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自102年起至103年止個人證券交易所得課徵綜合所得稅，採「設算課稅」與「核實課稅」雙軌制，個人如未於限期內申請選定核實課稅，除特定範圍應強制核實課稅外，視為選定「設算課稅」。即個人出售上市、上櫃或興櫃股票、新股權利證書、股款繳納憑證及表明其權利之證書之所得，按出售金額之一定比例計算證券交易所得額，並依20%扣繳稅款，分離課稅不併計綜合所得總額。

前項所定一定比例，以出售日之前一交易日臺灣證券交易所發行量加權股價指數收盤指數未達8,500點時，均不課稅，若股價指數在8,500點以上，即依不同級距之收盤指數，按出售金額分別依0.1%、0.2%、0.3%計算所得額，由扣繳義務人於每次買賣交割之當日依設算所得按20%的扣繳率就源扣繳，並依所得稅法第92條規定期限繳納，不須辦理結算申報。上述設算課稅的扣繳義務人，規定如下：
一、經由證券承銷商出賣者：證券承銷商。
二、經由證券經紀商受客戶委託出賣者：證券經紀商。
三、由持有人直接出讓與受讓者：受讓證券人。
四、經法院拍賣者：拍定人。
設算課稅之扣繳義務人應注意相關規定，依法辦理扣繳申報，以免受罰。