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為配合證券交易所得課稅制度改革，並鼓勵長期投資，營利事業自102年1月1日起出售持有滿3年以上屬所得稅法第4條之1規定之股票，於計算當年度證券交易所得時，減除其當年度出售持有滿3年以上股票之交易損失，餘額為正數者，以餘額半數計入當年度基本所得額；餘額為負數者，應自發生年度之次年度起5年內，從當年度證券交易所得中減除。

營利事業計算出售股票持有期間應採用先進先出法,
【舉例說明】
A公司分別在98年12月31日及101年7月1日按每股新臺幣（下同）120元購入甲公司股票100,000股及300,000股，嗣於102年3月1日以每股150元出售甲公司股票200,000股，按先進先出法計算持有期間，其中100,000股係出售98年12月31日所購入之股票，屬持有滿3年以上，可適用減半計入基本所得額之證券交易所得為3,000,000元〔（150元－120元）×100,000股〕，尚餘100,000股係出售101年7月1日所購入之股票，持有期間未滿3年，其股票交易損益3,000,000元應全數計入基本所得額，故A公司當年度應計入基本所得額之證券交易所得為4,500,000元（3,000,000元/2+3,000,000元）。

為享有出售持有滿3年以上之股票交易所得減半課稅之租稅優惠，營利事業應備妥完整之帳證簿據，俾供稽徵機關查核，以維自身權益。