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稽徵實務經常發現機關團體不諳所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準 (以下稱免稅標準)暨相關法令規定，致未依規定報繳稅款，甚至短漏報課稅所得額而遭受處罰。鑒於100年度機關團體所得稅結算申報案件查核作業即將進行，該局依據往年查核經驗，彙整常見的課稅所得額調整及違章疏失型態，提供機關團體參考；
說明如下：
1.收入面：
(1)機關團體依公益勸募條例募得之捐款，雖屬專款專用性質，惟仍屬募得年度之「銷售貨物或勞務以外之收入」。常見機關團體漏未加計公益勸募捐款收入，致漏報收入金額未符合短漏報情節輕微(即短漏報收入不超過新臺幣10萬元或短漏報收入占核定全年收入之比例不超過10%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐)，而經核定未符合免稅標準第2條第1項第9款，而遭課徵所得稅及處罰。
(2)機關團體獲配國內營利事業之股利淨額或盈餘淨額，雖不計入所得額課稅，但仍屬機關團體之孳息收入。常見機關團體未將股票股利計入當年度收入，並據以計算支出比例，或經調整後致漏報收入金額未符合短漏報情節輕微，則機關團體仍應就減除不計入所得額課稅之投資收益後之餘絀數，依法課徵所得稅。
(3)機關團體未將「銷售貨物或勞務之收入」與「銷售貨物或勞務以外之收入」予以適當劃分，免稅標準所稱「銷售貨物或勞務」行為，係指將貨物之所有權移轉予他人，以取得代價，及提供勞務予他人，或提供貨物予他人使用、收益，以取得代價之行為。例如：承辦政府委辦業務收入、租金收入、教育訓練收入、出版品買賣收入……等，皆屬「銷售貨物或勞務之收入」。
2.支出面
(1)常見機關團體購置建物或設備等固定資產，已於購置年度計算課稅所得額時，全額列為資本支出，又於該資產耐用年限內，未將按年提列之折舊調減，致同一筆固定資產於計算前後年度之課稅所得額時重複計算。
(2)常見機關團體支出比例未達收入60%(原70%，102年2月26日修正)且當年度結餘款超過新臺幣50萬元，亦未辦理結餘經費保留計畫，致未符合免稅標準第2條第1項第8款規定，稽徵機關於查核時雖仍會發函輔導機關團體辦理結餘經費保留計畫，惟仍有部分機關團體未及於輔導期間完成結餘經費保留計畫核備。機關團體應先行檢視，如未符合相關規定，應以「全部結餘款」擬訂結餘經費保留計畫，並檢附相關文件，儘速向主管機關辦理。
3.課稅所得額計算：
機關團體適用所得稅法第39條有關盈虧互抵之規定，僅限「銷售貨物或勞務」部分所發生之虧損及所得，且虧損及申報扣除年度皆需經會計師查核簽證申報。常見機關團體以「非銷售貨物或勞務」部分所發生之虧損扣抵或未經會計師查核簽證申報仍適用盈虧互抵之情形。
該局提醒機關團體重新檢視申報資料，如有不符稅法相關規範者，應主動按正確資料向所轄稽徵機關辦理更正申報，並自動補報補繳應納稅額及加計利息，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，依稅捐稽徵法第48條之1規定，可免予處罰，