵的慘劇
孫文聽信兒玉、後藤之諾言，即從台北的「革命指揮所」命令興中會的鄭士良等在惠州舉兵。10月8日，鄭士良指揮在廣東省惠州的三洲田山寨潛伏的三合會革命黨員80多名革命軍舉兵，而革命軍最大的弱點就是缺乏新式的武器，只有洋槍300支，一支槍約30發子彈。由於孫文的指示革命軍只要到「廈門」，就有武器的供給。
鄭士良等革命軍從三洲田山塞進攻，即一路往華南沿海地方廈門方向前進，降臨新安、大破深圳的清軍，奪取其武器彈藥。隨之轉戰龍岡、淡水、水湖、梁化、白芒花、三祝田等處，在序戰時所向皆捷，大破清軍。遂佔領新安、大鵬，至惠州、平海一帶的海岸地方，各地的反清民眾自衛團的義勇軍陸續加入，革命軍勢力甚至增加到一萬人，但連戰月餘，彈藥已盡，而革命軍離開香港越遠，往福建廈門方向，補給越形困難，只渴望孫文指示的武器補給與指揮軍官的到來。然而盼望的日本補給船不到，也不見革命軍的首領孫文來航 [24] 。
孫文急速向東京的宮崎滔天通電，要求先前為菲律賓獨立軍訂購的子彈250萬發立刻送往廈門。然而軍火商中村彌六以及大倉組的軍火買賣竟是詐欺，籌措的武器是廢槍廢彈全不能用，以為可以得到台灣總督兒玉與民政長官後藤的武器援助，又全部落空。孫文即派使者山田良政潛行去告知『政情忽變，外援難至，即至廈門，恐無接濟，仰司令自決進止』。鄭士良即日解散革命軍，與數百同志脫逃香港。
六、結論：援助革命是幌子，侵略中國是骨子
惠州舉兵的慘劇，日本右翼和中國國民黨史都說，因為10月19日成立的伊藤內閣改變對孫文的態度，不許台灣總督府介入中國革命，禁止輸送武器彈藥以及日本軍軍官的參加革命軍。孫文也說：「新內閣總理伊藤氏對中國方針，與前內閣大異，乃禁止台灣總督不許與中國革命黨接洽，又禁武器出口及日本軍官投效革命軍者，而予潛渡之計畫，乃為破壞。 [25] 」
10月20日，革命軍受挫於三多祝，不久即陷入清軍重圍，史堅如等革命烈士飲恨殉難，擔任情報聯絡任務的諜報員山田良政，穿著中國服裝，也被追擊的清軍斬殺，時年33歲。據說惠州舉兵時國民革命軍第一次使用「青天百日旗」的旗幟，這是山田良政在日本製作帶去的 [26] 。
兒玉與後藤本來就沒有履行約定援助中國革命的意思，還要欺騙一心一意想要革命推翻滿清的孫文，在日本帝國的利益之下，哪裡還有什麼「道義」呢？日方企圖佔領廈門的謀略已經受挫，還要利用孫文的弱點在惠州舉兵擾亂，製造日本再出兵的機會。假定孫文與日軍的勾結成功，惠州舉兵事成而讓革命軍在廣東省一帶建立革命的橋頭堡，帶來給中國的，還不是日軍領導下的革命政權。
最後因列強的干預，日本政府換班，轉而禁止日本人再援助援助中國革命。依日本政府對孫文的台灣驅逐處分，孫文停留台灣44天，又以「吳仲」的假名護照，悄悄然搭乘「橫濱丸」，11月10日從基隆出發，15日到達日本神戶。孫文在日本的行蹤，一直都在日本政府的控制之下，這可以從日本外務省機密檔案窺見。
總之，台灣的殖民統治者，兒玉總督與後藤民政長官，在名目上稱為援助中國的革命運動，實際上的出發點完全是為日本如何侵略中國著想。
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