一九七六年，馬神父處理完父母的後事之後，重回台灣，擔任「天主教社會
青年同工小組聯會」的輔導。一九七八年，美國與台灣正式斷交，台灣的國際地
位陷入前所未有的困境，但宗教團體並不氣餒，繼續堅持著理想。這年，馬神父
應羅光主教之邀創立亞洲宗教交談中心，擔任「天主教耶穌會東南亞地區宗教交
談工作小組」之執行秘書，籌劃了許多宗教交談的國際研習會。一九八○年馬神
父在耕莘文教院成立「宗教交談與合作委員會」，並訂出深具時代意義的目標：
一、幫助耶穌會台灣區的會士及夥伴們，更深刻體認宗教交談與合作的時代重要性及迫切需要。
二、培養對其它宗教信仰的尊重及信徒間的彼此接納、包容及學習，使大家真誠的合作，促進人類大家庭的和平與幸福。
三、安排耶穌會台灣區的會士及夥伴們參訪教堂、精舍、寺院等道場及各宗教團體的文化中心、教育與社會福利機構。
四、接待各宗教領袖及宗教團體人士參觀訪問耕莘文教院與其他耶穌會的活動中心。
雖然，目標對象僅止於少數的耶穌會會士，尚未擴及一般天主教教友；交談的深度上也還停留在建立友誼的初階，但比起兩千年來唯我獨尊的宗教觀可是跨出了一大步。這些目標，至今依然迫切。
同年，馬神父接獲教宗的聘書，擔任梵蒂岡宗教交談方面的顧問，五年一聘，長達十五年。這方面的顧問全世界只有二十幾人，而馬神父是台灣唯一的一位。在羅馬教廷的支持下，馬神父跑遍全亞洲，幾乎每個月都要出國，到印度、孟加拉、韓國、日本認識各國的宗教領導者，並定期和亞洲地區的主教們齊聚一堂討論如何完成和平共融的理想，還有每年和另外二十幾位教廷的宗教交談顧問一起開會，這般豐富的經驗大大開拓了馬神父的視野，他感受到愈來愈大的使命感。直到一九九二年馬神父卸職前，一共完成了十二次亞洲地區的宗教研討會，所有文件都經由馬神父之手而完成出版。若稱馬神父是台灣宗教交談的先鋒一點也不為過，他為天主教在台灣的宗教交談打下基礎，並串聯起台灣宗教界與國際各宗教團體的合作契機。
這段期間，馬神父結識了三位對他有深刻影響的天主教神父，一位是印度人在孟加拉服務的主教羅神父（Fr.Michael Rodrigo）、一是菲律賓的吐都主教（
Fr. Benny Tudrud）、一是推動社會工作的斯里蘭卡神學家阿馬羅神父（Fr. Amalor
Paradass）。這三位神父在廿世紀末短短數年中相繼逝世：曾寫過很多神學與宗教交談方面書籍的阿馬羅神父，死於車禍；協助天主教與伊斯蘭教對話的吐都主教，主張「宗教交談真正的愛是宗教與宗教間的愛心」，生前曾說當他死時，你們將連主教的戒指都不會找到，後來飛機失事，他的遺體果真遍尋不著，更別說戒指了。而以幫助窮人為己任的羅主教，則是在彌撒時被富有的宗教狂熱份子槍殺，血濺祭台。
馬神父感嘆地說：「與我有過深刻交談經驗的人現在都不在這個世界了，現在只留下我一個人。」
如同耶穌為了救贖世人被釘上十字架的犧牲，如同佛陀捨棄榮華富貴為求渡化眾生的犧牲。究竟還要多少人流血犧牲，才能喚醒偏執在「唯有自己的宗教才是唯一真理」的宗教狂熱者，去懂得連小學生都知曉的最基本道理──「愛與和平」。
曾有一次馬神父到印尼萬隆（Bandung），那裡經常發生天主教徒被綁架事件，大家都說是穆斯林幹的。而此時又剛發生羅主教被槍殺，情勢更加緊張。修會裡的人勸馬神父他們千萬不要隨便外出，以免發生危險。偏偏馬神父就是不聽話，不知道是大膽、還是理想過了頭，他竟然說要去拜訪山下的清真寺。
馬神父說：「我看到天氣這麼美，就走下山去，越走越遠，我突然發現旁邊出現了很多人把我包圍住，他們帶著槍，是穆斯林。我自己也不緊張，我說我是羅主教的老朋友，所以也是你們伊斯蘭教的老朋友。我說我要去清真寺可以嗎？他們商量了一下，便答應帶我去。寺裡的穆斯林看到我來，顯得有點緊張。我說我只想和他們談談話，他們便說要準備一下，拿來了錄音機說要錄音。我們談了很久。後來那位陪我說話的穆斯林說，神父你來之前我不知道你是誰，擔心萬一發生不愉快的事情我們至少有個記錄。但聽你談了這麼多好事，就像我們穆斯林一樣，沒有想到天主教的神父有這麼大的愛心。後來他們親自送我回修院，其實修院裡的人正準備要帶槍到清真寺來救我。」
「宗教交談最大的好處就是可以建立真正的友誼，即使我現在重回到這些地方，他們還是把我當最好的朋友。有些人覺得我走錯路，沒有做好一個神父應該做的事。當初梵蒂岡負責宗教交談的領導人卡迪雅同苟樞機主教（H. E. Jozef
