第十二條 (有關機關之協助配合) 各級主管機關，推行傳染病防治措施時，有關機關應予協助配合，以加強防治效果。
第十三條 (經費之列入與補助) 各直轄市、縣（市）防治傳染病經費，應列入地方政府預算。必要時，中央主管機關得予以補助。
第十四條 (防治藥品器材之儲備及專案採購) 各級主管機關，應充分儲備各項防治傳染病之藥品、器材；必要時，由上級主管機關撥給之。
前項藥品、器材，於傳染病發生或有發生之虞時，得由中央主管機關緊急專案採購，免依藥事法有關規定辦理查驗登記手續。
第十五條 (傳染病隔離病房及醫療機構之指定徵用) 醫院應依指定設傳染病隔離病房及依實際需要之床位數目。
第一類、第二類傳染病隔離治療之醫療機構，由中央主管機關指定之。其他傳染病有指定隔離治療之醫療機構必要時，亦同。
各級主管機關於傳染病流行時，得徵用私立醫院或公共場所，設立臨時傳染病醫療所，並得徵調民間醫事人員協助防治工作；對於人民因徵用或徵調所受之損失，並應予以相當之補償。
第二項傳染病隔離治療之醫療機構指定辦法與前項徵用、徵調之作業程序及補償辦法，由中央主管機關定之。
第十六條 (防疫隊之設置) 傳染病發生或有發生之虞時，各級主管機關得設機動防疫隊，巡迴辦理防治事宜。
第三章 預防接種 第十七條 (預防接種及接種紀錄) 兒童之法定代理人，應負使其按期接受預防接種之責，並妥善保存預防接種紀錄。
國民小學及學前教（保）育機構之新生，應於入學時提出預防接種紀錄；未接種者，應輔導其補行接種；其辦法，由中央主管機關會同有關機關定之。
第十八條 (預防接種受害救濟)
因預防接種而受害者，得請求當地主管機關陳轉中央主管機關予救濟。
中央主管機關應設置預防接種受害救濟基金，供前項所定救濟之用。基金於疫苗廠商出售疫苗時，徵收一定數額充之。
前項預防接種受害救濟基金之收支、保管及運用辦法，由行政院定之。
第四章 防疫措施 第十九條 (水源之保護) 地方主管機關，應根據防疫需要，施行飲用水消毒，保護公共水源，改良飲用水水質；必要時，得暫行封閉水源。
第二十條 (公私廁所之改良) 地方主管機關應促進當地上、下水道之建設，改良公、私廁所；必要時，得施行糞便等消毒或拆除有礙衛生之廁所及其相關設施。
第二十一條 (傳染病媒介之處理) 地方主管機關，對於各種媒介傳染病之飲食物品、動物或病死動物屍體，應切實禁止販賣、贈與、棄置，並予以撲殺、焚毀、掩埋或參考世界衛生組織之處理原則而為其他必要之處置。
第二十二條 (補償費) 前條媒介傳染病之飲食物品、動物或病死動物屍體，經依規定予以焚毀、掩埋或為其他必要之處置時，除其所有人、管理人違反本法或其他法令規定或未立即配合處理者不予補償外，地方主管機關應評定其價格，酌予發給補償費；其補償辦法，由中央主管機關另定之。
前項補償費，由地方主管機關支應；中央主管機關並得予以補助。
第二十三條 (病媒之撲滅、病媒孳生場所之清除) 傳染病發生或有發生之虞時，地方主管機關應督導撲滅蚊、蠅、蚤、蝨、鼠、蟑螂及其他病媒。
前項病媒孳生源之公、私場所，其所有人、管理人或使用人應依地方主管機關通知或公告，主動清除之。
第二十四條 (傳染病發生時之採行措施) 傳染病發生時，地方主管機關應視實際需要，會同有關機關，採行下列措施：
一、限制或禁止上課、集會、宴會或其他團體活動。
二、管制特定場所之出入，並限制其容納人數。
三、管制疫區交通之一部或全部。
前項措施，中央主管機關於必要時，得直接指示地方主管機關辦理，地方主管機關不得拒絕。
第二十五條 (傳染病發生時之限制、禁止或處理) 傳染病發生或有發生之虞時，地方主管機關對有關地區之農漁、畜牧、游泳或飲用水，得予以限制、禁止或為其他適當之處理。
前項污染源之處理，地方主管機關於必要時，得報請中央各目的事業主管機關予以協助。
第二十六條 (臨時檢疫所之設置) 傳染病發生時，各級主管機關得施行檢疫；必要時，中央主管機關得設臨時檢疫機構。
