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營利事業當年度雖無所得基本稅額條例第7條第1項各款規定之免稅所得，惟已依所得稅法規定辦理所得稅結算或決算申報，並申報減除依法律規定之投資抵減稅額者，仍應依同條例規定計算、申報一般所得稅額及基本稅額，基本稅額大於一般所得稅額者，該差額即屬營利事業結算申報應自行繳納之基本稅額。營利事業如僅辦理所得稅結算申報，而未依上開規定申報及繳納基本稅額，即已構成該條例第15條第2項規定之違章情事。至營利事業於稽徵機關查獲漏報後，得否申請更正調減投資抵減稅額？財政部業以100年7月26日台財稅字第10004063150號令核釋，如係調查基準日後始申請更正調減投資抵減稅額者，即應否准更正，其經核定補徵之基本稅額，並應依同條例第15條第2項及裁罰倍數參考表規定處罰，該局提醒營利事業審慎檢視申報資料，如有申報減除投資抵減稅額者，即應辦理所得基本稅額計算及申報，以免因漏報基本稅額而被處罰。

【舉例說明】
假設A公司99年度營利事業課稅所得額為3,500萬元，應納稅額595萬元，申報適用投資抵減稅額297萬元，雖然當年度並無所得基本稅額條例第7條第1項各款規定之免稅所得，惟因A公司有申報投資抵減稅額，故99年度課稅所得額3,500萬元仍應依基本稅額條例規定申報卻漏未申報，依所得基本稅額之計算規定，A公司之一般所得稅額為298萬元(595萬－297萬)，基本所得額為3,500萬元，基本稅額為330萬元[(3,500萬-200萬)×10%]。因一般所得稅額298萬元小於基本稅額330萬元，故A公司應申報及繳納兩者差額32萬元。A公司於稽徵機關調查發現後，始申請更正調減當年度申報減除之投資抵減稅額為265萬元，俾使其一般所得稅額變為330萬元與基本稅額一致，惟因其更正之申請係在調查基準日之後，A公司除應補繳基本稅額32萬元外，尚需依基本稅額條例第15條第2項規定處罰。