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102.07.04公司組織之營利事業申報適用以往年度虧損扣除，如虧損年度有投資收益應先抵減虧損後，以餘額適用之

符合所得稅法第39條規定之營利事業，自申報年度純益額中扣除前10年內各期核定虧損者，應將各虧損年度之免計入所得額投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損餘額扣除申報年度之純益額，也就是說虧損年度如有投資收益，應先將核定虧損與投資收益相抵，再以虧損餘額扣除申報年度之純益額。

財政部考量租稅公平及反映營利事業實際經營狀況與納稅能力，前於66年3月9日以台財稅第31580號函釋規定，公司組織之營利事業於適用所得稅法第39條規定，申報扣除以往年度虧損者，如虧損年度有同法第42條規定免計入所得額之投資收益，應先抵減各該期核定虧損後，再以虧損之餘額適用之。

【舉例說明】
A公司經核定虧損2,000萬元，因該年度有免計入所得額之投資收益1,000萬元，則該公司於以後年度可適用盈虧互抵之虧損扣除額應為1,000萬元(即投資收益1,000萬元-核定虧損2,000萬元之餘額)；若公司未依前揭規定先行抵減投資收益，而逕為列報虧損扣除額為2,000萬元，將會遭調整補稅並加計利息徵收。

公司組織之營利事業申報扣除前10年核定之虧損者，應將虧損年度免計入所得額之投資收益先抵減虧損額後，再以餘額扣除純益額，以免遭調整補稅及加計利息。