第二十七條 (國際港埠檢疫之實施) 為防止傳染病傳入或傳出國境，對於出、入國境之運輸工具及其所載人員、物品，得施行國際港埠檢疫，並徵收費用；其檢疫方式、程序、管制措施與處置及其他應遵行事項之規則；費用徵收數額、繳納方式與期間及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。
經依前項規定檢疫結果，有傳染病發生或有發生之虞者，中央主管機關應採行下列措施：
一、運輸工具：必要管制及防疫措施，所受損失並不予補償。
二、傳染病病人或疑似傳染病病人：防疫措施。
三、物品：輸入者，令其退運或銷毀，並不予補償；輸出者，準用第二十一條及第二十二條規定處置。
違反中央主管機關依第一項所定規則有關申報、接受檢疫或輸入方式規定之輸入物品，中央主管機關得不經檢疫，逕予令其退運或銷毀，並不予補償。
第一項所稱國際港埠，指出、入中華民國國境之港口、碼頭及航空站。
第二十八條 (防疫工作之施行) 傳染病發生時，地方主管機關人員應會同有關機關人員、村（里）、鄰長，進入公、私場所或運輸工具從事防疫工作。
公、私場所或運輸工具之所有人、管理人或使用人對於前項防疫工作，不得拒絕、規避或防礙。
第二十九條 (醫師報告義務) 醫師診治病人或檢驗屍體，發現傳染病或疑似傳染病時，應視實際情況立即指示採行必要之感染控制措施，並報告該管主管機關。病人情況有異動時，亦同。
前項病例之報告，第一類傳染病應立即報告；第二類傳染病及第三類甲種傳染病，除開放性肺結核外，應於二十四小時內完成；開放性肺結核及第三類乙種傳染病應於一週內完成，必要時中央主管機關得予調整；第四類傳染病，由中央主管機關於指定時，規定其報告時限。
醫師對外說明相關個案病情時，應先完成報告，並經證實，始得為之。
第三十條 (醫事人員報告義務) 醫師以外醫事人員執行業務，發現傳染病病人、疑似傳染病病人，或因而致死之屍體時，應即報告醫師或依前條第二項規定報告。
醫療（事）機構應指定專責人員負責督促所屬醫事人員依前項或前條規定辦理。
第三十一條 (傳染病病人之穩私權) 各級主管機關、醫療（事）機構、醫事人員及因業務知悉傳染病病人之姓名及病歷有關資料者，對於該資料，不得無故洩漏。
第三十二條 (通知義務) 村（里）、鄰長、村（里）幹事或警察人員遇有疑似傳染病之病人或因疑似傳染病致死之屍體時，應即通知當地主管機關。
第三十三條 (通知義務) 下列人員發現疑似傳染病之病人或因疑似傳染病致死之屍體，未經醫師診斷或檢驗者，應於二十四小時內通知當地主管機關：
一、病人或死者之親屬或同居人。
二、旅館或店鋪負責人。
三、運輸工具所有人、管理人或駕駛人。
四、機關、學校、學前教（保）育機構、軍營、公司、工廠、礦場、矯正機關、寺院、教堂、收容機構及其他公共場所之負責人或管理人。
第三十四條 (主管機關報告義務及故意傳染於人之刑責) 地方主管機關接到傳染病報告或通知後，應迅速檢驗診斷，調查傳染病來源，施行適當處置，並報告上級主管機關。
傳染病病人及相關人員對於前項之檢驗診斷、調查及處置，不得拒絕、規避或防礙。
明知自已感染本法所定傳染病之病人，故意致傳染於人者，應依相關法律論刑。
第三十五條 (傳染病病人之處置) 各級主管機關對於傳染病病人之處置，應採行下列措施：
一、第一類、第二類甲種傳染病病人，應強制移送指定醫院施行隔離治療；第二類乙種傳染病病人，應勸告其住院，必要時並得強制其住院。
二、第三類、第四類傳染病病人，應視其病況採取適當之防治措施。必要時，得比照第一類傳染病病人處置。
前項各款傳染病病人經各級主管機關強制移送指定醫院施行隔離治療者，其費用由中央主管機關編列預算支應之。
第三十六條 (病人檢體之採檢原則、檢驗及報告、檢驗確定及消毒原則) 傳染病病人之體液、分泌物、排洩物及其他可能具傳染性物品之採檢原則、檢驗及報告、檢驗確定及消毒原則應採行下列方式：
一、採檢原則：
第一類、第二類傳染病病人檢體，由醫師採檢，接觸者及環境檢體，由醫師或其他醫事人員採檢；其他傳染病如有採檢必要，亦同。採檢之實施，醫療（事）機構負責人應負督導之責；病人及有關人員並不得拒絕、規避或妨礙。
