有這麼一位少年，即使將槍口抵在他頭上，即使命案就發生在他面前，他的口氣也依然淡定到從容。
他的名字叫工藤新一，原本是一名全國知名的高中生偵探，可是有一天被神秘組織灌下了毒藥，身體縮小了，變成了江戶川柯南。他雖然變小了，頭腦還是原來的名偵探。不管發生什麼事件，真相只有一個！
青山剛昌老師說預計今年內要結束這個陪伴了我們十幾年的柯南故事，我們的好奇心終於也要得到滿足了。
網上關於這個最後大結局的消息，早已傳得沸沸揚揚
【A:幕後大BOSS是阿笠博士】
黑衣人的真正的首腦 ,就是一直隱藏在他們身邊的阿笠博士DOC.LEE。其實阿笠這兩個字，拆解成阿竹立用日文反過來拼寫就是拉丁文裡面的莫里亞蒂。所以阿笠博士其實應該叫莫里亞蒂教授——福爾摩斯故事裡的罪惡的教授。
事情是這樣的，工藤優作原先就懷疑並且偵察黑衣組織，並以小說家的身份為掩護秘密調查。他發現一些線索后特意搬到組織首腦阿笠家的隔壁住，並且從小培養新一，派新一和阿笠混熟想藉此偵察一些情報。後來阿笠開始懷疑工藤父子，於是他派GIN和沃克跟蹤出去約會的小蘭和新一，新一也就被他們變成了柯南。
APTX-4689是阿笠和灰原哀的父母聯合開發的，本來的目的是永葆青春，沒想到適得其反產生了副作用，吃的人身體會變小。阿笠留着柯南不死只不過想觀察藥品還有沒有其他的副作用。灰原是阿笠放在柯南身邊的間諜。
【B:毛利小五郎扮豬吃老虎】
江戶川文代假扮美希子要帶柯南去遊樂園玩，途中柯南發現她是黑衣組織的人，得悉身份已被黑衣組織識破。
Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅灰原哀交出她研究APTX4869解藥的數據資料。Vodka想要槍殺少年偵探團，終被柯南所救。
柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落，他留下了一張寫明一切的磁碟讓博士轉交給蘭，決定自己去面對黑衣組織。
但磁碟被黑衣組織的人拿走了，博士來到了毛利家，當他正想告訴小五郎和蘭現在的狀況時，卻發現坐在偵探所客廳里的毛利呈現出沉睡的小五郎的姿勢。原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是為了調查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沉睡般的深思中展現出他真正的實力，通過柯南留下的磁碟資料推理出了黑衣組織的所在。
【C:灰原為救柯南而死】
柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會正在這裡召開，原來黑衣組織的本部就是東京的中心。柯南侵入了黑衣組織的電腦中樞,正在向外傳播加密數據時，被Gin從後面擊昏，被帶到一艘巨輪上。
灰原哀為救柯南，擋住了Gin射向柯南的子彈。此時巨輪的自動排外系統啟動，目標是一切生命體，Gin被射中死亡。柯南和哀因目標過小而逃過一劫。
哀微笑着拿出粘血的藥丸，世界上唯一的一顆APTX4869解藥。「吃下去吧。」「笨蛋！這顆解藥只要得救之後分析成分就能複製了啊！」哀突然把葯塞進柯南的嘴裡，「你還不明白嗎？」哀看着柯南意外地吞下藥丸，緩緩露出笑臉：「這是科學和推理無法解釋的問題呢！」哀在閉上眼睛的時候用只有柯南聽得見的聲音說：「不是工藤新一。我愛的人，是江戶川柯南。」
【D:從柯南到新一】
柯南終於又變回了新一。而優作和小五郎在突然之間靈光一閃，優作終於找到了破解這個由科學與邏輯組成的巨大機器的銀色子彈。
銀色子彈，我們的約定人類擊潰一切邪惡與魔鬼的銀色子彈就是無可代替的「愛」，「愛」就是科學與邏輯永遠無法解釋的程序。工藤優作發送的銀色彈丸在瞬間傳導到了電腦中樞。超級計算機最終崩潰。
巨輪倒數五分鐘的自爆裝置開始啟動，一切都結束了。
終極BOSS大猜想
青山青山告訴我，誰是最壞的人？
