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許多診所均附設有藥局，提供藥品調劑、供應業務之專業性勞務，針對藥師〈藥劑生〉親自主持之藥局課稅相關規定，營業稅法第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務者，應依法課徵營業稅。又依同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，藥師〈藥劑生〉提供之專業性勞務非屬營業稅課稅範圍。

藥局為藥師〈藥劑生〉親自主持，其營業稅及所得稅課徵規定如下：
1. 藥局如專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品或其他貨物銷售業務者，免辦營業登記，免課徵營業稅；惟應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。
2. 藥局除經營藥品調劑、供應業務外，如兼營藥品或其他貨物銷售業務者，應依法辦理營業登記。
經營藥品調劑、供應業務之收入:應核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。
銷售藥品或其他貨物之收入:應依法課徵營業稅、營利事業所得稅及綜合所得稅之營利所得。
3. 藥局專營或兼營藥品調劑、供應業務，依前開規定免徵營業稅者， 應保存 醫師處方箋及帳載等相關證明文件與資料，以供稽徵機關查核，否則，仍應依法課徵營業稅、營利事業所得稅及綜合所得稅之營利所得。

若藥師〈藥劑生〉僅受雇負責管理職務支領固定薪資，其性質核與醫師受聘於公私立醫院者無異，既非執行業務，其收入為薪資所得，自毋需設置日記帳。

財政部頒訂執行業務者費用標準中，關於藥師或藥劑生從事藥品調劑業務收入及經調劑後藥品供應收入之必要費用為核定收入總額之20%，但取自全民健康保險局之收入為92%〈含藥費及藥事服務費〉，其取自全民健康保險局之收入區分藥費收入及藥事服務費收入者，藥費收入為100%，藥事服務費收入為20%。

專營藥品調劑供應業務之藥局得檢附相關證件，申請扣繳統一編號

專營藥品調劑、供應業務未兼營藥品或其他貨物銷售業務，免辦營業登記之藥局，得檢附衛生主管機關核准文件、主持藥師、藥劑生之國民身分證及藥局所在地房屋稅稅單等資料影本，送藥局所在地國稅稽徵機關申請編配扣繳單位統一編號。（財政部84/11/08台財稅第841657969號函）

藥局銷售藥品、奶粉、尿布等商品，應辦理營業登記

藥師、藥劑生所親自主持之藥局如專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品或其他貨物銷售業務者，依據財政部84年3月22日台財稅第841608399號函釋規定，免辦營業登記，免課徵營業稅，惟應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，課徵綜合所得稅。
若藥局除經營藥品調劑、供應業務外，又兼營藥品或其他貨物銷售業務者，依加值型及非加值型營業稅法規定，應辦理營業登記課徵營業稅及營利事業所得稅。

所謂經營藥品調劑、供應業務之收入，係指藥局依醫師處方箋從事調劑業務之收入及經調劑後藥品供應之收入，因此若藥局依醫師處方箋調劑藥品向健保局領取之調劑費及藥品費，尚無課徵營業稅問題。

藥局若兼營藥品、奶粉、尿布等貨物之銷售業務者，應儘速補辦營業登記，以免被查獲而受罰，另有關藥品調劑、供應業務，依規定免徵營業稅者， 應保存醫師處方箋及帳載等相關證明文件與資料，以供稽徵機關查核，否則，仍應依法課徵營業稅及營利事業所得稅。

消費者向藥局索取統一發票，需另負擔5%營業稅嗎？

依加值型及非加值型營業稅法第32條規定，營業人銷售貨物或勞務，應依法規定開立統一發票交付買受人；又買受人為非營業人時，應將營業稅額與銷售額合計開立統一發票，亦即購買藥品時，營業人應依定價金額開立二聯式統一發票，不得要求另加5%營業稅，營業人如拒開時，消費者可保留交易憑證（如：收據、提貨單等），向所在地國稅局分局或稽徵所提出檢舉。

經稽徵機關核定使用統一發票之藥局，銷售非處方箋之用藥，應依規定開立統一發票

購買一般藥品，或依健保特約醫院及診所就醫之醫師處方箋向健保特約藥局購藥，雖然同樣是向藥局購藥，其營業稅之課稅情形卻不同。

持健保特約醫院或診所就醫之醫師處方箋向健保特約藥局購藥，依照加值型及非加值型營業稅法及財政部釋令規定，健保特約藥局供應處方箋用藥，非屬營業稅課稅範圍，民眾持處方箋向藥局購藥，藥局毋須開立統一發票報繳營業稅。

民眾購買非處方箋藥品時，經稽徵機關核定使用統一發票的藥局，應依規定開立統一發票。

【舉例說明】
民眾向藥局購買藥品，如果該藥品是一般成藥或非持處方箋購買時，經稽徵機關核定使用統一發票的藥局必須開立統一發票報繳營業稅，否則經人檢舉或經稽徵機關查獲將遭受處罰，嚴重者甚至停止其營業。惟如由健保特約醫院及診所醫師開立處方箋，民眾再持憑自行前往健保特約藥局購藥者，藥局毋須開立統一發票報繳營業稅，僅須就向健保局請領之藥品調劑費及藥品費等收入，列入主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。