二、檢驗及報告：
第一類傳染病之相關檢體，應送中央主管機關檢驗；其他傳染病之檢體，得由中央主管機關委託之衛生、醫療（事）機構檢驗；檢驗結果，應報告地方及中央主管機關。
三、檢驗確定：
傳染病檢驗結果，由中央主管機關確定之。
四、消毒原則：
傳染病病人之體液、分泌物、排洩物及其他可能具傳染性之物品，應實施消毒或焚毀；病人及有關人員不得拒絕、規避或妨礙。
第三十七條 (疑似被傳染人之處置及危險群及特定對象之檢查) 曾與傳染病病人接觸或疑似被傳染者，得由該管主管機關予以留驗；必要時，得令遷入指定之處所檢查，或施行預防接種等必要之處置。
為有效掌握疫情，中央主管機關得就傳染病之危險群及特定對象實施檢查（篩檢）；其實施對象、範圍及檢查辦法，由中央主管機關會商中央目的事業主管機關定之。
第三十八條 (病人住所之消毒或處置) 傳染病病人移居他處或死亡時，其原居之病房或住所內外應由醫療（事）機構或該管主管機關視實際情況，施行必要之消毒或其他適當之處置。
第三十九條 (傳染病致死之屍體之處置) 因傳染病或疑似傳染病致死之屍體，應由醫療（事）機構或該管主管機關施行消毒及其他妥善處置。
前項屍體應於二十四小時內入殮，並以火化為原則。其因染患第一類傳染病及炭疽病致死之屍體，應強制施行火化；其他傳染病致死之屍體，如有特殊原因未能火化時，應報請地方主管機關核准後，依規定深埋。
第一項之屍體，中央主管機關認為非實施病理解剖不足以瞭解傳染病病因及控制疫情，而有施行病理解剖檢驗必要時，死者家屬不得拒絕；施行病理解剖檢驗者，中央主管機關得補助其喪葬費用，其補助標準另定之。
第五章 罰則 第四十條 (罰則) 有下列情形之一者，處新臺幣九萬元以上四十五萬元以下罰鍰：
一、醫師違反第二十九條或第三十一條規定者。
二、醫師以外醫事人員違反第三十條或第三十一條規定者。
三、因業務知悉傳染病病人有關資料，違反第三十一條規定者。
醫療（事）機構所屬人員違反第二十九條至三十一條規定，經依前項規定處罰者，併處該醫療（事）機構新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰。
第四十一條 (罰則) 有下列情形之一者，除逕行強制處分外，並得處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰：
一、違反主管機關依第十五條第三項所為之徵用或徵調者。
二、違反地方主管機關依第二十四條第一項或第二十五條第一項所為之限制、禁止、管制或處理者。
三、違反第二十八條第二項、第三十四條第二項或第三十六條第一款規定者。
四、違反主管機關依第三十七條第一項所為之命令者。
五、違反第三十九條第二項規定者。
第四十二條 (罰則) 違反主管機關依第二十一條所為之禁止、命令或處置者，除逕行強制處分外，並得處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰；其情節重大者，並得予以一年以下停業之處分。
第四十三條 (罰則) 有下列情形之一者，處新臺幣一萬元以上十五萬元以下罰鍰；其經限期令其改善，屆期未改善者，得連續處罰：
一、違反第五條規定者。
二、違反主管機關依第二十三條第二項、第三十五條第一項所為之限制或命令者。
三、未依第三十三條規定通知者。
四、違反第三十六條第二款、第四款、第三十八條或第三十九條第一項規定，未配合檢驗、報告、消毒或處置者。
第四十四條 (處罰機關、強制執行) 本法所定之罰鍰、停業，由地方主管機關處罰之。
前項罰鍰，經限期繳納，屆期未繳納者，移送法院強制執行。
第六章 附則 第四十五條 (獎勵) 執行本法防治工作著有績效之人員、醫療（事）機構及其他相關團體，應予獎勵；其獎勵辦法，由中央主管機關定之。
第四十六條 (施行細則) 本法施行細則，由中央主管機關定之。
第四十七條 (公布日) 本法自公布日施行。
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