關於黑衣組織首領，組織中人以「那位先生」稱呼，而讀者和觀眾們則稱他「BOSS」，雖在原作中被多次提到，但其真身卻始終沒有披露，堪稱《名偵探柯南》中的最大謎團。青山也曾表示過初衷並沒有要畫這麼長的連載，可能BOSS的角色初期已設定好，但是劇情發展過程中又改了。
阿笠博士是黑衣組織的「那位先生」，毛利小五郎是超人，目暮警官是壞人甚至柯南的解藥就是無可替代的「愛」。這些層出不窮的《名偵探柯南》結局大猜想也僅僅代表柯南迷天馬行空的猜測，到底結局是否如此？
從《名偵探柯南》的官方漫畫發行方「小學館」以及青山剛昌接受採訪時的隻言片語來看，過早透露黑衣組織「那位先生」的真實身份對讀者們來說是不負責的。青山的伏筆很多，也有猜測會不會BOSS是多個人物的結合體，利用多種身份來隱藏。
而青山表明，他曾經思考過多次怎樣讓「那位先生」登場，謎底將會讓所有人都意想不到。
如此看來「那位先生」的身份並未被公布，那麼到底會是誰？
作為漫畫與推理小說的結合，《名偵探柯南》引人遐思的劇情以及交錯的人物關係讓「那位先生」的推測猜想有了很大難度，青山多次接受活動採訪時，讀者們都不願意放棄那一絲尋找答案的機會，希望在蛛絲馬跡中可以找出黑衣首領。而狡猾的青山也含糊其詞地說出了一部分「那位先生」的特徵。
比如，青山說，黑衣組織有正式名稱，說出來的話「那位先生」的名字就會被暴露了，所以不能說。實際上「那位先生」的名字已經出現在原作某處了。還有，黑衣組織和鳥取縣並沒有關係。實際上，青山在歷次訪談中已經排除了若干熱門BOSS人物：阿笠博士、工藤優作、鈴木園子、貝爾摩得、白鳥警官、毛利蘭、妃英理，根據劇情也可以排除毛利小五郎、黑羽盜一、鈴木次郎吉以及嫌疑最大的詹姆斯。
◎性別
根據漫畫，貝爾摩得是「那位先生的意中人」，所以初步可以確定「那位先生」為男性。然而此話也可以做出另外一種解釋，「那位先生」只是賞識貝爾摩得的能力，而非男女之間的那種愛意。因此無法判斷的可能性有很多，比如人物出場的容貌與真實性別並不相符，或易容出場等情況，也就是說「那位先生」也可能為女性或表面上是女性。但青山不願意透露「那位先生」的性別，這樣我們就無法確定「那位先生」的真實性別。
◎年齡
琴酒稱「那位先生」直接向他下達了殺掉皮斯克的命令，他還稱自己已追隨「那位先生」多年。皮斯克在漫畫中的年齡為71歲，並且灰原哀也曾說過這個秘密計劃從半世紀前就開始進行了。如果「那位先生」沒有中途被換掉，或者說「那位先生」有着類似於柯南的情況，隱藏了年齡，那麼我們對於「那位先生」的年齡也無法完全確定，只能初定為年長者。
◎是否出場過
青山狡猾地拒絕回答「那位先生」是否已經露過臉，並表示「那位先生」已經以全名登場，那麼可以推出以下四種情況：
1.「那位先生」或許曾經以真身，甚至真身真名出現過；
2.「那位先生」曾以真名出現過，或「那位先生」曾以真身出場，但二者沒有關聯；
3.「那位先生」曾易容成他人出場，「那位先生」的真名曾出現；
4.「那位先生」從未出場但其面貌曾以某種方式給出，「那位先生」真名曾出現；
但不管是否以真名或真身出現過，都無法作為「那位先生」的人選推斷。
◎國籍及所在地
「那位先生」曾給貝爾摩得發來日文手機郵件，且組織選用了與日本兒歌相應的郵件地址，因此「那位先生」為日本人的可能性較大。
「那位先生」對貝爾摩得說「回到我身邊來」之後，貝爾摩得一直停留在日本。此話為簡訊內容，注意了，原漫畫及動畫輸的字是日文，大陸漫畫翻譯過來為中文，由於各國地區的手機支持語言不同，要發日文只有在日本本土，如果在其他地區，即使你手機能發日文，發進日本后也只是亂碼。所以「那位先生」在日本。
根據青山所言，「那位先生」不在鳥取縣的倉吉市，組織和鳥取縣無關。
◎「那位先生」的性格
貝爾摩得說「老闆是很謹慎的，是把石橋都能敲壞的那種類型」。「那位先生」懷疑從FBI手中搶回來的基爾，「那位先生」因赤井秀一而十分不安，這些都可作為「那位先生」十分謹慎的依據。
