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101年度所得稅結算申報即將開始，為協助營利事業就其受控交易，依營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則（以下簡稱移轉訂價查核準則）相關規定，辦理申報作業，並備妥移轉訂價文據，該局特別就查核移轉訂價案件常見之錯誤。
應注意事項彙整分析說明如下：
一、受控交易應按個別受控交易分析：實務上常見移轉訂價報告係以企業整體之損益進行移轉訂價分析，惟依移轉訂價查核準則第7條第3款規定，除個別交易間有關聯性或連續性者，應合併相關交易分析外，應以個別交易為基礎，分析是否符合常規。例如：甲公司 101年度與關係企業A、B及C公司之受控交易包含銷售貨物予A公司、自B公司進貨及使用C公司授予之專利權，甲公司於製作101年度移轉訂價報告時，應就其與A、B及C公司之受控交易分別進行分析，尚不得僅就甲公司整體損益進行分析。
二、採可比較利潤法下受測個體之選定：營利事業常選定本身為受測個體進行分析，惟依移轉訂價查核準則第18條第3項規定，受測個體應以複雜度低，且未擁有高價值無形資產或特有資產之一方，為最適之受測個體。
三、常規交易方法或利潤率指標之選定，應注意常規交易方法或利潤率指標不得以受控交易為計算基礎，例如：
（一）若採再售價格法，因其係按從事受控交易之營利事業再銷售予非關係人之價格，減除依可比較未受控交易毛利率計算之毛利後之金額，為受控交易之常規交易價格，故不適用於銷貨之受控交易。
（二）若採成本加價法，因係以自非關係人購進之成本或自行製造之成本，加計依可比較未受控交易成本加價率計算之毛利後之金額，為受控交易之常規交易價格，故不適用於進貨之受控交易。
（三）採可比較利潤法下，常見營利事業選用營業淨利率為利潤率指標，卻忽略受控交易之型態。選擇利潤率指標時，應注意如利潤率指標之分母與受測個體之受控交易有關，即不宜選用該利潤率指標，茲舉例如下：
1.營業淨利率，係以營業淨利為分子、銷貨淨額為分母所計算之比率，故不適用於銷貨之受控交易。
2.成本及營業費用淨利率，係以營業淨利為分子、成本及營業費用為分母所計算之比率，故不適用於進貨或營業費用之受控交易。
3.貝里比率，係以營業淨利為分子、營業費用為分母所計算之比率，故不適用於營業費用之受控交易。
    依規定應製作移轉訂價報告之營利事業，於進行移轉訂價分析時，應注意避免發生上述常見錯誤，而遭稽徵機關查核並調整補稅。