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 南卓林也有一閉關中心，在那兒都有幾十位至上百位左右的比丘進行著傳統的三年閉關。法王親自指導他們「大圓滿龍欽心髓」及明珠多傑尊者所取出的「南丘虛空藏法」。每隔三年，就有一群閉關合格的「金剛阿闍黎」出關。每年秋天，法王會舉行一次為期一個月的閉關，參加者是比丘、比丘尼和居士們，且法王每次都親自傳授四加行、氣功及大圓滿。所有的研讀課程總配合著修持，所以南卓林寺是研讀與修持的理想場所。
現在也有超過千人的小沙彌進入基礎的小學中就讀，在學校中學習藏文和英文的讀寫等基礎課程，以及佛法的基礎研習和加行。這個數字每年都以一百至數百不等的速度增加著，因為許多流亡海外的藏民都將小孩送至寺院中以接受教育和砥礪人品。西元1993年，法王興建了一座「措嘉謝拉林」，讓數百位尼師在此受教育與研修佛法。法王也另外興建了一座養老院，以及兩組為了祈求世界和平而興建的八大佛塔；在那裏，有許多的老人們居住與修持，不管在樹下安坐或在佛塔繞行，都可以見到他們手中持著轉經輪或念珠。南卓林寺「蓮花生大士紀念殿」也於西元2004年12月13日舉行落成開光典禮，「蓮花生大士紀念殿」融合了現代建築與藏式大殿的風格，內部有五層樓高的大金殿（印度人稱南卓林寺「蓮花生大士紀念殿」為大金殿）。
 目前，南卓林寺已成為教學、傳法、修持、閉關…等全方位之佛教殿堂，南卓林寺不僅是寧瑪巴傳承之重要資產，也是全世界佛弘揚法之重鎮，經由法王以及全南卓林寺僧眾的努力，已將佛法，尤其是寧瑪巴極其珍貴的大圓滿教法廣傳至全世界。
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