近藤勇遭新政府軍斬首後，土方到會津與齋藤會合，但是戰況只有愈來愈糟。土方主張轉戰仙台，齋藤卻表示要報答藩主松平容保的恩情，決定在會津留到最後一刻。
「這樣真的好嗎？」土方問道。「會津可能沒多久就要失陷了喔。」
「誠然容保大人對新選組有恩，對我而言也是沒齒難忘……」土方繼續說道：「但是啊，只固守會津一地，根本無法扭轉戰況。」
「我明白。正因為我很清楚這點，所以我也不打算阻止你。」
「援助會津的軍隊大概不會來了。但是，至少還有我們……我會和會津一同戰鬥，然後……」
齋藤沉默了。已經沒有勝利的希望，剩下的就是跟會津共存亡了。
土方望向さくら，說道：「齋藤決定留在會津，主要是因為妳的緣故……雖然戰局會變成怎樣我不知道，但你們能貫徹屬於你們的生存之道就好了。」
土方離去後，さくら忍不住問齋藤道：「為什麼會想留在會津？」
「就是我剛剛對土方先生所說的理由。」
「真的嗎？」
「為什麼想問這個？」齋藤問道。
「我是會津人，為了會津而戰是當然的。但齋藤先生並非會津出身，卻能留下來為會津而戰，我……我很高興……」
「我留在這裡的最關鍵原因，就是剛剛對土方先生說過的話。對我來說，捨棄對自己有恩的人而去追求勝利，我是做不到的。」
「那還有其他的理由嗎？」
「要我全部說出來嗎？」
「這……如果不想說的話，就不用說了……」
齋藤猶豫半晌，終於說道：「我如果跟著土方先生走了，妳要怎麼辦？」
「我想大概會留在會津吧。即使只剩我一個人也……」
「果然啊……」齋藤嘆了一口氣。「我不想把妳一個人留在這裡。」
「為什麼？」
「如果我這麼做的話……我大概會一直在意妳的事，而無法在戰場上集中精神吧。」
「啊……」
「……我全都告訴妳了。這樣可以了嗎？」
「是、是……」
さくら的心跳加速了。齋藤他……原來這麼擔心我啊……
即使知道這是一場必敗的仗，但有他在身邊，還是打從心底高興了起來。
於是這群留在會津的新選組成員，以鶴ケ城為目標南下而去。然而為時已晚，他們抵達城外才發現鶴ケ城已經遭到圍困，再也無法進入，只能在周邊展開斷斷續續的游擊戰，但再也沒有扭轉局勢的可能了。
決戰前夜，同樣輾轉難眠的齋藤和さくら在駐紮地外相遇了。
「睡不著嗎？」齋藤問道。
「嗯。」
「那麼，來聊點什麼吧。」
「咦？」さくら吃驚地看著齋藤。真稀奇啊，他居然會自己提出聊天的邀請。於是她開口道：「這一刻的休息，似乎是為了讓明天能開出最後的花朵吧。新選組，也就到此為止了……能以這樣的方式犧牲就很足夠了……我是這麼想的。」
「要活下去。」齋藤說道：「我很期待像這樣和妳在一起的日子，所以如果妳隨隨便便就死了，我可會很困擾的哪。」
「齋藤先生……」
「我絕對不會認同妳所說的什麼『開出最後的花朵』之類的話。」
齋藤突然緊緊抱住了さくら。
「我不會讓妳死的。無論發生什麼事，我都不會離開妳的。」
齋藤的懷抱是那麼的溫暖……
「さくら，這場戰爭結束的話……」
「結束的話……？」
「……」齋藤看了さくら一眼，目光中似乎閃爍著什麼複雜的感情。良久，才嘆了口氣，說道：「沒什麼，今天就這樣吧。」
さくら道：「總之，就盡力戰鬥吧。」
決戰之日，面對著十倍於己方的軍隊，齋藤對部屬說道：「各位跟隨我到這個地步，我非常的感謝……但這只能是一場惡戰，我也不敢說有勝利的機會，但至少，讓我們盡全力打這場仗吧。」
さくら明白齋藤的心情非常沉痛，他想說的是，別死，直到最後都不要倒下去。自己也已經有同樣的覺悟了，只是沒有說出來而已。作為新選組的木下さくら，我會盡全力戰鬥的！這多半是最後一戰了，作為新選組的……最後一戰。
「各位！努力地戰鬥吧！」さくら叫道。
「會津是我們的第二故鄉！」齋藤也叫道：「為了故鄉，努力地戰鬥下去吧！」
「喔！」眾人一同呼應著。
但，即使眾人再怎麼盡力，也無法扭轉局勢，終於遭到全數殲滅。如今，在齋藤一率領十幾名新選組隊士激戰的這個地點，豎立起一塊刻著「新選組殉難地」的石碑……
鶴ケ城開城後，戰爭也結束了。而在城中的一角，居然出現了齋藤和さくら的身影----原來他們在如來堂的那場決戰中，奇蹟似地全身而退了。
「我……一直在等這一天……」齋藤突然說道。
「咦？」
「等著戰爭結束的這一天……」齋藤深情地看著さくら。「因為，妳說這時會給我答覆的。」
「答覆……？」
喔，想起來了，在齋藤告白的時候，自己許諾說會在所有戰爭都結束後給他答覆的。さくら看著齋藤那等待未知答案的緊張神情，不覺打心底笑了出來。這個男人雖然在愛情的表現上獨樹一格，其實卻是個遲鈍的傢伙。
望著さくら臉上似笑非笑的神情，齋藤的心裡著急得不得了。
「難道我……」
就在失望的瞬間，接下去的話卻被さくら的唇堵住了。
歷經共同患難的兩人，必定能夠共度幸福的一生吧！
本作中的齋藤一，除了冷酷外表和《るろうに剣心》中的齋藤有點交集外，大概就沒有其他共同點了。這樣也好，至少我不會一直想起那位自稱有「惡．即．斬」的信念，嘴裡總是叼根菸的警察大叔……
不過，遊戲的結局其實有點曖昧。到底當時在如來堂決戰中的生還者，除了男女主角外還有沒有其他人呢？遊戲沒有明確交代。如果只有男女主角活下來，那我會覺得齋藤有點背叛了其他人耶，雖然他鼓勵大家活下來，但在敵眾我寡的懸殊之下，總不可能沒有犧牲者吧？
即使如此，能活下來總是個happy ending，也符合了歷史事實吧。
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