Cardinal Tomko），對我的工作很有意見。但是我年輕，我不怕出來講話，也不怕批評。我每一年都要到羅馬，有一年我接到卡迪雅同苟的電話，問我能否見面？我答應了，下午趕緊去借一套神父的衣服。他安排早上八點鐘見面，我有點緊張，因為他是教會裡很大的人物。七點五十八分他走進房間，我馬上站起來說：『樞機主教，謝謝你邀請我來，我是不是可以介紹我自己？』他說：『不用，我很早就認識你了，也聽過你對我的看法和批評，今天我想多了解你都在想些什麼？』我們談了很久，談得很愉快，然後他說我每一年到羅馬一定要安排時間和他談話。」
「過去他不了解宗教交談，我幫助他了解，這必須透過交談溝通。他的年齡比我大，神學和各方面的經驗都比我多，但我們透過交談溝通建立了友誼。耶穌會的總會長說在羅馬大概沒有一位神父像你這樣和他有這麼好的關係。我與他最後的一次談話是我在梵蒂岡準備回台灣之前，他人要在羅馬開會一個星期，他的祕書告訴我樞機主教希望安排會談，我說很抱歉，我在他回梵蒂岡的前一天就離開了。沒想到我的飛機誤點，他的祕 書打電話來說樞機主教回來了，你要不要跟他講話？我們就在電話裡談了很長的時間。回國後，我告訴總會長，他說這怎麼可能？但就是這樣發生了。」
馬神父說：「一九八二年全世界的耶穌會在斯里蘭卡舉行會議，我和德里總主教費南德茲、羅馬宗教交談中心的祕書長羅薩諾蒙席（Mgr. Rossano），我們三個人花一個星期的時間到各教區講宗教交談。主教們說很難接受我們的說法，請我們再講清楚一點，沒想到他們指名問我。我承認我有點緊張，我閉上眼睛幾分鐘，我跟天主說︰『我知道我沒有能力回答這些問題，總主教不能，羅馬的羅薩諾蒙席也不能，我怎麼能夠？』後來，我把我的嘴巴給天主用。大家鼓掌。那天夜裡，全世界耶穌會的總主教來敲我的房門，他說抱歉很晚了，但是我願意來跟你說謝謝，你很清楚地給我們很需要的答覆。我說：『不是我，是天主。』我沒有足夠的智慧發表這樣的內容，老馬只是一個普通的小神父，我完全把自己放在天主的手中，我只是工具。我相信佛教、道教、天帝教也有相同的經驗。後來，總會長跟我說：『我們需要培養一些年輕人，讓他們了解佛陀、耶穌或阿拉的恩惠。』」
一九八六年十月二十七日教宗在亞西西（Assisi）舉辦的世界祈禱日，耶穌會第三十四屆大會中發布「我們的使命與宗教交談」（Our Mission and Interreligious Dialogue）文件：「重要的是我們需在聖神內更加開放，使我們能和其他宗教的兄弟姊妹們精誠合作，『在兄弟般的氣氛中彼此陪伴，一起實現天主要我們達成的目標。』」
其實這樣的宣言馬神父並不滿意，宗教交談並非只是友誼或社會服務，但「深刻的交談」並非制定宣言的這些委員們都能了解的。雖不滿意，但可以接受，至少是個開始，至少現在有一道所有耶穌會神父必須重視的宣言。然而大多數神父心裡都還沒有準備好。而馬神父特殊的經驗，正可補足這方面的欠缺，而不只是學理，還需要時間來培養，以及更多的交談與體驗。
馬神父說：「我唯一的困擾是我在自己的教會裡變成一個怪人，這是我最大的痛苦，這裡沒有人請我講道理。剛來耕莘的前幾年還有，說不定有教友認為馬神父的思想有問題，總之這些年都沒有被邀請過。教會的思想一定要開放，除了天主教以外，還有許多教徒比我們多的宗教。我和台灣很有名的神學家張春申神父是好朋友，我們一起寫報告，一起開會。有人說馬神父的思想這麼怪，怎麼會成為張神父的好朋友？正因為張神父是神學家，他接受了我，大家才沒有話說，才願意接受我的看法。我完全依靠張神父，他得到天上的恩惠有很深的智慧，可以表達得很清楚，不過坦白地說，他和其他宗教的人並沒有來往。」
我很好奇，既然他知道宗教需要交談，為什麼不去進行交談呢？
馬神父說：「所以我們要合作呀。他提供學理上的支持，我常常讚美他，有時候他也會說感謝馬神父，因為我替他在外面跑。（哈）有一次我們受邀到羅馬面見教宗，教宗問我與伊斯蘭教的交談會不會很難？這可不是容易回答的問題。我回答說：『做，是不容易，但是要去了解。』教宗微笑，顯然蠻滿意我的答覆。」
回首往事，教宗的鼓勵言猶在耳，他是帶領雁群飛行在真理道路上的領航者，他是史上第一位造訪以色列的教宗，他在耶路撒冷的哭牆，為二次世界大戰時教廷沒有挺身阻止納粹屠殺猶太人而懺悔道歉。他也是第一位進入清真寺祈禱的教宗。雖然他已離開人世，但留下令人懷念的典範。
馬神父悠然地說：「我只是一個法國小神父，在教會裡沒有什麼地位，怎麼能夠與教宗、樞機主教作這麼好的朋友？那是因為真正的友誼存在。我還是繼續培養與各宗教朋友的友誼。我老了，就快要離開這個世界了，記憶力也愈來愈不好，我覺得有點可惜，如果這些經驗可以幫助年輕人去作宗教交談……」
馬神父堅定地看著我：「不要怕，你就去做，天主會保佑你的。」
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