然而，「那位先生」也有一些大意之處，例如對潛入組織的日本公安警察、FBI和CIA人員都很大意，以及曾經賞識並提拔基爾；對貝爾摩得過分信任，似乎全然不知其不完全忠誠並隱瞞了許多事情等。
線索那麼多，真相就一個
那位先生，到底是哪位先生？
◎烏丸蓮耶◎
出自VOL30F4-F8/219《被召集的名偵探！工藤新一VS怪盜基德》兩小時特別篇。
烏丸蓮耶死於40年前，大富翁，生前以收集世界上的藝術品為主要活動。
被懷疑原因：他死於半世紀前，和組織的成立時間較近，和灰原哀口中「半世紀前的計劃」時間點基本相合，猜測為假死，或晚年成立組織開始某研究試圖使自己不死。烏丸蓮耶生前為大富豪所以有資本建立組織。APTX4869有可能是研究「長生不老」葯的半成品。
但是烏丸蓮耶的別墅——黃昏之館就在鳥取縣。據「國籍及所在地」推斷，柯南得知「那位先生」確實與鳥取縣有關，但是青山又否認BOSS和鳥取縣無關；
還有，如果烏丸蓮耶40年前死時為99歲，若他實際上還活着，年齡實在太大了；
觀點對立，所以被列為BOSS嫌疑人之一。
◎常盤榮策◎
出自Vol48 File500《新黑衣人/TV425 黑色衝擊！組織魔爪伸來的瞬間》。
東都大學藥學系教授、眾議員候選人，425集中作為水無的採訪對象被朱蒂提了一下，出現了一個畫面。
他開發了許多新葯，令人懷疑其與APTX4869以及組織的核心計劃有關。
從外貌上來看，常盤榮策的年齡應該在60-70歲之間，符合組織成立至少半個世紀的說法。
他的名字「常盤」有永遠之意，與APTX的研究目的和組織的核心計劃相合。但是BOSS本人對醫藥學應該不會有太高深太專業的涉足，否則他就不需要那樣依賴Sherry的科研天賦了。由於只出現過一個畫面，可以認為是伏筆，BOSS嫌疑人之一。
◎宮野厚司/宮野艾蓮娜◎
兩人都是組織成員兼科學家，十幾年前死於未知事故。宮野厚司沒有露出面目，但在灰原哀的回憶中出現過。
艾蓮娜在死前給志保留下了磁帶，有觀點認為，這說明艾蓮娜提前意識到了她會「死」，所以其死亡不可能是意外事故，可推測宮野夫婦自導自演了「事故死亡」以便更好的暗中知會組織。
宮野厚司二十年前拜訪出島事務所時，社長54歲，和宮野厚司是兒時的玩伴，兩人應該年齡相仿，符合BOSS是上了年紀的人這個推斷。
貝爾摩得十分憎恨宮野家族，若宮野夫婦為BOSS，貝爾摩得希望組織垮掉，可解釋為她因憎恨宮野而憎恨宮野領導的這個組織。但是灰原哀似知道BOSS身份，如果其父母為BOSS，她對母親的懷念就不合情理。
若宮野夫婦為BOSS，則殺掉明美和追殺灰原哀嚴重違背親情，作為一部三觀正常的漫畫，骨肉相殘這種情節出現在少年漫畫中，確實有些不符之處。
◎大黑連太郎◎
美國島上名冊中的名字，出自Vol28 File281《惡魔之劍/TV223 人魚失蹤記》（推理篇）。
雖然人物未曾出現，但是青山對話中曾說BOSS以全名出現過。組織名稱包含「大黑」兩字，而BOSS名為大黑連太郎，兩者之間有聯繫，符合青山所言。
◎Mr.正影◎
失蹤的魔術師，出自Vol47 File487《出現的魔法/TV406 柯南和平次的推理魔術》（機關篇）。
Mr.正影尋找筆記10年未歸而失蹤，這不合情理，背後有隱情；Mr.正影的失蹤被猜測為退居幕後指揮黑衣組織，並且是漫畫中唯一失蹤的人物；他名字中的「影」符合組織代表黑色之意。
另外，Mr.正影失蹤的時間與黑羽盜一相差不遠，可能二者有聯繫，並且兩人都是魔術師。
◎服部平藏◎
服部平次的父親、大阪府警本部長、警視監。擁有與工藤新作同級別的推理能力，位高權重，領導指揮能力也很強，他完全擔當得起BOSS這個身份。
但是，平藏是高人氣男主角之一服部平次的父親，且原作中已描寫過其對平次親情的流露，若他是BOSS，會嚴重傷害讀者感情，破壞作品整體架構。
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